معرفی شرکت ها

تبلیغات ما

مشتریان به طور فزاینده ای آنلاین هستند. تبلیغات می تواند به آنها کمک کند تا کسب و کار شما را پیدا کنند.

مشاهده بیشتر

تبلیغات ما

مشتریان به طور فزاینده ای آنلاین هستند. تبلیغات می تواند به آنها کمک کند تا کسب و کار شما را پیدا کنند.

مشاهده بیشتر

تبلیغات ما

مشتریان به طور فزاینده ای آنلاین هستند. تبلیغات می تواند به آنها کمک کند تا کسب و کار شما را پیدا کنند.

مشاهده بیشتر

تبلیغات ما

مشتریان به طور فزاینده ای آنلاین هستند. تبلیغات می تواند به آنها کمک کند تا کسب و کار شما را پیدا کنند.

مشاهده بیشتر

تبلیغات ما

مشتریان به طور فزاینده ای آنلاین هستند. تبلیغات می تواند به آنها کمک کند تا کسب و کار شما را پیدا کنند.

مشاهده بیشتر

توضیحات

A python implementation of original DI-based domain caller proposed by Dixon et al. (2012)

ویژگی	مقدار
سیستم عامل	-
نام فایل	domaincaller-0.1.0
نام	domaincaller
نسخه کتابخانه	0.1.0
نگهدارنده	[]
ایمیل نگهدارنده	[]
نویسنده	XiaoTao Wang
ایمیل نویسنده	wangxiaotao686@gmail.com
آدرس صفحه اصلی	https://github.com/XiaoTaoWang/domaincaller/
آدرس اینترنتی	https://pypi.org/project/domaincaller/
مجوز	-

Introduction ============ Domaincaller is an implementation of the original Directionality Index (DI) based TAD caller proposed by Dixon et al. [1]_ Instead of original separate scripts for each stage of the caller, this module provides a convenient command line interface integrating the whole pipeline, including calculating the DI track, performing HMM and post-processing. It supports the `.cool <https://github.com/mirnylab/cooler>`_ matrix format, so has low memory requirements when dealing with high resolution data. Installation ============ First install dependencies using `conda <https://conda.io/miniconda.html>`_:: conda config --add channels defaults conda config --add channels bioconda conda config --add channels conda-forge conda create -n domaincaller python=3.7.1 cooler=0.8.6 numpy=1.17.2 scipy=1.3.1 pomegranate=0.10.0 networkx=1.11 conda activate nholoop Then install the domaincaller using pip:: pip install domaincaller-0.1.0-py3-none-any.whl Usage ===== Check the command-line help by ``domaincaller [-h]``. Citation ======== .. [1] Dixon JR, Selvaraj S, Yue F, Kim A, Li Y, Shen Y, Hu M, Liu JS, Ren B. Topological domains in mammalian genomes identified by analysis of chromatin interactions. Nature, 2012, doi: 10.1038/nature11082

نحوه نصب

نصب پکیج whl domaincaller-0.1.0:

pip install domaincaller-0.1.0.whl

نصب پکیج tar.gz domaincaller-0.1.0:

pip install domaincaller-0.1.0.tar.gz