معرفی شرکت ها

exp-selection-1.1.0

Card image cap
تبلیغات ما

مشتریان به طور فزاینده ای آنلاین هستند. تبلیغات می تواند به آنها کمک کند تا کسب و کار شما را پیدا کنند.

مشاهده بیشتر
Card image cap
تبلیغات ما

مشتریان به طور فزاینده ای آنلاین هستند. تبلیغات می تواند به آنها کمک کند تا کسب و کار شما را پیدا کنند.

مشاهده بیشتر
Card image cap
تبلیغات ما

مشتریان به طور فزاینده ای آنلاین هستند. تبلیغات می تواند به آنها کمک کند تا کسب و کار شما را پیدا کنند.

مشاهده بیشتر
Card image cap
تبلیغات ما

مشتریان به طور فزاینده ای آنلاین هستند. تبلیغات می تواند به آنها کمک کند تا کسب و کار شما را پیدا کنند.

مشاهده بیشتر
Card image cap
تبلیغات ما

مشتریان به طور فزاینده ای آنلاین هستند. تبلیغات می تواند به آنها کمک کند تا کسب و کار شما را پیدا کنند.

مشاهده بیشتر
1.1.0
1.0.0
1.0.0

توضیحات

-
ویژگی مقدار
سیستم عامل -
نام فایل exp-selection-1.1.0
نام exp-selection
نسخه کتابخانه 1.1.0
نگهدارنده []
ایمیل نگهدارنده []
نویسنده Ondřej Moravčík
ایمیل نویسنده -
آدرس صفحه اصلی https://github.com/ondra-m/exp-selection
آدرس اینترنتی https://pypi.org/project/exp-selection/
مجوز -
# ExP Selection **ExP heatmap example - LCT gene** <img src="https://github.com/ondra-m/exp-selection/raw/master/assets/LCT_gene.png" width=800> This is the ExP heatmap of human lactose (LCT) gene on chromosome 2 and its surrounding genomic region displaying population differences between 26 populations of 1000 Genomes Project, phase 3. Displayed values are the adjusted rank p-values for cross-population extended haplotype homozygosity (XPEHH) selection test. ## Requirements - python >= 3.8 - vcftools ([repository](https://github.com/vcftools/vcftools)) - space on disk (.vcf files are usually quite large) ## Install ```bash pip install exp-selection ``` ## Workflow <img src="https://github.com/ondra-m/exp-selection/blob/master/assets/ExP_process_schema.png" width=1100> ## Usage ### Get the data - VCF files (e.g. [1000 Genomes Project](https://www.internationalgenome.org/data) and [Phase 3, chr22](ftp.1000genomes.ebi.ac.uk/vol1/ftp/release/20130502/supporting/GRCh38_positions/ALL.chr22_GRCh38.genotypes.20170504.vcf.gz)) - Panel file (e.g. [1000 Genomes Project](ftp.1000genomes.ebi.ac.uk/vol1/ftp/release/20130502/integrated_call_samples_v3.20130502.ALL.panel)) ### Prepare the data &emsp; **Extract only SNP** You can give an .vcf or .vcf.gz file ```bash # we will use SNPs only, so we remove insertion/deletion polymorphisms # another option would be to use only biallelic SNPs (--min-alleles 2 --max-alleles 2), # probably with minor allele frequency above 5% (--maf 0.05) # ouput VCF will be named DATA.recode.vcf # Gziped VCF vcftools --gzvcf DATA.vcf.gz --remove-indels --recode --recode-INFO-all --out DATA # Plain VCF vcftools --vcf DATA.vcf --remove-indels --recode --recode-INFO-all --out DATA ``` &emsp; **Prepare data for computing** ```bash # DATA.recode.vcf a vcf from previous step # DATA.zarr is path (folder) where zarr representation of the VCF input will be saved exp-selection prepare DATA.recode.vcf DATA.zarr ``` ### Compute pairwise values ```bash # DATA.zarr a zarr data from previous step # DATA.output a path (folder) where the results will be saved # in this step, by default Cross-population extended haplotype homozygosity (XPEHH) score will be computed for all positions provided together with their -log10 rank p-values. exp-selection compute DATA.zarr genotypes.panel DATA.output ``` ### Display ExP heatmap - `--begin`, `--end` (required) - plot boundaries - `--title` (optional) - name of the image - `--cmap` (optional) - color schema - [more informations at seaborn package](http://seaborn.pydata.org/tutorial/color_palettes.html) - `--output` (optional) - png output path ```bash exp-selection plot DATA.output --begin BEING --end END --title TITLE --output NAME ``` ## Example This example shows an analysis of 1000 Genomes Project, phase 3 data of chromosome 22, chosen especially for its small size and thus reasonable fast computations. It is focused on ADM2 gene ([link](https://www.ensembl.org/Homo_sapiens/Gene/Phenotype?db=core;g=ENSG00000128165;r=22:50481543-50486440)), which is active especially in reproductive system, and angiogenesis and cardiovascular system in general. ```bash # Download datasets wget "ftp.1000genomes.ebi.ac.uk/vol1/ftp/release/20130502/supporting/GRCh38_positions/ALL.chr22_GRCh38.genotypes.20170504.vcf.gz" -O chr22.genotypes.vcf.gz wget "ftp.1000genomes.ebi.ac.uk/vol1/ftp/release/20130502/integrated_call_samples_v3.20130502.ALL.panel" -O genotypes.panel # The 1000 Genomes Project ftp seems not working, you can get the VCF files (GRCh37 version) at this mirror wget "https://ddbj.nig.ac.jp/public/mirror_database/1000genomes/release/20130502/ALL.chr22.phase3_shapeit2_mvncall_integrated_v5a.20130502.genotypes.vcf.gz" -O chr22.genotypes.vcf.gz wget "https://ddbj.nig.ac.jp/public/mirror_database/1000genomes/release/20130502/integrated_call_samples_v3.20130502.ALL.panel" -O genotypes.panel # Compute files for graph vcftools --gzvcf chr22.genotypes.vcf.gz \ --remove-indels \ --recode \ --recode-INFO-all \ --out chr22.genotypes exp-selection prepare chr22.genotypes.recode.vcf chr22.genotypes.recode.zarr exp-selection compute chr22.genotypes.recode.zarr genotypes.panel chr22.genotypes.output # Plot heatmap exp-selection plot chr22.genotypes.output --begin 50481556 --end 50486440 --title ADM2 --output adm2_GRCh38 exp-selection plot chr22.genotypes.output --begin 50910000 --end 50950000 --title ADM2 --output adm2_GRCh37 # use this plotting if you use GRCh37 version of the VCF input files. # The heatmap is saved as adm2_GRCh38.png or adm2_GRCh37.png, depending on which version of plot function are you using. ``` # Contributors - Eda Ehler ([@EdaEhler](https://github.com/EdaEhler)) - Jan Pačes ([@hpaces](https://github.com/hpaces)) - Mariana Šatrová ([@satrovam](https://github.com/satrovam)) - Ondřej Moravčík ([@ondra-m](https://github.com/ondra-m)) # Acknowledgement <a href="http://genomat.img.cas.cz"> <img src="https://github.com/ondra-m/exp-selection/raw/master/assets/genomat.png" width=100> </a> --- <a href="https://www.img.cas.cz/en"> <img src="https://github.com/ondra-m/exp-selection/raw/master/assets/img.png" width=100> </a> --- <a href="https://www.elixir-czech.cz"> <img src="https://github.com/ondra-m/exp-selection/raw/master/assets/elixir.png" width=100> </a>


زبان مورد نیاز

مقدار نام
>=3.8 Python


نحوه نصب


نصب پکیج whl exp-selection-1.1.0:

    pip install exp-selection-1.1.0.whl


نصب پکیج tar.gz exp-selection-1.1.0:

    pip install exp-selection-1.1.0.tar.gz