معرفی شرکت ها

تبلیغات ما

مشتریان به طور فزاینده ای آنلاین هستند. تبلیغات می تواند به آنها کمک کند تا کسب و کار شما را پیدا کنند.

مشاهده بیشتر

تبلیغات ما

مشتریان به طور فزاینده ای آنلاین هستند. تبلیغات می تواند به آنها کمک کند تا کسب و کار شما را پیدا کنند.

مشاهده بیشتر

تبلیغات ما

مشتریان به طور فزاینده ای آنلاین هستند. تبلیغات می تواند به آنها کمک کند تا کسب و کار شما را پیدا کنند.

مشاهده بیشتر

تبلیغات ما

مشتریان به طور فزاینده ای آنلاین هستند. تبلیغات می تواند به آنها کمک کند تا کسب و کار شما را پیدا کنند.

مشاهده بیشتر

تبلیغات ما

مشتریان به طور فزاینده ای آنلاین هستند. تبلیغات می تواند به آنها کمک کند تا کسب و کار شما را پیدا کنند.

مشاهده بیشتر

توضیحات

Evolutionary velocity with protein language models

ویژگی	مقدار
سیستم عامل	-
نام فایل	evolocity-1.0.1
نام	evolocity
نسخه کتابخانه	1.0.1
نگهدارنده	[]
ایمیل نگهدارنده	[]
نویسنده	Brian Hie
ایمیل نویسنده	brianhie@stanford.edu
آدرس صفحه اصلی	https://github.com/brianhie/evolocity
آدرس اینترنتی	https://pypi.org/project/evolocity/
مجوز	MIT

========= Evolocity ========= Evolocity implements evolutionary velocity (evo-velocity), which models a protein sequence landscape as an evolutionary "vector field" by using the local evolutionary predictions enabled by language models to enable global evolutionary insight. .. image:: ../cyc_stream.PNG :width: 450 :alt: 'Evolocity overview' Evo-velocity uses the change in languge model likelihoods to estimate directionality between two biological sequences. Then, over an entire sequence similarity network, this procedure is used to direct network edges. Finally, network diffusion analysis can identify roots, order sequences in pseudotime, and identify mutations driving the velocity. Evolocity is a fork of the `scVelo <https://github.com/theislab/scvelo>`_ tool for RNA velocity and relies on many aspects of the `Scanpy <https://scanpy.readthedocs.io/en/stable/>`_ library for high-dimensional biological data analysis. Like Scanpy and scVelo, evolocity makes use of `anndata <https://anndata.readthedocs.io/en/latest/>`_, an extremely convenient way to store and organize biological data. Quick Start =========== Installation ------------ You should be able to install evolocity using ``pip``:: python -m pip install evolocity API example ----------- Below is a quick Python example of using evolocity to load and analyze sequences in a FASTA file. .. code-block:: python import evolocity as evo import scanpy as sc # Load sequences and compute language model embeddings. fasta_fname = 'data.fasta' adata = evo.pp.featurize_fasta(fasta_fname) # Construct sequence similarity network. evo.pp.neighbors(adata) # Run evolocity analysis. evo.tl.velocity_graph(adata) # Embed network and velocities in two-dimensions and plot. sc.tl.umap(adata) evo.tl.velocity_embedding(adata) evo.pl.velocity_embedding_grid(adata) evo.pl.velocity_embedding_stream(adata)

نیازمندی

مقدار	نام
>=1.76	biopython
>=0.6.1	louvain
>=3.1.1	matplotlib
>=1.17.2	numpy
>=0.25.1	pandas
>=0.8.3	python-igraph
>=1.4.5.1	scanpy
>=0.21.3	scikit-learn
>=1.3.1	scipy
>=0.9.0	seaborn
>=1.7.1	torch

زبان مورد نیاز

مقدار	نام
>=3.6	Python

نحوه نصب

نصب پکیج whl evolocity-1.0.1:

pip install evolocity-1.0.1.whl

نصب پکیج tar.gz evolocity-1.0.1:

pip install evolocity-1.0.1.tar.gz