معرفی شرکت ها

download-giab-0.7.0

Card image cap
تبلیغات ما

مشتریان به طور فزاینده ای آنلاین هستند. تبلیغات می تواند به آنها کمک کند تا کسب و کار شما را پیدا کنند.

مشاهده بیشتر
Card image cap
تبلیغات ما

مشتریان به طور فزاینده ای آنلاین هستند. تبلیغات می تواند به آنها کمک کند تا کسب و کار شما را پیدا کنند.

مشاهده بیشتر
Card image cap
تبلیغات ما

مشتریان به طور فزاینده ای آنلاین هستند. تبلیغات می تواند به آنها کمک کند تا کسب و کار شما را پیدا کنند.

مشاهده بیشتر
Card image cap
تبلیغات ما

مشتریان به طور فزاینده ای آنلاین هستند. تبلیغات می تواند به آنها کمک کند تا کسب و کار شما را پیدا کنند.

مشاهده بیشتر
Card image cap
تبلیغات ما

مشتریان به طور فزاینده ای آنلاین هستند. تبلیغات می تواند به آنها کمک کند تا کسب و کار شما را پیدا کنند.

مشاهده بیشتر

توضیحات

Utility Python package to download Genome-in-a-Bottle data from their index files.
ویژگی مقدار
سیستم عامل -
نام فایل download-giab-0.7.0
نام download-giab
نسخه کتابخانه 0.7.0
نگهدارنده []
ایمیل نگهدارنده []
نویسنده David Lougheed
ایمیل نویسنده david.lougheed@gmail.com
آدرس صفحه اصلی https://github.com/davidlougheed/download_giab
آدرس اینترنتی https://pypi.org/project/download-giab/
مجوز GPLv3
# download_giab Utility Python package to download Genome-in-a-Bottle (GIAB) data from their [index files](https://github.com/genome-in-a-bottle/giab_data_indexes/). This requires Python 3.6 or later. To install, run the following: ```bash pip install download_giab ``` If you're installing on a cluster, this might be more like: ```bash pip install --user download_giab ``` To use, run something like the following: ```bash download_giab https://raw.githubusercontent.com/genome-in-a-bottle/giab_data_indexes/master/AshkenazimTrio/sequence.index.AJtrio_Illumina300X_wgs_07292015.HG002 ``` This will download everything in the linked index to the directory the utility is run from. It can also download from local index files. If you want to download lots of data and not have the program hang up upon session disconnect, you can use `nohup` and `&`: ```bash nohup download_giab https://raw.githubusercontent.com/genome-in-a-bottle/giab_data_indexes/master/AshkenazimTrio/sequence.index.AJtrio_Illumina300X_wgs_07292015.HG002 & ``` If you are downloading paired-end reads and want to concatenate all FASTQ files into two files, you can use the `--cat-paired` flag. This will generate two files per sample: `[sample]_1.fastq.gz` and `[sample]_2.fastq.gz`. If a sample ID is not present, the literal text `paired` will be used. This will not work for some tools (e.g. `bwa mem`) if the FASTQ files in a pair-set are of different lengths. If instead you want to store the read pairs + a suggested common name, use the `--store-paired-names` flag. This will write to a file called `paired_names.txt`. To filter what files are downloaded, the `--filter` flag can be provided with a case insensitive string or regular expression (in Python syntax.)


نیازمندی

مقدار نام
<3,>=2.20 requests


زبان مورد نیاز

مقدار نام
~=3.6 Python


نحوه نصب


نصب پکیج whl download-giab-0.7.0:

    pip install download-giab-0.7.0.whl


نصب پکیج tar.gz download-giab-0.7.0:

    pip install download-giab-0.7.0.tar.gz