معرفی شرکت ها
emmer-0.0.1
تبلیغات ما
مشتریان به طور فزاینده ای آنلاین هستند. تبلیغات می تواند به آنها کمک کند تا کسب و کار شما را پیدا کنند.
مشاهده بیشتر
تبلیغات ما
مشتریان به طور فزاینده ای آنلاین هستند. تبلیغات می تواند به آنها کمک کند تا کسب و کار شما را پیدا کنند.
مشاهده بیشتر
تبلیغات ما
مشتریان به طور فزاینده ای آنلاین هستند. تبلیغات می تواند به آنها کمک کند تا کسب و کار شما را پیدا کنند.
مشاهده بیشتر
تبلیغات ما
مشتریان به طور فزاینده ای آنلاین هستند. تبلیغات می تواند به آنها کمک کند تا کسب و کار شما را پیدا کنند.
مشاهده بیشتر
تبلیغات ما
مشتریان به طور فزاینده ای آنلاین هستند. تبلیغات می تواند به آنها کمک کند تا کسب و کار شما را پیدا کنند.
مشاهده بیشترتوضیحات
A python toolkit for the cryo-EM developer
| ویژگی | مقدار |
|---|---|
| سیستم عامل | - |
| نام فایل | emmer-0.0.1 |
| نام | emmer |
| نسخه کتابخانه | 0.0.1 |
| نگهدارنده | [] |
| ایمیل نگهدارنده | [] |
| نویسنده | Alok Bharadwaj, Maarten Joosten, Stefan T Huber, Arjen Jakobi, Reinier de Bruin |
| ایمیل نویسنده | - |
| آدرس صفحه اصلی | https://gitlab.tudelft.nl/aj-lab/emmer |
| آدرس اینترنتی | https://pypi.org/project/emmer/ |
| مجوز | 3-clause BSD |
[](https://lbesson.mit-license.org/)
[](https://www.python.org/downloads/release/python-370/)
[](https://pypi.org/project/emmer/)
[](https://pypi.org/project/emmer/)
[](https://doi.org/10.5281/zenodo.6652013)
# EMmer
This is a python package to collect important functions related to cryo EM data processing. Broadly, EMmer tools are divided based on the input data type: either a coordinate file (PDB) or a map data (as a numpy array). They are structured as follows:
## Structuring
* emmer
* ndimage
* filter (Low-pass, high-pass, band-pass filters and FSC filters)
* mask (Compute FDR confidence masks and atomic model masks)
* radial_profile (Compute radial profile from a map, estimate bfactors from radial profile)
* fsc (compute FSC between two maps)
* contour (compute properties of a contour at a given threshold like surface area, volume, number of segments)
* sharpen (modify maps by rescaling the amplitudes)
* general tools:
* average half maps
* compute real space correlation
* estimate center of mass of a map
* I/O operations
* Trim map between residues
* pdb
* SSE (Secondary Structure Estimation using DSSP algorithm)
* convert (to convert PDB to map)
* General tools:
* perturb PDB
* Compute RMSD between two PDB
* Get bfactors of all atoms
* Set bfactors of all atoms to a uniform value
* Neighbor analysis (estimate number of neighbors at a given position)
# Installation
You can install using pip
```
pip install emmer
```
Recommended python version: > 3.6
## Usage
You can load modules inside your python script like this:
1) Convert PDB to map
```
from emmer.pdb.convert.convert_pdb_to_map import convert_pdb_to_map
simulated_map = convert_pdb_to_map(input_pdb="/path/to/pdb.pdb", apix=1.1, size=(256,256,256)) # Returns a numpy.ndarray of shape: (256,256,256)
```
2) Compute FSC curve from two halfmaps
```
from emmer.ndimage.fsc.calculate_fsc_curve import calculate_fsc_curve
fsc_curve = calculate_fsc_curve(halfmap1, halfmap2)
```
3) Compute real space correlation between map and model
```
from emmer.pdb.convert.convert_pdb_to_map import convert_pdb_to_map
from emmer.ndimage.compute_real_space_correlation import compute_real_space_correlation as rsc
simulated_map = convert_pdb_to_map(input_pdb="/path/to/pdb.pdb", apix=1.1, size=(256,256,256))
emmap_path = "/path/to/emmap.mrc"
real_space_correlation = rsc(simulated_map, emmap_path) # Input can either be a path to a map or a numpy.ndarray of shape:(N,N,N)
```
# Conventions
Some suggestions:
* emmap density data is named "emmap"
* Pixel size is named 'apix'
* Distances are measured in Angstrom.
## Etymology
Refers to a person doing EM: an EM-mer
Is also a bucket in [Dutch](https://nl.wikipedia.org/wiki/Emmer)...
"Een emmer is een waterdicht vat dat aan een hengsel gedragen en meestal gebruikt wordt voor het vervoer van vloeistoffen."
It is also a type of wheat.
Acronym for:
Electron Microscopy Mightier (than) Ex Rays
# Feature requests
WRITE THEM HERE
نحوه نصب
نصب پکیج whl emmer-0.0.1:
pip install emmer-0.0.1.whl
نصب پکیج tar.gz emmer-0.0.1:
pip install emmer-0.0.1.tar.gz