معرفی شرکت ها

تبلیغات ما

مشتریان به طور فزاینده ای آنلاین هستند. تبلیغات می تواند به آنها کمک کند تا کسب و کار شما را پیدا کنند.

مشاهده بیشتر

تبلیغات ما

مشتریان به طور فزاینده ای آنلاین هستند. تبلیغات می تواند به آنها کمک کند تا کسب و کار شما را پیدا کنند.

مشاهده بیشتر

تبلیغات ما

مشتریان به طور فزاینده ای آنلاین هستند. تبلیغات می تواند به آنها کمک کند تا کسب و کار شما را پیدا کنند.

مشاهده بیشتر

تبلیغات ما

مشتریان به طور فزاینده ای آنلاین هستند. تبلیغات می تواند به آنها کمک کند تا کسب و کار شما را پیدا کنند.

مشاهده بیشتر

تبلیغات ما

مشتریان به طور فزاینده ای آنلاین هستند. تبلیغات می تواند به آنها کمک کند تا کسب و کار شما را پیدا کنند.

مشاهده بیشتر

توضیحات

Automated scRNA-seq filtering

ویژگی	مقدار
سیستم عامل	-
نام فایل	dropkick-1.2.6
نام	dropkick
نسخه کتابخانه	1.2.6
نگهدارنده	[]
ایمیل نگهدارنده	[]
نویسنده	Cody Heiser
ایمیل نویسنده	codyheiser49@gmail.com
آدرس صفحه اصلی	https://github.com/KenLauLab/dropkick
آدرس اینترنتی	https://pypi.org/project/dropkick/
مجوز	-

|Dropkick Logo| Automated cell filtering for single-cell RNA sequencing data. ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ |Latest Version| ---- ``dropkick`` works primarily with |scanpy|_'s ``AnnData`` objects, and accepts input files in ``.h5ad`` or flat (``.csv``, ``.tsv``) format. It also writes outputs to ``.h5ad`` files when called from the terminal. Installation via ``pip`` or from source requires a Fortran compiler (``brew install gcc`` for Mac users). Install from PyPI: ^^^^^^^^^^^^^^^^^^ .. code:: bash pip install dropkick Or compile from source: ^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^ .. code:: bash git clone https://github.com/KenLauLab/dropkick.git cd dropkick python setup.py install ---- ``dropkick`` can be run as a command line tool or interactively with the |scanpy|_ single-cell analysis suite. Usage from command line: ^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^ .. code:: bash dropkick run path/to/counts.h5ad Output will be saved in a new ``.h5ad`` file containing cell probability scores, labels, and model parameters. You can also run the ``dropkick.qc`` module from terminal for a quick look at the total UMI distribution and ambient genes, saved as ``*_qc.png``: .. code:: bash dropkick qc path/to/counts.h5ad See |dropkick_tutorial.ipynb|_ for an interactive walkthrough of the ``dropkick`` pipeline and its outputs. Full documentation is available at |KenLauLab.github.io/dropkick|_. .. |Dropkick Logo| image:: https://github.com/KenLauLab/dropkick/blob/master/data/dropkick_logo.png .. |Latest Version| image:: https://img.shields.io/pypi/v/dropkick :target: https://pypi.python.org/pypi/dropkick/ .. |scanpy| replace:: ``scanpy`` .. _scanpy: https://icb-scanpy.readthedocs-hosted.com/en/stable/ .. |dropkick_tutorial.ipynb| replace:: ``dropkick_tutorial.ipynb`` .. _dropkick_tutorial.ipynb: dropkick_tutorial.ipynb .. |KenLauLab.github.io/dropkick| replace:: ``KenLauLab.github.io/dropkick`` .. _KenLauLab.github.io/dropkick: https://kenlaulab.github.io/dropkick/

نیازمندی

مقدار	نام
>=1.9.2	numpy
>=0.14.1	scipy
-	pandas
>=0.18.0	scikit-learn
-	scikit-image
>=3.0.3	matplotlib
-	scanpy

زبان مورد نیاز

مقدار	نام
>=3.6	Python

نحوه نصب

نصب پکیج whl dropkick-1.2.6:

pip install dropkick-1.2.6.whl

نصب پکیج tar.gz dropkick-1.2.6:

pip install dropkick-1.2.6.tar.gz