معرفی شرکت ها
epcy-0.2.4
تبلیغات ما
مشتریان به طور فزاینده ای آنلاین هستند. تبلیغات می تواند به آنها کمک کند تا کسب و کار شما را پیدا کنند.
مشاهده بیشتر
تبلیغات ما
مشتریان به طور فزاینده ای آنلاین هستند. تبلیغات می تواند به آنها کمک کند تا کسب و کار شما را پیدا کنند.
مشاهده بیشتر
تبلیغات ما
مشتریان به طور فزاینده ای آنلاین هستند. تبلیغات می تواند به آنها کمک کند تا کسب و کار شما را پیدا کنند.
مشاهده بیشتر
تبلیغات ما
مشتریان به طور فزاینده ای آنلاین هستند. تبلیغات می تواند به آنها کمک کند تا کسب و کار شما را پیدا کنند.
مشاهده بیشتر
تبلیغات ما
مشتریان به طور فزاینده ای آنلاین هستند. تبلیغات می تواند به آنها کمک کند تا کسب و کار شما را پیدا کنند.
مشاهده بیشترتوضیحات
Evaluattion of Predictive CapabilitY for ranking biomarker candidates.
| ویژگی | مقدار |
|---|---|
| سیستم عامل | - |
| نام فایل | epcy-0.2.4 |
| نام | epcy |
| نسخه کتابخانه | 0.2.4 |
| نگهدارنده | [] |
| ایمیل نگهدارنده | [] |
| نویسنده | IRIC_bioinfo, Eric Audemard |
| ایمیل نویسنده | pipy@iric.ca, eric.audemard@umontreal.ca |
| آدرس صفحه اصلی | https://github.com/iric-soft/epcy |
| آدرس اینترنتی | https://pypi.org/project/epcy/ |
| مجوز | MIT |
=============================================================================
EPCY : Evaluation of Predictive CapabilitY for ranking biomarker candidates
=============================================================================
+------------------------------------------------------------------+-------------------------------------------------------------------+-------------------------------------------------------------------------------+
| .. image:: https://img.shields.io/badge/python-3.6-blue.svg | .. image:: https://travis-ci.org/iric-soft/epcy.svg?branch=master | .. image:: https://codecov.io/gh/iric-soft/epcy/branch/master/graph/badge.svg |
| :target: https://www.python.org/downloads/release/python-362/ | :target: https://travis-ci.org/iric-soft/epcy | :target: https://codecov.io/gh/iric-soft/epcy/ |
+------------------------------------------------------------------+-------------------------------------------------------------------+-------------------------------------------------------------------------------+
-------
Citing:
-------
* Manuscript in preparation
* EPCY: Evaluation of Predictive CapabilitY for ranking biomarker gene candidates. Poster at ISMB ECCB 2019: https://f1000research.com/posters/8-1349
-------------
Introduction:
-------------
This tool was developed to Evaluate Predictive CapabilitY of each gene (feature) to become a predictive (bio)marker candidates.
Documentation is available `via Read the Docs <https://epcy.readthedocs.io/>`_.
-------------
Requirements:
-------------
* python3
* (Optional) virtualenv
--------
Install:
--------
Using pypi:
-----------
.. code:: shell
pip install epcy
From source:
------------
.. code:: shell
python3 -m venv $HOME/.virtualenvs/epcy
source $HOME/.virtualenvs/epcy/bin/activate
pip install pip setuptools --upgrade
pip install wheel
cd [your_epcy_folder]
# If need it
# CFLAGS=-std=c99 pip3 install numpy==1.17.0
python3 setup.py install
epcy -h
------
Usage:
------
General:
--------
After install:
**************
.. code:: shell
epcy -h
From source:
************
.. code:: shell
cd [your_epcy_folder]
python3 -m epcy -h
Generic case:
-------------
* EPCY is design to work on any quantitative data, provided that values of each feature are comparable between each samples (normalized).
* To run a comparative analysis, `epcy pred` need two tabulated files:
* A `matrix`_ of quantitative normalized data for each samples (column) with an "ID" column to identify each feature.
* A `design`_ table which describe the comparison.
.. _matrix: https://github.com/iric-soft/epcy/blob/master/data/small_for_test/normalized_matrix.tsv
.. _design: https://github.com/iric-soft/epcy/blob/master/data/small_for_test/design.tsv
.. code:: shell
# Run epcy on any normalized quantification data
epcy pred -d ./data/small_for_test/design.tsv -m ./data/small_for_test/log_normalized_matrix.tsv -o ./data/small_for_test/EPCY_output
# If your data are normalized, but require a log2 transforamtion, add --log
epcy pred --log -d ./data/small_for_test/design.tsv -m ./data/small_for_test/normalized_matrix.tsv -o ./data/small_for_test/EPCY_output
# If your data are not normalized and require a log2 transforamtion, add --norm --log
epcy pred --norm --log -d ./data/small_for_test/design.tsv -m ./data/small_for_test/matrix.tsv -o ./data/small_for_test/EPCY_output
# Different runs might show small variations.
# To ensure reproducibility set a random seed, using --randomseed
epcy pred -d ./data/small_for_test/design.tsv -m ./data/small_for_test/normalized_matrix.tsv -o ./data/small_for_test/EPCY_output --randomseed 42
epcy pred -d ./data/small_for_test/design.tsv -m ./data/small_for_test/normalized_matrix.tsv -o ./data/small_for_test/EPCY_output2 --randomseed 42
diff ./data/small_for_test/EPCY_output/predictive_capability.tsv ./data/small_for_test/EPCY_output2/predictive_capability.tsv
More documentation is available `via Read the Docs <https://epcy.readthedocs.io/>`_.
نیازمندی
| مقدار | نام |
|---|---|
| >=0.29.14 | cython |
| >=1.18.1 | numpy |
| >=0.25.3 | pandas |
| >=2.10.0 | h5py |
| >=1.4.1 | scipy |
| >=0.22.1 | scikit-learn |
| >=3.1.2 | matplotlib |
| >=2.7.0 | numexpr |
| ==0.10.0 | seaborn |
زبان مورد نیاز
| مقدار | نام |
|---|---|
| >3.6 | Python |
نحوه نصب
نصب پکیج whl epcy-0.2.4:
pip install epcy-0.2.4.whl
نصب پکیج tar.gz epcy-0.2.4:
pip install epcy-0.2.4.tar.gz