معرفی شرکت ها
drawnmr-0.24
تبلیغات ما
مشتریان به طور فزاینده ای آنلاین هستند. تبلیغات می تواند به آنها کمک کند تا کسب و کار شما را پیدا کنند.
مشاهده بیشتر
تبلیغات ما
مشتریان به طور فزاینده ای آنلاین هستند. تبلیغات می تواند به آنها کمک کند تا کسب و کار شما را پیدا کنند.
مشاهده بیشتر
تبلیغات ما
مشتریان به طور فزاینده ای آنلاین هستند. تبلیغات می تواند به آنها کمک کند تا کسب و کار شما را پیدا کنند.
مشاهده بیشتر
تبلیغات ما
مشتریان به طور فزاینده ای آنلاین هستند. تبلیغات می تواند به آنها کمک کند تا کسب و کار شما را پیدا کنند.
مشاهده بیشتر
تبلیغات ما
مشتریان به طور فزاینده ای آنلاین هستند. تبلیغات می تواند به آنها کمک کند تا کسب و کار شما را پیدا کنند.
مشاهده بیشترتوضیحات
A module for displaying NMR data with bokeh in Python or Jupyter Notebooks.
| ویژگی | مقدار |
|---|---|
| سیستم عامل | - |
| نام فایل | drawnmr-0.24 |
| نام | drawnmr |
| نسخه کتابخانه | 0.24 |
| نگهدارنده | [] |
| ایمیل نگهدارنده | [] |
| نویسنده | Troels Schwarz-Linnet |
| ایمیل نویسنده | tlinnet@gmail.com |
| آدرس صفحه اصلی | https://github.com/tlinnet/drawnmr |
| آدرس اینترنتی | https://pypi.org/project/drawnmr/ |
| مجوز | GNU General Public License v3 (GPLv3) |
=======
drawnmr
=======
What is drawnmr?
----------------
**drawnmr** is a module for viewing NMR data in Python. When used with the
*nmrglue* and *bokeh* packages, **drawnmr** provides functions to view and
interact with NMR data.
**drawnmr** is a wrapper around *nmrglue* capabilities and provide helper functions
to show the data in bokeh, which is an interactive visualisation library.
The main purpose is to show NMR data in a Jupyter Notebook.
If a Jupyter Notebook installation is not running, *bokeh* allow
the output to be saved to static HTML files.
*nmrglue* is used for processing nmrdata, and *bokeh* is used
for showing and interacting. The function *get_contour_widget()*
create ipywidgets to easily control contour levels. The function
*get_peakpick()* calls *nmrglue* *peakpick.pick()* to find peaks,
convert from data point to ppm coordinates, store in a *pandas* dataframe for
easy inspection and add the peaks to the *bokeh* plot.
Important links
---------------
* Source code: https://github.com/tlinnet/drawnmr
* PyPI package: https://pypi.python.org/pypi/drawnmr
* Link to *nmrglue*: https://www.nmrglue.com and https://github.com/jjhelmus/nmrglue
* Link to *bokeh*: https://bokeh.pydata.org and https://github.com/bokeh/bokeh
See examples
------------------------
Use **nbviewer.jupyter.org** to:
* See default Notebook 15N/13C 2D contour: nmrglue_s4_2d_plotting.ipynb_
* See how to use widgets to alter contour levels: contour_widget.ipynb_
* See how to use nmrglue peak pick, print table and show: contour_find_peaks.ipynb_
.. _nmrglue_s4_2d_plotting.ipynb: http://nbviewer.jupyter.org/github/tlinnet/drawnmr/blob/master/examples/nmrglue_s4_2d_plotting.ipynb
.. _contour_widget.ipynb: http://nbviewer.jupyter.org/github/tlinnet/drawnmr/blob/master/examples/contour_widget.ipynb
.. _contour_find_peaks.ipynb: http://nbviewer.jupyter.org/github/tlinnet/drawnmr/blob/master/examples/contour_find_peaks.ipynb
Launch interactive Jupyter Notebook mybinder.org_ to try examples:
.. _mybinder.org: https://mybinder.org/v2/gh/tlinnet/drawnmr/master
.. image:: https://mybinder.org/badge.svg
:target: https://mybinder.org/v2/gh/tlinnet/drawnmr/master
.. image:: https://raw.githubusercontent.com/tlinnet/drawnmr/master/docs/images/image_2.png
.. image:: https://raw.githubusercontent.com/tlinnet/drawnmr/master/docs/images/image_1.png
How to install?
---------------
If using conda, these steps will install an environment
.. code-block:: bash
# With pip from https://pypi.python.org/pypi/drawnmr
pip install drawnmr
Developer install for local conda environment:
.. code-block:: bash
# Create environment
conda env create -f environment.yml
# Activate environment
conda env list
source activate drawnmr
# Enable ipywidgets
jupyter nbextension list
jupyter nbextension enable --py widgetsnbextension --sys-prefix
# Start jupyter
jupyter notebook
Or manual install in root environment:
.. code-block:: bash
# Manually install package
python setup.py install --force
# Manually uninstall
python setup.py install --record files.txt
PACK=`dirname $(head -n 1 files.txt)`
rm -rf $PACK
#cat files.txt | xargs rm -rf
Developer
---------
* Guide for upload: http://peterdowns.com/posts/first-time-with-pypi.html
* Updated info: https://packaging.python.org/guides/migrating-to-pypi-org/#uploading
* PyPI test account: http://testpypi.python.org/pypi?%3Aaction=register_form
* PyPI Live account: http://pypi.python.org/pypi?%3Aaction=register_form
.. code-block:: bash
# Modify version in: drawnmr/__init__.py
# Create tag
VERS=`python -c "from drawnmr import __version__; print(__version__)"`
# Adds a tag so that we can put this on PyPI
git tag $VERS -m ""
git push --tags origin master
# Upload your package to PyPI Test
python setup.py sdist upload -r pypitest
open https://testpypi.python.org/pypi/drawnmr
# Upload to PyPI Live
# Once you've successfully uploaded to PyPI Test, perform the same steps but point to the live PyPI server instead.
python setup.py sdist upload -r pypi
open https://pypi.python.org/pypi/drawnmr
نحوه نصب
نصب پکیج whl drawnmr-0.24:
pip install drawnmr-0.24.whl
نصب پکیج tar.gz drawnmr-0.24:
pip install drawnmr-0.24.tar.gz