معرفی شرکت ها

emptydrops-0.0.5

Card image cap
تبلیغات ما

مشتریان به طور فزاینده ای آنلاین هستند. تبلیغات می تواند به آنها کمک کند تا کسب و کار شما را پیدا کنند.

مشاهده بیشتر
Card image cap
تبلیغات ما

مشتریان به طور فزاینده ای آنلاین هستند. تبلیغات می تواند به آنها کمک کند تا کسب و کار شما را پیدا کنند.

مشاهده بیشتر
Card image cap
تبلیغات ما

مشتریان به طور فزاینده ای آنلاین هستند. تبلیغات می تواند به آنها کمک کند تا کسب و کار شما را پیدا کنند.

مشاهده بیشتر
Card image cap
تبلیغات ما

مشتریان به طور فزاینده ای آنلاین هستند. تبلیغات می تواند به آنها کمک کند تا کسب و کار شما را پیدا کنند.

مشاهده بیشتر
Card image cap
تبلیغات ما

مشتریان به طور فزاینده ای آنلاین هستند. تبلیغات می تواند به آنها کمک کند تا کسب و کار شما را پیدا کنند.

مشاهده بیشتر
0.0.5
0.0.4
0.0.3
0.0.2
0.0.1
0.0.5
0.0.4
0.0.3
0.0.2
0.0.1

توضیحات

Python implementation of emptydrops() in CellRanger v3.0.2
ویژگی مقدار
سیستم عامل -
نام فایل emptydrops-0.0.5
نام emptydrops
نسخه کتابخانه 0.0.5
نگهدارنده []
ایمیل نگهدارنده []
نویسنده nh3
ایمیل نویسنده nh3@users.noreply.github.com
آدرس صفحه اصلی https://github.com/nh3/emptydrops
آدرس اینترنتی https://pypi.org/project/emptydrops/
مجوز -
# emptydrops Python implementation of emptydrops-like cell calling as in CellRanger v3.0.2 ## Disclaimer: All code originally comes from https://github.com/10XGenomics/cellranger with minimal modifications for packaging and running under python3. ## Usage: ``` from emptydrops import find_nonambient_barcodes from emptydrops.matrix import CountMatrix matrix = CountMatrix.from_legacy_mtx(mtx_dir) find_nonambient_barcodes( matrix, # Full expression matrix orig_cell_bcs, # (iterable of str): Strings of initially-called cell barcodes min_umi_frac_of_median=0.01, min_umis_nonambient=500, max_adj_pvalue=0.01 ) ``` Returns: ``` [ 'eval_bcs', # Candidate barcode indices in addition to those in `orig_cell_bcs` (n) 'log_likelihood',# Ambient log likelihoods (n) 'pvalues', # pvalues (n) 'pvalues_adj', # B-H adjusted pvalues (n) 'is_nonambient', # Boolean nonambient calls (n) ] ```


نیازمندی

مقدار نام
- h5py
- lz4
- pandas
- scipy


نحوه نصب


نصب پکیج whl emptydrops-0.0.5:

    pip install emptydrops-0.0.5.whl


نصب پکیج tar.gz emptydrops-0.0.5:

    pip install emptydrops-0.0.5.tar.gz