معرفی شرکت ها
epyseg-0.1.9
تبلیغات ما
مشتریان به طور فزاینده ای آنلاین هستند. تبلیغات می تواند به آنها کمک کند تا کسب و کار شما را پیدا کنند.
مشاهده بیشتر
تبلیغات ما
مشتریان به طور فزاینده ای آنلاین هستند. تبلیغات می تواند به آنها کمک کند تا کسب و کار شما را پیدا کنند.
مشاهده بیشتر
تبلیغات ما
مشتریان به طور فزاینده ای آنلاین هستند. تبلیغات می تواند به آنها کمک کند تا کسب و کار شما را پیدا کنند.
مشاهده بیشتر
تبلیغات ما
مشتریان به طور فزاینده ای آنلاین هستند. تبلیغات می تواند به آنها کمک کند تا کسب و کار شما را پیدا کنند.
مشاهده بیشتر
تبلیغات ما
مشتریان به طور فزاینده ای آنلاین هستند. تبلیغات می تواند به آنها کمک کند تا کسب و کار شما را پیدا کنند.
مشاهده بیشترتوضیحات
A deep learning based tool to segment epithelial tissues. The epyseg GUI can be uesd to build, train or run custom networks
| ویژگی | مقدار |
|---|---|
| سیستم عامل | - |
| نام فایل | epyseg-0.1.9 |
| نام | epyseg |
| نسخه کتابخانه | 0.1.9 |
| نگهدارنده | [] |
| ایمیل نگهدارنده | [] |
| نویسنده | Benoit Aigouy |
| ایمیل نویسنده | baigouy@gmail.com |
| آدرس صفحه اصلی | https://github.com/baigouy/EPySeg |
| آدرس اینترنتی | https://pypi.org/project/epyseg/ |
| مجوز | BSD |
# EPySeg
**EPySeg is a package for segmenting 2D epithelial tissues.** EPySeg also ships with a graphical user interface that allows for building, training and running deep learning models. Training can be done with or without data augmentation (2D-xy and 3D-xyz data augmentation are supported). EPySeg relies on the [segmentation_models](https://github.com/qubvel/segmentation_models) library. EPySeg source code is available [here](https://github.com/baigouy/EPySeg). Cloud version available [here](https://github.com/baigouy/notebooks).
# Install
1. Install [python 3.7](https://www.python.org/downloads/) or [Anaconda 3.7](https://www.anaconda.com/distribution/) (if not already present on your system)
2. In a command prompt type:
```
pip install --user --upgrade epyseg
```
or
```
pip3 install --user --upgrade epyseg
```
NB:
- To open a **command prompt** on **Windows** press **'Windows'+R** then type **'cmd'**
- To open a **command prompt** on **MacOS** press **'Command'+Space** then type in **'Terminal'**
3. To open the graphical user interface, type the following in a command:
```
python -m epyseg
```
or
```
python3 -m epyseg
```
# Third party libraries
Below is a list of the 3<sup>rd</sup> party libraries used by EPySeg and/or pyTA.<br><br> <font color='red'>**IMPORTANTLY: if you disagree with any license below, <u>please uninstall EPySeg</u>**.<br></font>
| Library name | Use | Link | License |
|-------------------------|----------------------------------------------------------------------------------------------------------------------|-----------------------------------------------|--------------------|
| **tensorflow** | Deep learning library | https://pypi.org/project/tensorflow/ | Apache 2.0 |
| **segmentation-models** | Models | https://pypi.org/project/segmentation-models/ | MIT |
| **czifile** | Reads Zeiss .czi files | https://pypi.org/project/czifile/ | BSD (BSD-3-Clause) |
| **Markdown** | Python implementation of Markdown | https://pypi.org/project/Markdown/ | BSD |
| **matplotlib** | Plots images and graphs | https://pypi.org/project/matplotlib/ | PSF |
| **numpy** | Array/Image computing | https://pypi.org/project/numpy/ | BSD |
| **numpydoc** | Numpy documentation format | https://pypi.org/project/numpydoc/ | BSD |
| **Pillow** | Reads 'basic' images (.bmp, .png, .pnm, ...) | https://pypi.org/project/Pillow/ | HPND |
| **PyQt5** | Graphical user interface (GUI) | https://pypi.org/project/PyQt5/ | GPL v3 |
| **PyQtWebEngine** | Display html in GUI | https://pypi.org/project/PyQtWebEngine/ | GPL v3 |
| **read-lif** | Reads Leica .lif files | https://pypi.org/project/read-lif/ | GPL v3 |
| **scikit-image** | Image processing | https://pypi.org/project/scikit-image/ | BSD (Modified BSD) |
| **scipy** | Great library to work with numpy arrays | https://pypi.org/project/scipy/ | BSD |
| **tifffile** | Reads .tiff files (also reads Zeiss .lsm files) | https://pypi.org/project/tifffile/ | BSD |
| **tqdm** | Command line progress | https://pypi.org/project/tqdm/ | MIT, MPL 2.0 |
| **natsort** | 'Human' like sorting of strings | https://pypi.org/project/natsort/ | MIT |
| **numexpr** | Speeds up image math | https://pypi.org/project/numexpr/ | MIT |
| **urllib3** | Model architecture and trained models download | https://pypi.org/project/urllib3/ | MIT |
| **qtawesome** | Elegant icons in pyTA | https://pypi.org/project/QtAwesome/ | MIT |
| **pandas** | Data analysis toolkit | https://pypi.org/project/pandas/ | BSD (BSD-3-Clause) |
| **numba** | GPU acceleration of numpy ops | https://pypi.org/project/numba/ | BSD |
| **elasticdeform** | Image deformation (data augmentation) | https://pypi.org/project/elasticdeform/ | BSD |
| **CARE/csbdeep** | pyTA uses custom trained derivatives of the CARE surface projection model to generate (denoised) surface projections | https://pypi.org/project/csbdeep/ | BSD (BSD-3-Clause) |
نیازمندی
| مقدار | نام |
|---|---|
| >=2.3.1 | tensorflow |
| ==1.0.1 | segmentation-models |
| - | czifile |
| - | Markdown |
| >=3.5.2 | matplotlib |
| - | numpy |
| - | numpydoc |
| >=8.1.2 | Pillow |
| - | PyQt5 |
| - | PyQtWebEngine |
| - | PyQt6 |
| - | PyQt6-WebEngine |
| - | read-lif |
| >=0.19.3 | scikit-image |
| >=1.7.3 | scipy |
| >=1.0.2 | scikit-learn |
| >=2021.11.2 | tifffile |
| - | tqdm |
| - | natsort |
| - | numexpr |
| - | urllib3 |
| - | qtawesome |
| - | pandas |
| - | numba |
| - | elasticdeform |
| - | roifile |
| - | prettytable |
| - | pyperclip |
| >=2.1.0 | QtPy |
زبان مورد نیاز
| مقدار | نام |
|---|---|
| >=3.6, <3.11 | Python |
نحوه نصب
نصب پکیج whl epyseg-0.1.9:
pip install epyseg-0.1.9.whl
نصب پکیج tar.gz epyseg-0.1.9:
pip install epyseg-0.1.9.tar.gz