معرفی شرکت ها

eme_selex-0.4

Card image cap
تبلیغات ما

مشتریان به طور فزاینده ای آنلاین هستند. تبلیغات می تواند به آنها کمک کند تا کسب و کار شما را پیدا کنند.

مشاهده بیشتر
Card image cap
تبلیغات ما

مشتریان به طور فزاینده ای آنلاین هستند. تبلیغات می تواند به آنها کمک کند تا کسب و کار شما را پیدا کنند.

مشاهده بیشتر
Card image cap
تبلیغات ما

مشتریان به طور فزاینده ای آنلاین هستند. تبلیغات می تواند به آنها کمک کند تا کسب و کار شما را پیدا کنند.

مشاهده بیشتر
Card image cap
تبلیغات ما

مشتریان به طور فزاینده ای آنلاین هستند. تبلیغات می تواند به آنها کمک کند تا کسب و کار شما را پیدا کنند.

مشاهده بیشتر
Card image cap
تبلیغات ما

مشتریان به طور فزاینده ای آنلاین هستند. تبلیغات می تواند به آنها کمک کند تا کسب و کار شما را پیدا کنند.

مشاهده بیشتر
0.4
0.3.1
0.3
0.2.1
0.2
0.1
0.4
0.3.1
0.3
0.2.1
0.2
0.1

توضیحات

Perform k-mer abundance analysis in DNA sequences
ویژگی مقدار
سیستم عامل -
نام فایل eme_selex-0.4
نام eme_selex
نسخه کتابخانه 0.4
نگهدارنده []
ایمیل نگهدارنده []
نویسنده -
ایمیل نویسنده Kashyap Chhatbar <kashyap.cc@gmail.com>
آدرس صفحه اصلی -
آدرس اینترنتی https://pypi.org/project/eme_selex/
مجوز -
# eme_selex eme_selex (***Every Motif Ever for SELEX Analysis***) is a Python package to perform k-mer abundance analysis in DNA sequences. ***eme_selex*** is developed to perform fast and efficient analysis of short k-mers (tested with k-mers up to length 10). While ***eme_selex*** can be used for general purpose k-mer analysis, motivation to develop ***eme_selex*** is to perform [**S**ystemic **E**volution of **L**igands by **EX**ponential enrichment coupled with **H**igh **T**hroughput sequencing (HT-SELEX)](https://en.wikipedia.org/wiki/Systematic_evolution_of_ligands_by_exponential_enrichment) analysis in a Pythonic way. By default, for every k-mer, ***eme_selex*** quantifies the fraction of reads containing that k-mer *in a non-redundant manner*. After the quantification, a basic position frequency matrix (PFM) for the top 50 k-mers is generated. If the user wants to generate more PFMs, they can change the *top* keyword argument to a desired number. ## Installation ```bash pip install eme_selex ``` ## Tutorial for HT-SELEX analysis Jupyter notebooks detailing the usage of ***eme_selex*** and extensive analysis for HT-SELEX are hosted here [https://eme_selex.readthedocs.io](https://eme_selex.readthedocs.io)


نیازمندی

مقدار نام
- mmh3
- biopython
- pytest
- testfixtures


نحوه نصب


نصب پکیج whl eme_selex-0.4:

    pip install eme_selex-0.4.whl


نصب پکیج tar.gz eme_selex-0.4:

    pip install eme_selex-0.4.tar.gz