معرفی شرکت ها
divide-seq-5.22
تبلیغات ما
مشتریان به طور فزاینده ای آنلاین هستند. تبلیغات می تواند به آنها کمک کند تا کسب و کار شما را پیدا کنند.
مشاهده بیشتر
تبلیغات ما
مشتریان به طور فزاینده ای آنلاین هستند. تبلیغات می تواند به آنها کمک کند تا کسب و کار شما را پیدا کنند.
مشاهده بیشتر
تبلیغات ما
مشتریان به طور فزاینده ای آنلاین هستند. تبلیغات می تواند به آنها کمک کند تا کسب و کار شما را پیدا کنند.
مشاهده بیشتر
تبلیغات ما
مشتریان به طور فزاینده ای آنلاین هستند. تبلیغات می تواند به آنها کمک کند تا کسب و کار شما را پیدا کنند.
مشاهده بیشتر
تبلیغات ما
مشتریان به طور فزاینده ای آنلاین هستند. تبلیغات می تواند به آنها کمک کند تا کسب و کار شما را پیدا کنند.
مشاهده بیشترتوضیحات
Divide amplicon sequences
| ویژگی | مقدار |
|---|---|
| سیستم عامل | - |
| نام فایل | divide-seq-5.22 |
| نام | divide-seq |
| نسخه کتابخانه | 5.22 |
| نگهدارنده | [] |
| ایمیل نگهدارنده | [] |
| نویسنده | Ping Wu |
| ایمیل نویسنده | wpwupingwp@outlook.com |
| آدرس صفحه اصلی | https://github.com/wpwupingwp/divide |
| آدرس اینترنتی | https://pypi.org/project/divide-seq/ |
| مجوز | GNU AGPL v3 |
# join_and_split.py
Helper for join and split fastq files.
Required python 3.6 or above.
## Usage
```
# Linux
## split
python3 join_and_split.py split -m fastq_file
## join
python3 join_and_split.py join -f forward.fastq -r reverse.fastq
# Windows
## split
python join_and_split.py split -m fastq_file
## join
python join_and_split.py join -f forward.fastq -r reverse.fastq
```
Use -t to set linker text, by default the program use "JOINTEXT".
When split, "fastq_file" could be multiple files, use "\*.fastq" (include
quotation mark) to represent all ".fastq" files in current folder.
# divide.py
Divide NGS data by barcode and primer.
## Prerequisite
* Python 3.5 or above
* Biopython
* regex
* [vsearch](https://github.com/torognes/vsearch) (Optional)
To install Biopython and regex, run as administrator:
> pip install biopython regex
## Changelog
### v4.6
Support ambiguous base.
### v4.5
Extend vsearch options.
Improve output
### v4.2
Integrate vsearch.
### v4.0
Use regex instead of BLAST. Faster and easier.
### v3.3
Parallel version, use BLAST.
### v2.1
Single core version. Use BLAST.
### v1.0
Deprecated.
## Sequence structure
It can handle merged pair-end sequence like this:
>barcode-adapter-primer-sequence-primer-adapter-barcode
Or just handle one direction:
>barcode-adapter-primer-sequence
Sequences will be divided by barcode according to given barcode file.
If barcode is wrong even only one base, it will be dropped.
## adapter
Some one adds sequence between barcode and primer, if you do not have it, just
set adapter length to zero by "--adapter 0". The default value is 14.
## Barcode mode
Use "-m" to set barcode mode, like "8\*1", means barcode with length 5 repeats
only 1 times. The default is "5\*2", i.e., 5-base barcode repeats twice.
Note that the forward and reverse barcode may be different sequence, but they
*SHOULD FOLLOW THE SAME MODE!*
## Strict option
Use "-s" or "--strict" to use strict version. If set, the program will check
barcode in head and tail is equal or not and whether barcode in tail (3') is
correct. If not, it will only check barcode in head (5') of sequence.
## Barcode file
Barcode file looks like this:
> sample,barcode-f,barcode-r
> S0001,ATACG,ATACG
> S0002,ATATA,TATAC
> S0003,ATACG
> ...
The _barcode-f_ means barcode in 5' direction and _barcode-r_ means barcode in
3' direction. All sequences should be *forward*.
If forward and reverse barcode are same, you can omit the reverse barcode in
the table.
To avoid potential error, _please do not use space in sample info_.
And notice that here it use **English comma** to seperate two fields rather
than **Chinese comma**.
## Primer file
Primer file looks like this:
> gene,forward,reverse
> rbcL,ATCGATCGATCGA,TACGTACGTACG
> matK,AAAATTTTCCCC,GGGGTTACCAAAA
> ...
Or:
> gene,sequence
> rbcL-f,ATCGATCGATCGA
> rbcL-r,TACGTACGTACG
You can use Microsoft Excel to prepare these two files and save as CSV format,
or use any text editor you prefer.
**Make sure you don't miss the first line.**
# task.sh
If you use PBS task submitting system, you can use this script to submit the
task, and you can finish the work from combine two direction sequence by flash and join_fastq.py to divide them.
نیازمندی
| مقدار | نام |
|---|---|
| >=1.72 | biopython |
| >=18.0 | pip |
| >=2019.08.19 | regex |
| >=0.32.3 | wheel |
نحوه نصب
نصب پکیج whl divide-seq-5.22:
pip install divide-seq-5.22.whl
نصب پکیج tar.gz divide-seq-5.22:
pip install divide-seq-5.22.tar.gz