معرفی شرکت ها
dockonsurf-0.0.1
تبلیغات ما
مشتریان به طور فزاینده ای آنلاین هستند. تبلیغات می تواند به آنها کمک کند تا کسب و کار شما را پیدا کنند.
مشاهده بیشتر
تبلیغات ما
مشتریان به طور فزاینده ای آنلاین هستند. تبلیغات می تواند به آنها کمک کند تا کسب و کار شما را پیدا کنند.
مشاهده بیشتر
تبلیغات ما
مشتریان به طور فزاینده ای آنلاین هستند. تبلیغات می تواند به آنها کمک کند تا کسب و کار شما را پیدا کنند.
مشاهده بیشتر
تبلیغات ما
مشتریان به طور فزاینده ای آنلاین هستند. تبلیغات می تواند به آنها کمک کند تا کسب و کار شما را پیدا کنند.
مشاهده بیشتر
تبلیغات ما
مشتریان به طور فزاینده ای آنلاین هستند. تبلیغات می تواند به آنها کمک کند تا کسب و کار شما را پیدا کنند.
مشاهده بیشترتوضیحات
Code to systematically find the most stable geometry for molecules on surfaces
| ویژگی | مقدار |
|---|---|
| سیستم عامل | - |
| نام فایل | dockonsurf-0.0.1 |
| نام | dockonsurf |
| نسخه کتابخانه | 0.0.1 |
| نگهدارنده | [] |
| ایمیل نگهدارنده | [] |
| نویسنده | Carles Martí |
| ایمیل نویسنده | carles.marti2@gmail.com |
| آدرس صفحه اصلی | http://forge.cbp.ens-lyon.fr/redmine/projects/dockonsurf |
| آدرس اینترنتی | https://pypi.org/project/dockonsurf/ |
| مجوز | - |
DockOnSurf
==========
[](http://dockonsurf.readthedocs.io/?badge=latest)
DockOnSurf is a program to automatically find the most stable geometry for molecules
on surfaces.
old webpage: https://forge.cbp.ens-lyon.fr/redmine/projects/dockonsurf
current repository: https://gitlab.com/lch_interfaces/dockonsurf
Features
--------
* Generate a handful of adsorbate-surface structures by
combining:
* surface sites
* adsorbate's anchoring points
* conformers
* orientations
* probe dissociation of acidic H
* Guess the direction where to place the adsorbate.
Useful for nanoparticles or stepped/kinked surfaces.
* Sample different orientations efficiently by using internal angles.
* Detect and correct atomic clashes.
* Optimize the geometry of the generated structures using CP2K or VASP.
* Submit jobs to your computing center and check if they have finished normally.
* Track progress by logging all events on a log file.
* Customize the execution by changing chemically meaningful the edition of a simple input file.
Documentation
-------------
https://dockonsurf.readthedocs.io/
Installation:
-------------
Download the ``dockonsurf`` directory and place it somewhere in your computer,
by typing in your terminal:
git clone https://gitlab.com/lch_interfaces/dockonsurf
In order to be able to execute DockOnSurf by simply typing `dockonsurf.py` You need
to add the DockOnSurf directory in your `PATH`. Assuming you download it in your `$HOME`
directory, add `$HOME/dockonsurf` to your `PATH` variable by typing:
PATH="$PATH:$HOME/dockonsurf/"
If you downloaded it elsewhere, replace `$HOME` for the actual path where your DockOnSurf is
(where you did the `git clone` command).
If you want to permanently add the DockOnSurf directory in your `PATH` add
``PATH="$PATH:$HOME/dockonsurf/"`` at the end of your `$HOME/.bashrc` file.
DockOnSurf needs the python libraries listed under **Requirements** to be installed
and available. The easiest way to do this is with the `conda` package and environment
manager (see https://docs.conda.io/en/latest/). You can alternatively install
them using pip except from RDKit, which is not available as its core routines are
written in C.
Requirements:
-------------
* [Python](http://www.python.org/) >= 3.6
* [Matplotlib](https://matplotlib.org) ~= 3.2.1
* [NumPy](http://docs.scipy.org/doc/numpy/reference/) >= 1.16.6
* [RDKit](https://rdkit.org/) ~= 2019.9.3
* [scikit-learn](https://scikit-learn.org/) ~= 0.23.1
* [HDBSCAN](https://hdbscan.readthedocs.io/en/latest/basic_hdbscan.html) ~= 0.8.26
* [ASE](https://wiki.fysik.dtu.dk/ase/) ~= 3.19.1
* [NetworkX](https://networkx.org/) >= 2.4
* [python-daemon](https://pypi.org/project/python-daemon/) ~= 2.2.4
* [pymatgen](https://pymatgen.org/) ~= 2020.11.11
* [pycp2k](https://github.com/SINGROUP/pycp2k) ~= 0.2.2
Example
-------
Execute DockOnSurf by typing
dockonsurf.py -i dockonsurf.inp
where `dockonsurf.inp` is the dockonsurf input file. See a sample [here](https://gitlab.com/lch_interfaces/dockonsurf/examples/dockonsurf.inp).
Testing
-------
(To be done)
Contact/Contribute
-------
Submit an issue on:
https://gitlab.com/lch_interfaces/dockonsurf
Please send us bug-reports, patches, code, ideas and questions.
License
-
DockOnSurf is licensed under the MIT license.
نیازمندی
| مقدار | نام |
|---|---|
| >=3.19.1 | ase |
| ~=0.8.26 | hdbscan |
| >=3.2.1 | matplotlib |
| >=2.4 | networkx |
| >=1.16.6 | numpy |
| ~=0.2.2 | pycp2k |
| ~=2020.11.11 | pymatgen |
| ~=2.2.4 | python-daemon |
| >=2019.9.3 | rdkit |
| ~=0.23.1 | scikit-learn |
زبان مورد نیاز
| مقدار | نام |
|---|---|
| >=3.6 | Python |
نحوه نصب
نصب پکیج whl dockonsurf-0.0.1:
pip install dockonsurf-0.0.1.whl
نصب پکیج tar.gz dockonsurf-0.0.1:
pip install dockonsurf-0.0.1.tar.gz