معرفی شرکت ها
element-facemap-0.1.3
تبلیغات ما
مشتریان به طور فزاینده ای آنلاین هستند. تبلیغات می تواند به آنها کمک کند تا کسب و کار شما را پیدا کنند.
مشاهده بیشتر
تبلیغات ما
مشتریان به طور فزاینده ای آنلاین هستند. تبلیغات می تواند به آنها کمک کند تا کسب و کار شما را پیدا کنند.
مشاهده بیشتر
تبلیغات ما
مشتریان به طور فزاینده ای آنلاین هستند. تبلیغات می تواند به آنها کمک کند تا کسب و کار شما را پیدا کنند.
مشاهده بیشتر
تبلیغات ما
مشتریان به طور فزاینده ای آنلاین هستند. تبلیغات می تواند به آنها کمک کند تا کسب و کار شما را پیدا کنند.
مشاهده بیشتر
تبلیغات ما
مشتریان به طور فزاینده ای آنلاین هستند. تبلیغات می تواند به آنها کمک کند تا کسب و کار شما را پیدا کنند.
مشاهده بیشترتوضیحات
Facemap DataJoint element
| ویژگی | مقدار |
|---|---|
| سیستم عامل | - |
| نام فایل | element-facemap-0.1.3 |
| نام | element-facemap |
| نسخه کتابخانه | 0.1.3 |
| نگهدارنده | [] |
| ایمیل نگهدارنده | [] |
| نویسنده | DataJoint |
| ایمیل نویسنده | info@datajoint.com |
| آدرس صفحه اصلی | https://github.com/datajoint/element-facemap |
| آدرس اینترنتی | https://pypi.org/project/element-facemap/ |
| مجوز | MIT |
# DataJoint Element - Facemap
+ This repository features DataJoint pipeline design for facial behavior tracking of head-fixed rodent with [MouseLand's Facemap](https://github.com/MouseLand/facemap).
+ The pipeline presented here is not a complete pipeline by itself,
but rather a modular design of tables and dependencies specific to the Facemap workflow.
+ This modular pipeline element can be flexibly attached downstream to
any particular design of experiment session, thus assembling
a fully functional facemap pipeline.
+ See the [Element Facemap documentation](https://elements.datajoint.org/description/facemap/) for the background information and development timeline.
+ For more information on the DataJoint Elements project, please visit https://elements.datajoint.org. This work is supported by the National Institutes of Health.
## Element architecture
As the diagram depicts, the facemap element starts immediately downstream from ***Session*** and ***Device***.
We provide an example workflow with a [pipeline script](https://github.com/datajoint/workflow-facemap/blob/main/workflow_facemap/pipeline.py)
that models combining this Element with the corresponding [Element-Session](https://github.com/datajoint/element-session).
+ ***VideoRecording***: All recordings from a given session.
+ ***RecordingInfo***: Meta information of each video recording (number of frames, pixel lengths, fps, etc.)
+ ***FacialSignal***: Set of results from SVD of user defined regions.
+ ***FacialSignal.Region***: Information about each region (region name, pixel indices, etc)
+ ***FacialSignal.MovieSVD***: Principle components, projections, singular values for each movie region
+ ***FacialSignal.MotionSVD***: Principle components, projections, singular values for each motion region
+ ***FacialSignal.Summary***: Average frame, average motion, spatial binning factor
## Installation
+ Install `element-facemap`
```
pip install element-facemap
```
+ Upgrade `element-facemap` previously installed with `pip`
```
pip install --upgrade element-facemap
```
## Usage
### Element activation
To activate the `element-facemap`, ones need to provide:
1. Schema names
+ schema name for the facial behavior estimation module
2. Upstream tables
+ Session table: A set of keys identifying a recording session (see [Element-Session](https://github.com/datajoint/element-session)).
+ Device table: A Device table to specify a video recording.
3. Utility functions
+ get_facemap_root_data_dir(): Returns your root data directory.
+ get_facemap_processed_data_dir(): Returns your output root data directory
+ get_facemap_video_files(): Returns your video files
### Example usage
See the [workflow-facemap](https://github.com/datajoint/workflow-facemap) repository for an example usage of this Facemap Element.
## Citation
+ If your work uses DataJoint and DataJoint Elements, please cite the respective Research Resource Identifiers (RRIDs) and manuscripts.
+ DataJoint for Python or MATLAB
+ Yatsenko D, Reimer J, Ecker AS, Walker EY, Sinz F, Berens P, Hoenselaar A, Cotton RJ, Siapas AS, Tolias AS. DataJoint: managing big scientific data using MATLAB or Python. bioRxiv. 2015 Jan 1:031658. doi: https://doi.org/10.1101/031658
+ DataJoint ([RRID:SCR_014543](https://scicrunch.org/resolver/SCR_014543)) - DataJoint for `<Select Python or MATLAB>` (version `<Enter version number>`)
+ DataJoint Elements
+ Yatsenko D, Nguyen T, Shen S, Gunalan K, Turner CA, Guzman R, Sasaki M, Sitonic D, Reimer J, Walker EY, Tolias AS. DataJoint Elements: Data Workflows for Neurophysiology. bioRxiv. 2021 Jan 1. doi: https://doi.org/10.1101/2021.03.30.437358
+ DataJoint Elements ([RRID:SCR_021894](https://scicrunch.org/resolver/SCR_021894)) - Element Facemap (version `<Enter version number>`)
نیازمندی
| مقدار | نام |
|---|---|
| >=0.13.0 | datajoint |
| - | opencv-python-headless |
نحوه نصب
نصب پکیج whl element-facemap-0.1.3:
pip install element-facemap-0.1.3.whl
نصب پکیج tar.gz element-facemap-0.1.3:
pip install element-facemap-0.1.3.tar.gz