معرفی شرکت ها

تبلیغات ما

مشتریان به طور فزاینده ای آنلاین هستند. تبلیغات می تواند به آنها کمک کند تا کسب و کار شما را پیدا کنند.

مشاهده بیشتر

تبلیغات ما

مشتریان به طور فزاینده ای آنلاین هستند. تبلیغات می تواند به آنها کمک کند تا کسب و کار شما را پیدا کنند.

مشاهده بیشتر

تبلیغات ما

مشتریان به طور فزاینده ای آنلاین هستند. تبلیغات می تواند به آنها کمک کند تا کسب و کار شما را پیدا کنند.

مشاهده بیشتر

تبلیغات ما

مشتریان به طور فزاینده ای آنلاین هستند. تبلیغات می تواند به آنها کمک کند تا کسب و کار شما را پیدا کنند.

مشاهده بیشتر

تبلیغات ما

مشتریان به طور فزاینده ای آنلاین هستند. تبلیغات می تواند به آنها کمک کند تا کسب و کار شما را پیدا کنند.

مشاهده بیشتر

توضیحات

Dedicated library to query and retrieve data from Entrez databases at NCBI

ویژگی	مقدار
سیستم عامل	-
نام فایل	entrezpy-2.1.3
نام	entrezpy
نسخه کتابخانه	2.1.3
نگهدارنده	[]
ایمیل نگهدارنده	[]
نویسنده	Jan P Buchmann
ایمیل نویسنده	jpb@members.fsf.org
آدرس صفحه اصلی	https://gitlab.com/ncbipy/entrezpy.git
آدرس اینترنتی	https://pypi.org/project/entrezpy/
مجوز	LGPL

.. image:: https://readthedocs.org/projects/entrezpy/badge/?version=master :target: https://entrezpy.readthedocs.io/en/master/?badge=master :alt: Documentation Status .. image:: https://img.shields.io/pypi/pyversions/entrezpy.svg?style=popout-square :alt: PyPI - Python Version .. image:: https://img.shields.io/pypi/l/entrezpy.svg?style=popout-square :alt: PyPI - License .. image:: https://img.shields.io/pypi/v/entrezpy.svg?style=popout-square :alt: PyPI .. image:: https://img.shields.io/pypi/format/entrezpy.svg?style=popout-square :alt: PyPI - Format .. image:: https://img.shields.io/pypi/status/entrezpy.svg?style=popout-square :alt: PyPI - Status Entrezpy README =============== Synopsis -------- .. code:: $ pip install entrezpy --user >>> import entrezpy.conduit >>> w = entrezpy.conduit.Conduit('myemail') >>> fetch_influenza = w.new_pipeline() >>> sid = fetch_influenza.add_search({'db' : 'nucleotide', 'term' : 'H3N2 [organism] AND HA', 'rettype':'count', 'sort' : 'Date Released', 'mindate': 2000, 'maxdate':2019, 'datetype' : 'pdat'}) >>> fid = fetch_influenza.add_fetch({'retmax' : 10, 'retmode' : 'text', 'rettype': 'fasta'}, dependency=sid) >>> w.run(fetch_influenza) Entrezpy is a dedicated Python library to interact with NCBI_ Entrez databases [Entrez2016]_ via the E-Utilities ([Sayers2018]_, E-Utilities_). Entrezpy facilitates the implementation of queries to query or download data from the Entrez databases, e.g. search for specific sequences or publications or fetch your favorite genome. For more complex queries ``entrezpy`` offers the class ``entrezpy.conduit.Conduit`` to run query pipelines or cache results. Licence and Copyright --------------------- ``entrezpy`` is licensed under the `GNU Lesser General Public License v3 (LGPLv3)`_ or later. Please see https://www.ncbi.nlm.nih.gov/home/about/policies/ concerning the copyright of the material available through E-Utilities. Please cite the publication if you use entrezpy. Installation ------------ **Entrezpy requires at least Python 3.6 and the Standars Python Library.** PyPi ~~~~ Install ``entrezpy`` via PyPi and check: .. code:: $ pip install entrezpy --user If you want to incude entrezpy as part of your pipeline, check the documentation (https://entrezpy.readthedocs.io/en/master/setup/installation.html#append-to-sys-path) Documentation ------------- Entrezpy is fully documented using Spinx (http://www.sphinx-doc.org/en/stable/). The manual, usage examples and module reference can be found here: http://entrezpy.readthedocs.io/ ``entrezpy`` has been published in Bioinformatics: https://doi.org/10.1093/bioinformatics/btz385 References ---------- .. .. target-notes:: .. [Entrez2016] https://doi.org/10.1093/nar/gkw1071 .. [Sayers2018] https://www.ncbi.nlm.nih.gov/books/NBK25497 .. _NCBI: http://www.ncbi.nlm.nih.gov/ .. _GNU Lesser General Public License v3 (LGPLv3): https://www.gnu.org/licenses/lgpl-3.0.en.html .. _E-Utilities: https://dataguide.nlm.nih.gov/eutilities/utilities.html

نحوه نصب

نصب پکیج whl entrezpy-2.1.3:

pip install entrezpy-2.1.3.whl

نصب پکیج tar.gz entrezpy-2.1.3:

pip install entrezpy-2.1.3.tar.gz