معرفی شرکت ها

ecophylo-0.1.6

Card image cap
تبلیغات ما

مشتریان به طور فزاینده ای آنلاین هستند. تبلیغات می تواند به آنها کمک کند تا کسب و کار شما را پیدا کنند.

مشاهده بیشتر
Card image cap
تبلیغات ما

مشتریان به طور فزاینده ای آنلاین هستند. تبلیغات می تواند به آنها کمک کند تا کسب و کار شما را پیدا کنند.

مشاهده بیشتر
Card image cap
تبلیغات ما

مشتریان به طور فزاینده ای آنلاین هستند. تبلیغات می تواند به آنها کمک کند تا کسب و کار شما را پیدا کنند.

مشاهده بیشتر
Card image cap
تبلیغات ما

مشتریان به طور فزاینده ای آنلاین هستند. تبلیغات می تواند به آنها کمک کند تا کسب و کار شما را پیدا کنند.

مشاهده بیشتر
Card image cap
تبلیغات ما

مشتریان به طور فزاینده ای آنلاین هستند. تبلیغات می تواند به آنها کمک کند تا کسب و کار شما را پیدا کنند.

مشاهده بیشتر
0.1.6
0.1.5
0.1.4
0.1.2
0.1.1
0.1.6
0.1.5
0.1.4
0.1.2
0.1.1

توضیحات

Coalescent-based simulations of eco-evolutionary biodiverity dynamics
ویژگی مقدار
سیستم عامل -
نام فایل ecophylo-0.1.6
نام ecophylo
نسخه کتابخانه 0.1.6
نگهدارنده []
ایمیل نگهدارنده []
نویسنده Elizabeth Barthelemy
ایمیل نویسنده elizabeth.barthelemy@univ-grenoble-alpes.fr
آدرس صفحه اصلی https://github.com/thegreatlizzyator/ecophylo
آدرس اینترنتی https://pypi.org/project/ecophylo/
مجوز CeCILL
# EcoPhylo [![PyPI status](https://img.shields.io/pypi/status/ecophylo.svg)](https://pypi.python.org/pypi/ecophylo/) [![PyPI version](https://badge.fury.io/py/ecophylo.svg)](https://badge.fury.io/py/ecophylo) [![PyPI license](https://img.shields.io/pypi/l/ecophylo.svg)](https://pypi.python.org/pypi/ecophylo/) [![PyPI pyversions](https://img.shields.io/pypi/pyversions/ecophylo.svg)](https://pypi.python.org/pypi/ecophylo/) *Ecophylo* is dedicated to coalescent-based simulation of eco-evolutionary dynamics. Species assemblages and their shared ancestry can be simulated by jointly taking into account the influence of past demographic fluctuations and extinctions along with how divergent genotypes have introduced new species over time through speciation. The source for this project is available [here][src]. ---- [src]: https://github.com/thegreatlizzyator/ecophylo ## Dependencies This package depend on **python 3.7**. There are multiple dependencies to other python packages. This will be done when installing ecophylo tool in most cases. You can experiment difficulties for installing msprime, check the help [here][msprime] [msprime]: https://tskit.dev/msprime/docs/stable/installation.html ## Install (with pip) To install this package, you can either download the tar.gz file in the *dist* directory of the repository : ```shell python3 -m pip install <path_to>/ecophylo-<VERSION>.tar.gz ``` or install from the Python Package index (Pypi) : ```shell python3 -m pip install ecophylo ``` or install from github (it does not work for private repository): ```shell python3 -m pip install git+https://github.com/thegreatlizzyator/ecophylo/tree/packaging/dist/ecophylo-0.0.5.tar.gz ``` ## Usage You can simulate trees using this package main function in python. ```python import ecophylo n = 25 #the number of sampled individuals com_size = [[5000,10000,50000]] # the size of the assemblage in the past, the first element is the current assemblage size mu = 0.001 # the point mutation rate changetime = [[0,700,10000]] # the dates (in generation time) at which the assemblage has changed sizes in the past tree = ecophylo.simulate(samples = n, com_size= com_size, mu = mu, changetime= changetime, seed= 42) print(tree) ``` ## Maintainers [@thegreatlizzyator](https://github.com/thegreatlizzyator) & [@gowachin](https://github.com/gowachin). ## Contributing Feel free to dive in! [Open an issue](https://github.com/thegreatlizzyator/ecophylo/issues/new) or submit PRs. thegreatlizzyator follows the [Contributor Covenant](http://contributor-covenant.org/version/1/3/0/) Code of Conduct. ### Contributors This project exists thanks to all the people who contribute. <a href = "https://github.com/thegreatlizzyator/ecophylo/graphs/contributors"> <img src = "https://contrib.rocks/image?repo = thegreatlizzyator/ecophylo"/> </a> ## License [CeCILL-B](LICENSE) © Elizabeth Bathelemy


نیازمندی

مقدار نام
- setuptools
- requests


زبان مورد نیاز

مقدار نام
>=3.7 Python


نحوه نصب


نصب پکیج whl ecophylo-0.1.6:

    pip install ecophylo-0.1.6.whl


نصب پکیج tar.gz ecophylo-0.1.6:

    pip install ecophylo-0.1.6.tar.gz