معرفی شرکت ها

تبلیغات ما

مشتریان به طور فزاینده ای آنلاین هستند. تبلیغات می تواند به آنها کمک کند تا کسب و کار شما را پیدا کنند.

مشاهده بیشتر

تبلیغات ما

مشتریان به طور فزاینده ای آنلاین هستند. تبلیغات می تواند به آنها کمک کند تا کسب و کار شما را پیدا کنند.

مشاهده بیشتر

تبلیغات ما

مشتریان به طور فزاینده ای آنلاین هستند. تبلیغات می تواند به آنها کمک کند تا کسب و کار شما را پیدا کنند.

مشاهده بیشتر

تبلیغات ما

مشتریان به طور فزاینده ای آنلاین هستند. تبلیغات می تواند به آنها کمک کند تا کسب و کار شما را پیدا کنند.

مشاهده بیشتر

تبلیغات ما

مشتریان به طور فزاینده ای آنلاین هستند. تبلیغات می تواند به آنها کمک کند تا کسب و کار شما را پیدا کنند.

مشاهده بیشتر

توضیحات

Library with useful tools for processing genomic data

ویژگی	مقدار
سیستم عامل	-
نام فایل	diagho-toolkit-0.1.1
نام	diagho-toolkit
نسخه کتابخانه	0.1.1
نگهدارنده	[]
ایمیل نگهدارنده	[]
نویسنده	-
ایمیل نویسنده	Diagho Team <admin@diagho.com>
آدرس صفحه اصلی	-
آدرس اینترنتی	https://pypi.org/project/diagho-toolkit/
مجوز	-

# Diagho Toolkit ## What is Diagho Toolkit ? Diagho Toolkit is a python library which will read and parse a genomic file and return a generator with a pydantic model. ## What database is used ? - OMIM - HGNC - HPO - gnomAD - gnomAD constraint - VCF - Fasta - GFF3 ## What pydantic model is returned ? - Clinvar - Feature - Gene - GnomAD - GnomAD_constraint - Pathology - Region - Sequence - Symptom - Variant ## Installation Install diagho-toolkit in pip pip install diagho-toolkit In your app if you want to parse a GFF3 file and get regions, you just need to call this method from diagho_toolkit.gff3 import get_regions get_regions(gff3_filename="gff3_file_path") And this method will return a Generator with a list of RegionModel that you can easily save into your database. ## Customize diagho-toolkit Clone the project from [github](https://github.com/DiaghoProject/python-diagho-toolkit) Build and run the docker image make docker Into the container update and install requirements make requirements make install Customize the project in the repository `src/diagho_toolkit` Create and run tests make tests Update documentation in `README.md` and `CHANGELOG.md` and version in `pyproject.toml` Leave the container and commit your release into github git commit -am 'New commit' git push Update the version in test-PyPI in [github-actions](https://github.com/DiaghoProject/python-diagho-toolkit/actions) with the workflow `Test PyPi`. When all is ready, run the workflow `Pypi` to update the official new version

زبان مورد نیاز

مقدار	نام
>=3.9	Python

نحوه نصب

نصب پکیج whl diagho-toolkit-0.1.1:

pip install diagho-toolkit-0.1.1.whl

نصب پکیج tar.gz diagho-toolkit-0.1.1:

pip install diagho-toolkit-0.1.1.tar.gz