معرفی شرکت ها

تبلیغات ما

مشتریان به طور فزاینده ای آنلاین هستند. تبلیغات می تواند به آنها کمک کند تا کسب و کار شما را پیدا کنند.

مشاهده بیشتر

تبلیغات ما

مشتریان به طور فزاینده ای آنلاین هستند. تبلیغات می تواند به آنها کمک کند تا کسب و کار شما را پیدا کنند.

مشاهده بیشتر

تبلیغات ما

مشتریان به طور فزاینده ای آنلاین هستند. تبلیغات می تواند به آنها کمک کند تا کسب و کار شما را پیدا کنند.

مشاهده بیشتر

تبلیغات ما

مشتریان به طور فزاینده ای آنلاین هستند. تبلیغات می تواند به آنها کمک کند تا کسب و کار شما را پیدا کنند.

مشاهده بیشتر

تبلیغات ما

مشتریان به طور فزاینده ای آنلاین هستند. تبلیغات می تواند به آنها کمک کند تا کسب و کار شما را پیدا کنند.

مشاهده بیشتر

توضیحات

align BS-Seq reads with dragmap

ویژگی	مقدار
سیستم عامل	-
نام فایل	dragmap-meth-0.1.2
نام	dragmap-meth
نسخه کتابخانه	0.1.2
نگهدارنده	[]
ایمیل نگهدارنده	[]
نویسنده	Shaojun Xie
ایمیل نویسنده	xie186@purdue.edu
آدرس صفحه اصلی	https://github.com/xie186/dragmap-meth
آدرس اینترنتی	https://pypi.org/project/dragmap-meth/
مجوز	MIT

# dragmap_meth (dragmap_meth.py) Alignment of BS-Seq reads using [dragmap](https://github.com/Illumina/DRAGMAP). ## Intro This works for single-end reads and for **paired-end reads from the directional protocol** (most common). ## Installation ### Install `dragmap-meth` via `pip` `dragmap-meth` is available on https://pypi.org/project/dragmap-meth/ ``` pip install dragmap-meth ``` ## Install `dragmap-meth` via `conda` ``` conda env create -n env4dragmap-meth --file environment.yaml python=3 git clone https://github.com/xie186/dragmap-meth.git cd dragmap-meth/ ``` ## QuickStart The commands: ``` python dragmap-meth.py buildhashtable -r ref.fa -o ref/ python dragmap-meth.py dragmap -ht ref/ -r1 t_R1.fastq.gz -r2 t_R2.fastq.gz |samtools view -bS - -o dragmap-meth.bam ``` will create `dragmap-meth.bam`. To align single end-reads, specify only 1 file: `-r1 some_read.fastq.gz` ### Dependencies ``` Python 3.10.1 dragmap ``` ## Reference: Introducing DRAGMAP, the new genome mapper in DRAGEN-GATK: https://gatk.broadinstitute.org/hc/en-us/articles/4410953761563-Introducing-DRAGMAP-the-new-genome-mapper-in-DRAGEN-GATK Demystifying the versions of GRCh38/hg38 Reference Genomes, how they are used in DRAGEN™ and their impact on accuracy: https://www.illumina.com/science/genomics-research/articles/dragen-demystifying-reference-genomes.html https://github.com/DavidStreid/bio_docker/tree/main/dragmap https://github.com/HudsonAlpha/CSL_public_benchmark ## Acknowledgement Special thanks to [bwa-meth](https://github.com/brentp/bwa-meth). Part of the codes were adapted from bwa-meth.

نیازمندی

مقدار	نام
-	toolshed

نحوه نصب

نصب پکیج whl dragmap-meth-0.1.2:

pip install dragmap-meth-0.1.2.whl

نصب پکیج tar.gz dragmap-meth-0.1.2:

pip install dragmap-meth-0.1.2.tar.gz