معرفی شرکت ها

تبلیغات ما

مشتریان به طور فزاینده ای آنلاین هستند. تبلیغات می تواند به آنها کمک کند تا کسب و کار شما را پیدا کنند.

مشاهده بیشتر

تبلیغات ما

مشتریان به طور فزاینده ای آنلاین هستند. تبلیغات می تواند به آنها کمک کند تا کسب و کار شما را پیدا کنند.

مشاهده بیشتر

تبلیغات ما

مشتریان به طور فزاینده ای آنلاین هستند. تبلیغات می تواند به آنها کمک کند تا کسب و کار شما را پیدا کنند.

مشاهده بیشتر

تبلیغات ما

مشتریان به طور فزاینده ای آنلاین هستند. تبلیغات می تواند به آنها کمک کند تا کسب و کار شما را پیدا کنند.

مشاهده بیشتر

تبلیغات ما

مشتریان به طور فزاینده ای آنلاین هستند. تبلیغات می تواند به آنها کمک کند تا کسب و کار شما را پیدا کنند.

مشاهده بیشتر

توضیحات

Exo-C Data Quality Check, Mapping, and Variant Calling, part of ExoClasma Suite

ویژگی	مقدار
سیستم عامل	-
نام فایل	exoclasma-pipe-0.9.1
نام	exoclasma-pipe
نسخه کتابخانه	0.9.1
نگهدارنده	[]
ایمیل نگهدارنده	[]
نویسنده	-
ایمیل نویسنده	Emil Viesná <regnveig@yandex.ru>, Minja Fishman <minja-f@yandex.ru>
آدرس صفحه اصلی	-
آدرس اینترنتی	https://pypi.org/project/exoclasma-pipe/
مجوز	-

# exoclasma-pipe ## Description exoclasma-pipe is a tool for reads quality control, adapters removing, mapping, and variant calling, a part of upcoming ExoClasma Suite. Features: - Pool FastQ quality control via FastQC - Mapping pipeline: cutadapt + BWA + GATK MarkDuplicates - Variant calling pipeline: GATK BQSR + GATK HaplotypeCaller **This is a pre-release. Use it at your own risk!** ## Installation ```bash python3 -m pip install exoclasma-pipe ``` ## Command-line dependencies - [SAMtools](https://github.com/samtools/samtools) - [BWA](https://github.com/lh3/bwa) - [BEDtools](https://github.com/arq5x/bedtools2) - [FastQC](https://github.com/s-andrews/FastQC) - [cutadapt](https://github.com/marcelm/cutadapt) - [GATK](https://github.com/broadinstitute/gatk) First five are available at Ubuntu repos: ```bash apt install samtools samtools bwa bedtools fastqc cutadapt ``` GATK should be installed into Miniconda environment [as described by the developer](https://github.com/broadinstitute/gatk#requirements). ## Usage ### FastQC ```bash exoclasma-pipe FastQC -f ${file_1} ${mask_1} ${file_2} -d ${output_folder} ``` ### Align ```bash exoclasma-pipe Align -u ${unit_json_file} ``` Unit JSON describes a job for pipeline. It must have the following format: ```json { "ID": "Scc3-WXS", "Description": "Extensive sampling of Saccharomyces cerevisiae in Taiwan reveals ecology and evolution of predomesticated lineages (SRX11913458)", "ParentDir": "testoutput", "Input": [ { "Files": { "R1": "testdata/test_scc3_R1.fastq.gz", "R2": "testdata/test_scc3_R2.fastq.gz", "Unpaired": null }, "RG": { "Sample": "Scc3", "Library": "LY0200-I", "Platform": "ILLUMINA", "Instrument": "IlluminaHiSeq2500", "Lane": "1", "Barcode": "ACGTAT" }, "Adapter": "illumina" } ], "Reference": { "GenomeInfo": "testdata/testReference/testReference.info.json", "Capture": "testCapture" }, "Config": { "Threads": 4, "RemoveTempFiles": true } } ``` Reference with GenomeInfo file and Captures can be prepared with [exoclasma-index](https://github.com/genomech/exoclasma-index). ### Call ```bash exoclasma-pipe Call -u ${unit_json_file} -d ${dbSNP_vcf_gz} ``` Here you will need a Unit JSON file which was created with `exoclasma-pipe Align`. dbSNP will be used for BQSR stage.

نیازمندی

مقدار	نام
-	pandas

زبان مورد نیاز

مقدار	نام
>=3.8	Python

نحوه نصب

نصب پکیج whl exoclasma-pipe-0.9.1:

pip install exoclasma-pipe-0.9.1.whl

نصب پکیج tar.gz exoclasma-pipe-0.9.1:

pip install exoclasma-pipe-0.9.1.tar.gz