معرفی شرکت ها

تبلیغات ما

مشتریان به طور فزاینده ای آنلاین هستند. تبلیغات می تواند به آنها کمک کند تا کسب و کار شما را پیدا کنند.

مشاهده بیشتر

تبلیغات ما

مشتریان به طور فزاینده ای آنلاین هستند. تبلیغات می تواند به آنها کمک کند تا کسب و کار شما را پیدا کنند.

مشاهده بیشتر

تبلیغات ما

مشتریان به طور فزاینده ای آنلاین هستند. تبلیغات می تواند به آنها کمک کند تا کسب و کار شما را پیدا کنند.

مشاهده بیشتر

تبلیغات ما

مشتریان به طور فزاینده ای آنلاین هستند. تبلیغات می تواند به آنها کمک کند تا کسب و کار شما را پیدا کنند.

مشاهده بیشتر

تبلیغات ما

مشتریان به طور فزاینده ای آنلاین هستند. تبلیغات می تواند به آنها کمک کند تا کسب و کار شما را پیدا کنند.

مشاهده بیشتر

توضیحات

Small bioinformatic package for dotplot's generation (in command line and in GUI)

ویژگی	مقدار
سیستم عامل	-
نام فایل	dotplot-0.4.5
نام	dotplot
نسخه کتابخانه	0.4.5
نگهدارنده	[]
ایمیل نگهدارنده	[]
نویسنده	kn_bibs
ایمیل نویسنده	bibs.kn@uw.edu.pl
آدرس صفحه اصلی	https://github.com/kn-bibs/dotplot
آدرس اینترنتی	https://pypi.org/project/dotplot/
مجوز	LGPL-3.0

Dotplot ======= |Build Status| |Code Climate| |Coverage Status| Idea ---- Dotplot is a plot used mainly in biology for graphical visualisations of sequences' similarity. [Read more on Wikipedia] (https://en.wikipedia.org/wiki/Dot\_plot\_%28bioinformatics%29). Why to create a new package? ---------------------------- There are many programs that attempt to create dotplots already. Unfortunately most of these programs was created long time ago and written in old versions of Java. This Python3 package will allow new generations of bioinformaticians to generate dotplots much easier. Installation & usage -------------------- Instalation with pip ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ The easiest way to install this package with all dependencis is to use pip: .. code:: bash pip install dotplot Manual installation ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ .. code:: bash git clone https://github.com/kn-bibs/dotplot To use graphical user interface, you will need to have pyqt5 installed, e.g. with: .. code:: python3 sudo apt-get install python3-pyqt5 To use matplotlib for drawing, you need to have it installed, e.g. with: .. code:: bash sudo pip3 install matplotlib Note: If you have chosen manual installation, use ``python3 dotplot`` command to run the program (while in the ``dotplot`` directory) instead of sole ``dotplot``. Basic usage ~~~~~~~~~~~ .. code:: bash dotplot --fasta 1.fa 2.fa To use graphical user interface, type: .. code:: bash dotplot --fasta 1.fa 2.fa --gui You can also fetch sequences from various sources (at once): .. code:: bash dotplot --gui --ncbi NP_001009852 --uniprot P03086 Advanced options ^^^^^^^^^^^^^^^^ You can set window size to be used in plot creation: .. code:: bash dotplot --fasta 1.fa 2.fa --gui --window_size 2 Furthermore, you can combine it with stringency: .. code:: bash dotplot --fasta 1.fa 2.fa --gui --window_size 2 --stringency 2 And you can use a similarity matrix to compare aminoacids: .. code:: bash dotplot --fasta 1.fa 2.fa --gui --window_size 2 --stringency 2 --matrix PAM120 Getting help ^^^^^^^^^^^^ To access list of available options run command above with added option ``-h``. What will it do? ---------------- In the future our application will be able to read a wide range of input formats, and users will be able to parametrize alignment process and output format to their liking. Dependencies & development -------------------------- We are writing in ``Python3`` and strict on code styling, with pep8 and pylint validation. We require all code merging to master to have at least 7,5 pylint score. To check this, at first install pytlint with pip3 and then, run the following command: ``python3 -m pylint dotplot.py``, where in place of ``dotplot.py`` use any name of the module to be tested. .. |Build Status| image:: https://travis-ci.org/kn-bibs/dotplot.svg?branch=master :target: https://travis-ci.org/kn-bibs/dotplot .. |Code Climate| image:: https://codeclimate.com/github/kn-bibs/dotplot/badges/gpa.svg :target: https://codeclimate.com/github/kn-bibs/dotplot .. |Coverage Status| image:: https://coveralls.io/repos/github/kn-bibs/dotplot/badge.svg :target: https://coveralls.io/github/kn-bibs/dotplot

نحوه نصب

نصب پکیج whl dotplot-0.4.5:

pip install dotplot-0.4.5.whl

نصب پکیج tar.gz dotplot-0.4.5:

pip install dotplot-0.4.5.tar.gz