معرفی شرکت ها
enrich-omics-0.2.1
تبلیغات ما
مشتریان به طور فزاینده ای آنلاین هستند. تبلیغات می تواند به آنها کمک کند تا کسب و کار شما را پیدا کنند.
مشاهده بیشتر
تبلیغات ما
مشتریان به طور فزاینده ای آنلاین هستند. تبلیغات می تواند به آنها کمک کند تا کسب و کار شما را پیدا کنند.
مشاهده بیشتر
تبلیغات ما
مشتریان به طور فزاینده ای آنلاین هستند. تبلیغات می تواند به آنها کمک کند تا کسب و کار شما را پیدا کنند.
مشاهده بیشتر
تبلیغات ما
مشتریان به طور فزاینده ای آنلاین هستند. تبلیغات می تواند به آنها کمک کند تا کسب و کار شما را پیدا کنند.
مشاهده بیشتر
تبلیغات ما
مشتریان به طور فزاینده ای آنلاین هستند. تبلیغات می تواند به آنها کمک کند تا کسب و کار شما را پیدا کنند.
مشاهده بیشترتوضیحات
Package to perform enrichment analysis in python using EnrichR and OpenTargets APIs
| ویژگی | مقدار |
|---|---|
| سیستم عامل | - |
| نام فایل | enrich-omics-0.2.1 |
| نام | enrich-omics |
| نسخه کتابخانه | 0.2.1 |
| نگهدارنده | [] |
| ایمیل نگهدارنده | [] |
| نویسنده | Sara Masarone |
| ایمیل نویسنده | - |
| آدرس صفحه اصلی | - |
| آدرس اینترنتی | https://pypi.org/project/enrich-omics/ |
| مجوز | - |
# Enrich_Omics: A Python wrapper for EnrichR and OpenTargets
[]()
[](/LICENSE)
[](https://github.com/saramasarone/enrich_omics/issues)
[](https://github.com/saramasarone/enrich_omics/pulls)
## Table of Contents
- [About](#about)
- [Installation](#installation)
- [Tutorial](#tutorial)
- [Docs](#docs)
## About <a name = "about"></a>
Python wrapper for EnrichR and OpenTargets API. Allows for visualisation of enriched pathways or diseases associated to a given target
#### EnrichR
- Choose from all EnrichR libraries (Transcription, Pathways, Drugs, etc). Default library is KEGG_pathways_2021
- Get table with enrichment results
- Plot enrichment results and export it
#### OpenTargets
Open Target is currently only supporting the search of a single target
#### Target endpoint
- Convert Entrez to Ensemble if needed (OpenTargets API accepts only Ensemble IDs)
- Get description of the function of the target
- Get diseases associated to a certain target
- Plot diseases associated to a certain target
- Get table drugs associated to a certain target
- Plot the drugs that work for a given target and the diseases associated to it
- Plot the drugs associated to a given target and the trial phase they are currently in
#### Plots
- Export plots in SVG and PNG
## Installation <a name = "installation"></a>
```python
pip install enrich-omics
```
## Tutorial <a name="tutorial"></a>
### EnrichR API
``` python
import enrich_omics
from enrich_omics import EnrichR
from enrich_omics import OpenTargets
# get all available libraries
EnrichR.get_libraries()
# get enrichment for a list of genes/proteins
# default library is 'KEGG_2021_Human' but other libraries can be specified using the 'library_name' argument.
# check out available libraries with the command above
# library_type, height, width and max_hits arguments are optional. See source code for details or docs for examples.
gene_list = ['LMNA', 'MYH7', 'TNNT2', 'ACE2']
EnrichR.plot_enrichment(gene_list)
```
```python
# specifying a different library
EnrichR.plot_enrichment(gene_list, library_name = 'BioPlanet_2019', height = 200, width = 300, max_hits= None)
```
```python
# get results as table for downstream analysis/ pipeline integration
EnrichR.get_table_enrichment(['LMNA', 'MYH7', 'TNNT2', 'ACE2'], library_name='KEGG_2021_Human')
```
### Open Targets API (Open Targets currently only supports single target enrichment. More information on the OpenTargets website)
```python
# OpenTargets takes EnsembleIDs by default, but entrez ids can be passed using the argument entrez = True
# Export plots easily in png or svg
OpenTargets.plot_diseases(target_id = 'PLG', entrez = True)
```
```python
OpenTargets.get_table_drugs(target_id = 'PLG', entrez = True)
```
```python
# Plot drugs and diseases associated to a given target
OpenTargets.plot_drugs_disease(target_id = 'PLG', entrez = True)
```
## Docs <a name = "docs"></a>
Documentation for this package can be found [here](https://enrich-omics.readthedocs.io/en/latest/index.html)
Contributions always welcome!
نیازمندی
| مقدار | نام |
|---|---|
| >=1.22.1 | numpy |
| >=1.0.5 | pandas |
| >=4.1.0 | altair |
| >=2.24.0 | requests |
| >=3.2.2 | mygene |
زبان مورد نیاز
| مقدار | نام |
|---|---|
| >=3.6 | Python |
نحوه نصب
نصب پکیج whl enrich-omics-0.2.1:
pip install enrich-omics-0.2.1.whl
نصب پکیج tar.gz enrich-omics-0.2.1:
pip install enrich-omics-0.2.1.tar.gz