معرفی شرکت ها
dotmotif-0.9.2
تبلیغات ما
مشتریان به طور فزاینده ای آنلاین هستند. تبلیغات می تواند به آنها کمک کند تا کسب و کار شما را پیدا کنند.
مشاهده بیشتر
تبلیغات ما
مشتریان به طور فزاینده ای آنلاین هستند. تبلیغات می تواند به آنها کمک کند تا کسب و کار شما را پیدا کنند.
مشاهده بیشتر
تبلیغات ما
مشتریان به طور فزاینده ای آنلاین هستند. تبلیغات می تواند به آنها کمک کند تا کسب و کار شما را پیدا کنند.
مشاهده بیشتر
تبلیغات ما
مشتریان به طور فزاینده ای آنلاین هستند. تبلیغات می تواند به آنها کمک کند تا کسب و کار شما را پیدا کنند.
مشاهده بیشتر
تبلیغات ما
مشتریان به طور فزاینده ای آنلاین هستند. تبلیغات می تواند به آنها کمک کند تا کسب و کار شما را پیدا کنند.
مشاهده بیشترتوضیحات
Find graph motifs using simple, intuitive notation
| ویژگی | مقدار |
|---|---|
| سیستم عامل | - |
| نام فایل | dotmotif-0.9.2 |
| نام | dotmotif |
| نسخه کتابخانه | 0.9.2 |
| نگهدارنده | [] |
| ایمیل نگهدارنده | [] |
| نویسنده | Jordan Matelsky |
| ایمیل نویسنده | jordan.matelsky@jhuapl.edu |
| آدرس صفحه اصلی | https://github.com/aplbrain/dotmotif/tarball/0.13.0 |
| آدرس اینترنتی | https://pypi.org/project/dotmotif/ |
| مجوز | Apache 2.0 |
<p align="center">
<img align="center" src="https://user-images.githubusercontent.com/693511/117350563-b58b9900-ae7a-11eb-83ce-9f5f9213145e.png" / width="25%">
<h1 align="center" fontsize="2em">d o t m o t i f</h1>
</p>
<p align="center">Find graph motifs using intuitive notation</p>
<p align="center">
<a href="https://pypi.org/project/dotmotif/"><img alt="PyPI" src="https://img.shields.io/pypi/v/dotmotif?style=for-the-badge"></a>
<a href="https://bossdb.org/tools/DotMotif"><img src="https://img.shields.io/badge/Pretty Dope-👌-00ddcc.svg?style=for-the-badge" /></a>
<a href="https://bossdb.org/tools/DotMotif"><img src="https://img.shields.io/badge/License-Apache_2.0-blue.svg?style=for-the-badge" /></a>
<a href="https://codecov.io/gh/aplbrain/dotmotif"><img alt="Codecov" src="https://img.shields.io/codecov/c/github/aplbrain/dotmotif?style=for-the-badge"></a>
</p>
---
DotMotif is a library that identifies subgraphs or motifs in a large graph. It looks like this:
```py
# Look for all motifs of the form,
# Neuron A synapses on Neuron B:
A -> B
# ...and B inhibits C:
B -> C [type = "inhibitory"]
```
# Examples
| Notebook | Description |
|----------|-------------|
| <a href="https://colab.research.google.com/gist/j6k4m8/7c5cf55e7feb24685bd13a217cedda1d/dotmotif-search-in-pinky100.ipynb" target="_parent"><img src="https://colab.research.google.com/assets/colab-badge.svg" alt="Open In Colab"/></a> | Looking for motifs in the IARPA MICrONS Pinky100 Dataset |
| <a href="https://colab.research.google.com/gist/j6k4m8/d02259dfedc2321973be4d2e665653f4/dotmotif-search-in-custom-networkx.ipynb" target="_parent"><img src="https://colab.research.google.com/assets/colab-badge.svg" alt="Open In Colab"/></a> | Motif search in a custom graph |
| <a href="https://colab.research.google.com/gist/j6k4m8/919cc1a8162289dd4a6aeb965e800322/dotmotif-search-in-custom-networkx.ipynb" target="_parent"><img src="https://colab.research.google.com/assets/colab-badge.svg" alt="Open In Colab"/></a> | Subgraph search in the Janelia Hemibrain dataset |
# Get Started
If you have [DotMotif](https://github.com/aplbrain/dotmotif/wiki/Installation), a NetworkX graph, and a curious mind, you already have everything you need to start using DotMotif:
```python
from dotmotif import Motif, GrandIsoExecutor
executor = GrandIsoExecutor(graph=my_networkx_graph)
triangle = Motif("""
A -> B
B -> C
C -> A
""")
results = executor.find(triangle)
```
# Parameters
You can also pass optional parameters into the constructor for the `dotmotif` object. Those arguments are:
| Argument | Type, Default | Behavior |
| ----------------------- | --------------- | ------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------ |
| `ignore_direction` | `bool`: `False` | Whether to disregard direction when generating the database query |
| `limit` | `int`: `None` | A limit (if any) to impose on the query results |
| `enforce_inequality` | `bool`: `False` | Whether to enforce inequality; in other words, whether two nodes should be permitted to be aliases for the same node. For example, in `A->B->C`; if `A!=C`, then set to `True` |
| `exclude_automorphisms` | `bool`: `False` | Whether to return only a single example for each detected automorphism. See more in [the documentation](https://github.com/aplbrain/dotmotif/wiki/Automorphisms) |
For more details on how to write a query, see [Getting Started](https://github.com/aplbrain/dotmotif/wiki/Getting-Started).
---
# Citing
If this tool is helpful to your research, please consider citing it with:
```bibtex
# https://doi.org/10.1038/s41598-021-91025-5
@article{Matelsky_Motifs_2021,
title={{DotMotif: an open-source tool for connectome subgraph isomorphism search and graph queries}},
volume={11},
ISSN={2045-2322},
url={http://dx.doi.org/10.1038/s41598-021-91025-5},
DOI={10.1038/s41598-021-91025-5},
number={1},
journal={Scientific Reports},
publisher={Springer Science and Business Media LLC},
author={Matelsky, Jordan K. and Reilly, Elizabeth P. and Johnson, Erik C. and Stiso, Jennifer and Bassett, Danielle S. and Wester, Brock A. and Gray-Roncal, William},
year={2021},
month={Jun}
}
```
نحوه نصب
نصب پکیج whl dotmotif-0.9.2:
pip install dotmotif-0.9.2.whl
نصب پکیج tar.gz dotmotif-0.9.2:
pip install dotmotif-0.9.2.tar.gz