معرفی شرکت ها
edc-pdutils-0.3.9
تبلیغات ما
مشتریان به طور فزاینده ای آنلاین هستند. تبلیغات می تواند به آنها کمک کند تا کسب و کار شما را پیدا کنند.
مشاهده بیشتر
تبلیغات ما
مشتریان به طور فزاینده ای آنلاین هستند. تبلیغات می تواند به آنها کمک کند تا کسب و کار شما را پیدا کنند.
مشاهده بیشتر
تبلیغات ما
مشتریان به طور فزاینده ای آنلاین هستند. تبلیغات می تواند به آنها کمک کند تا کسب و کار شما را پیدا کنند.
مشاهده بیشتر
تبلیغات ما
مشتریان به طور فزاینده ای آنلاین هستند. تبلیغات می تواند به آنها کمک کند تا کسب و کار شما را پیدا کنند.
مشاهده بیشتر
تبلیغات ما
مشتریان به طور فزاینده ای آنلاین هستند. تبلیغات می تواند به آنها کمک کند تا کسب و کار شما را پیدا کنند.
مشاهده بیشترتوضیحات
Use pandas with clinicedc/edc projects
| ویژگی | مقدار |
|---|---|
| سیستم عامل | - |
| نام فایل | edc-pdutils-0.3.9 |
| نام | edc-pdutils |
| نسخه کتابخانه | 0.3.9 |
| نگهدارنده | [] |
| ایمیل نگهدارنده | [] |
| نویسنده | Erik van Widenfelt |
| ایمیل نویسنده | ew2789@gmail.com |
| آدرس صفحه اصلی | https://github.com/clinicedc/edc-pdutils |
| آدرس اینترنتی | https://pypi.org/project/edc-pdutils/ |
| مجوز | GPL license, see LICENSE |
|pypi| |actions| |codecov| |downloads|
edc-pdutils
+++++++++++
Use pandas with the Edc
Using the management command to export to CSV and STATA
+++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++
To export as CSV where the delimiter is ``|``
.. code-block:: python
python manage.py export_models -a ambition_subject -p /ambition/export
To export as STATA ``dta``:
.. code-block:: python
python manage.py export_models -a ambition_subject -f stata -p /ambition/export
To export encrypted fields as well:
.. code-block:: python
python manage.py export_models -a ambition_subject -f stata -p /ambition/export --decrypt
To export using a simpler filename that drops the tablename app_label prefix and does not include a datestamp suffix:
.. code-block:: python
python manage.py export_models -a ambition_subject -f stata -p /ambition/export --use_simple_filename
Export manually
+++++++++++++++
To export Crf data, for example:
.. code-block:: python
from edc_pdutils.df_exporters import CsvCrfTablesExporter
from edc_pdutils.df_handlers import CrfDfHandler
app_label = 'ambition_subject'
csv_path = '/Users/erikvw/Documents/ambition/export/'
date_format = '%Y-%m-%d'
sep = '|'
exclude_history_tables = True
class MyDfHandler(CrfDfHandler):
visit_tbl = f'{app_label}_subjectvisit'
exclude_columns = ['form_as_json', 'survival_status','last_alive_date',
'screening_age_in_years', 'registration_datetime',
'subject_type']
class MyCsvCrfTablesExporter(CsvCrfTablesExporter):
visit_column = 'subject_visit_id'
datetime_fields = ['randomization_datetime']
df_handler_cls = MyDfHandler
app_label = app_label
export_folder = csv_path
sys.stdout.write('\n')
exporter = MyCsvCrfTablesExporter(
export_folder=csv_path,
exclude_history_tables=exclude_history_tables
)
exporter.to_csv(date_format=date_format, delimiter=sep)
To export INLINE data for any CRF configured with an inline, for example:
.. code-block:: python
class MyDfHandler(CrfDfHandler):
visit_tbl = 'ambition_subject_subjectvisit'
exclude_columns = ['form_as_json', 'survival_status','last_alive_date',
'screening_age_in_years', 'registration_datetime',
'subject_type']
class MyCsvCrfInlineTablesExporter(CsvCrfInlineTablesExporter):
visit_columns = ['subject_visit_id']
df_handler_cls = MyDfHandler
app_label = 'ambition_subject'
export_folder = csv_path
exclude_inline_tables = [
'ambition_subject_radiology_abnormal_results_reason',
'ambition_subject_radiology_cxr_type']
sys.stdout.write('\n')
exporter = MyCsvCrfInlineTablesExporter()
exporter.to_csv(date_format=date_format, delimiter=sep)
Using ``model_to_dataframe``
++++++++++++++++++++++++++++
.. code-block:: python
from edc_pdutils.model_to_dataframe import ModelToDataframe
from edc_pdutils.utils import get_model_names
from edc_pdutils.df_exporters.csv_exporter import CsvExporter
app_label = 'ambition_subject'
csv_path = '/Users/erikvw/Documents/ambition/export/'
date_format = '%Y-%m-%d'
sep = '|'
for model_name in get_model_names(
app_label=app_label,
# with_columns=with_columns,
# without_columns=without_columns,
):
m = ModelToDataframe(model=model_name)
exporter = CsvExporter(
data_label=model_name,
date_format=date_format,
delimiter=sep,
export_folder=csv_path,
)
exported = exporter.to_csv(dataframe=m.dataframe)
Settings
========
``EXPORT_FILENAME_TIMESTAMP_FORMAT``: True/False (Default: False)
By default a timestamp of the current date is added as a suffix to CSV export filenames.
By default a timestamp of format ``%Y%m%d%H%M%S`` is added.
``EXPORT_FILENAME_TIMESTAMP_FORMAT`` may be set to an empty string or a valid format for ``strftime``.
If ``EXPORT_FILENAME_TIMESTAMP_FORMAT`` is set to an empty string, "", a suffix is not added.
For example:
.. code-block:: bash
# default
registered_subject_20190203112555.csv
# EXPORT_FILENAME_TIMESTAMP_FORMAT = "%Y%m%d"
registered_subject_20190203.csv
# EXPORT_FILENAME_TIMESTAMP_FORMAT = ""
registered_subject.csv
.. |pypi| image:: https://img.shields.io/pypi/v/edc-pdutils.svg
:target: https://pypi.python.org/pypi/edc-pdutils
.. |actions| image:: https://github.com/clinicedc/edc-pdutils/workflows/build/badge.svg?branch=develop
:target: https://github.com/clinicedc/edc-pdutils/actions?query=workflow:build
.. |codecov| image:: https://codecov.io/gh/clinicedc/edc-pdutils/branch/develop/graph/badge.svg
:target: https://codecov.io/gh/clinicedc/edc-pdutils
.. |downloads| image:: https://pepy.tech/badge/edc-pdutils
:target: https://pepy.tech/project/edc-pdutils
نیازمندی
| مقدار | نام |
|---|---|
| ==1.5.3 | pandas |
| - | mysqlclient |
زبان مورد نیاز
| مقدار | نام |
|---|---|
| >=3.10 | Python |
نحوه نصب
نصب پکیج whl edc-pdutils-0.3.9:
pip install edc-pdutils-0.3.9.whl
نصب پکیج tar.gz edc-pdutils-0.3.9:
pip install edc-pdutils-0.3.9.tar.gz