معرفی شرکت ها

تبلیغات ما

مشتریان به طور فزاینده ای آنلاین هستند. تبلیغات می تواند به آنها کمک کند تا کسب و کار شما را پیدا کنند.

مشاهده بیشتر

تبلیغات ما

مشتریان به طور فزاینده ای آنلاین هستند. تبلیغات می تواند به آنها کمک کند تا کسب و کار شما را پیدا کنند.

مشاهده بیشتر

تبلیغات ما

مشتریان به طور فزاینده ای آنلاین هستند. تبلیغات می تواند به آنها کمک کند تا کسب و کار شما را پیدا کنند.

مشاهده بیشتر

تبلیغات ما

مشتریان به طور فزاینده ای آنلاین هستند. تبلیغات می تواند به آنها کمک کند تا کسب و کار شما را پیدا کنند.

مشاهده بیشتر

تبلیغات ما

مشتریان به طور فزاینده ای آنلاین هستند. تبلیغات می تواند به آنها کمک کند تا کسب و کار شما را پیدا کنند.

مشاهده بیشتر

توضیحات

Analysis tools for epiGeEC

ویژگی	مقدار
سیستم عامل	-
نام فایل	epigeec-analysis-1.3.0
نام	epigeec-analysis
نسخه کتابخانه	1.3.0
نگهدارنده	[]
ایمیل نگهدارنده	[]
نویسنده	Simon Hébert-Deschamps
ایمیل نویسنده	simon.hebert-deschamps@usherbrooke.ca
آدرس صفحه اصلی	https://bitbucket.org/labjacquespe/epigeec_analysis
آدرس اینترنتی	https://pypi.org/project/epigeec-analysis/
مجوز	-

# epiGeEC Analysis # The **epiGenomic Efficient Correlator (epiGeEC) Analysis** is a suite of tools to process, annotate and analyse correlation matrices generated by [**epiGeEC**](https://bitbucket.org/labjacquespe/epigeec/src/master/). A galaxy implementation featuring these tools and including thousands of pre-computed public epigenomic datasets is availalble at <http://epigeec.genap.ca/galaxy/>. ### Installation Linux/x64 is the only OS currently supported, but it can work on any platform with python and pip installed. #### Dependencies You will need pip to install the python package, use the following command if not already installed sudo apt-get install python-pip Pip will attempt to install all dependencies but most likely will fail See documentation on how to install [pandas](https://github.com/svaksha/PyData-Workshop-Sprint/wiki/linux-install-pandas). You might have more success with sudo apt-get install python-pandas #### Install epiGeEC Analysis sudo pip install epigeec-analysis ### How To Use This tool suite provide multiple analysis program. For more info on each parameter use the help flag epigeec-analysis [tool] --help #### Annotate matrix Essentialy, this tool apply a hierachical cluster method on a correlation matrix to regroup datasets in clusters associated with their metadatas. ![Hierarchical clustering](images/img5.jpg) epigeec-analysis annotate --pdf output.pdf --tsv output.tsv epiGeEC_Correlate.mat epiGeEC_Datasets.json assay cell_type timepoint #### Evaluate clusters epigeec-analysis evaluate epiGeEC_Correlate.mat epiGeEC_Datasets.json -b assay cell_type timepoint -r assay cell_type timepoint > output.ari ### License [GNU General Public License v3](LICENSE)

زبان مورد نیاز

مقدار	نام
>=3.6.*	Python

نحوه نصب

نصب پکیج whl epigeec-analysis-1.3.0:

pip install epigeec-analysis-1.3.0.whl

نصب پکیج tar.gz epigeec-analysis-1.3.0:

pip install epigeec-analysis-1.3.0.tar.gz