معرفی شرکت ها

exoclasma-note-0.9.0

Card image cap
تبلیغات ما

مشتریان به طور فزاینده ای آنلاین هستند. تبلیغات می تواند به آنها کمک کند تا کسب و کار شما را پیدا کنند.

مشاهده بیشتر
Card image cap
تبلیغات ما

مشتریان به طور فزاینده ای آنلاین هستند. تبلیغات می تواند به آنها کمک کند تا کسب و کار شما را پیدا کنند.

مشاهده بیشتر
Card image cap
تبلیغات ما

مشتریان به طور فزاینده ای آنلاین هستند. تبلیغات می تواند به آنها کمک کند تا کسب و کار شما را پیدا کنند.

مشاهده بیشتر
Card image cap
تبلیغات ما

مشتریان به طور فزاینده ای آنلاین هستند. تبلیغات می تواند به آنها کمک کند تا کسب و کار شما را پیدا کنند.

مشاهده بیشتر
Card image cap
تبلیغات ما

مشتریان به طور فزاینده ای آنلاین هستند. تبلیغات می تواند به آنها کمک کند تا کسب و کار شما را پیدا کنند.

مشاهده بیشتر
0.9.0

توضیحات

Exo-C Data Quality Check, Mapping, and Variant Calling, part of ExoClasma Suite
ویژگی مقدار
سیستم عامل -
نام فایل exoclasma-note-0.9.0
نام exoclasma-note
نسخه کتابخانه 0.9.0
نگهدارنده []
ایمیل نگهدارنده []
نویسنده -
ایمیل نویسنده Emil Viesná <regnveig@yandex.ru>, Minja Fishman <minja-f@yandex.ru>
آدرس صفحه اصلی -
آدرس اینترنتی https://pypi.org/project/exoclasma-note/
مجوز -
# exoclasma-note Annotation of genomic variants. ## Dependencies Perl: ```bash sudo apt install perl ``` Annovar: ```bash GENOME="hg19" # hg38 if you prefer curl --output annovar.latest.tar.gz www.openbioinformatics.org/annovar/download/0wgxR2rIVP/annovar.latest.tar.gz tar -xzf annovar.latest.tar.gz cd annovar for database in refGene knownGene ensGene dbnsfp35c dbscsnv11 intervar_20180118 gnomad211_genome gene4denovo201907 kaviar_20150923 hrcr1 abraom 1000g2015aug gme esp6500siv2_all avsnp150 clinvar_20200316 regsnpintron revel gwava; do { perl annotate_variation.pl -downdb -buildver ${GENOME} -webfrom annovar ${database} humandb/ } done cd .. rm annovar.latest.tar.gz ``` ## Install ```bash sudo python3 -m pip install exoclasma-note ``` ## Usage ```bash exoclasma-note -u ${unit_json} -a ${annovar_folder} -g ${genome} [--nofilter] ``` * `unit_json`: Unit JSON file which was created by exoclasma-pipe * `annovar_folder`: Path to ANNOVAR folder where perl scripts are located * `genome`: Genome assembly which use ANNOVAR (i.e., hg19, hg38, etc.)


نیازمندی

مقدار نام
- numpy
- pandarallel
- pandas
- pytabix


زبان مورد نیاز

مقدار نام
>=3.8 Python


نحوه نصب


نصب پکیج whl exoclasma-note-0.9.0:

    pip install exoclasma-note-0.9.0.whl


نصب پکیج tar.gz exoclasma-note-0.9.0:

    pip install exoclasma-note-0.9.0.tar.gz