معرفی شرکت ها

تبلیغات ما

مشتریان به طور فزاینده ای آنلاین هستند. تبلیغات می تواند به آنها کمک کند تا کسب و کار شما را پیدا کنند.

مشاهده بیشتر

تبلیغات ما

مشتریان به طور فزاینده ای آنلاین هستند. تبلیغات می تواند به آنها کمک کند تا کسب و کار شما را پیدا کنند.

مشاهده بیشتر

تبلیغات ما

مشتریان به طور فزاینده ای آنلاین هستند. تبلیغات می تواند به آنها کمک کند تا کسب و کار شما را پیدا کنند.

مشاهده بیشتر

تبلیغات ما

مشتریان به طور فزاینده ای آنلاین هستند. تبلیغات می تواند به آنها کمک کند تا کسب و کار شما را پیدا کنند.

مشاهده بیشتر

تبلیغات ما

مشتریان به طور فزاینده ای آنلاین هستند. تبلیغات می تواند به آنها کمک کند تا کسب و کار شما را پیدا کنند.

مشاهده بیشتر

توضیحات

Docking grid box generator for Autodock4 and Vina

ویژگی	مقدار
سیستم عامل	-
نام فایل	dgbg-0.0.2
نام	dgbg
نسخه کتابخانه	0.0.2
نگهدارنده	[]
ایمیل نگهدارنده	[]
نویسنده	Usman Jamshed
ایمیل نویسنده	jamshedu@berkeley.edu
آدرس صفحه اصلی	-
آدرس اینترنتی	https://pypi.org/project/dgbg/
مجوز	MIT

# Docking Grid Box Generator (DGBG) Python module to automatically generate a grid box around a ligand present in a pdb file. ## Preview ![screenshot](result.gif) ## Table of contents - [Demo-Preview](#demo-preview) - [Table of contents](#table-of-contents) - [Installation](#installation) - [Usage](#usage) - [Development](#development) - [Acknowledgements](#acknowledgements) - [License](#license) ## Installation [(Back to top)](#table-of-contents) To use this project, pip install the module on your device using the command below: ```pip install dgbg``` ## Usage [(Back to top)](#table-of-contents) ```python from dgbg import dgbg box = dgbg.binding_box('ex_file_path.pdb') ligand_data = box.get_ligand_data('ligand_ID', 'chain_ID') centroid, box_size = box.create_box(spacing=0.375, padding=np.array([0, 0, 0])) # Visualize using the following commands in Jupyter Notebook. result = box.show_result(centroid, box_size) result ``` ## Examples [(Back to top)](#table-of-contents) 1. General example use case. 2. Adjusting grid box after generation. 3. Integration with DeepChem and its docking functionality. 4. Integration with AutoDock Vina. 5. Multiple identical ligands on the same protein chain. ## Development [(Back to top)](#table-of-contents) 1. Git Clone Repository ```git clone git@github.com:ujamshed/dgbg.git``` 2. Create Virtual Environment ```python3 -m venv .venv``` 3. Activate Virtual Environment ```source .venv/bin/activate``` 4. Install Project Dependencies ```pip install -r requirements.txt``` ## Acknowledgements This software uses the following open source packages: - [NumPy](https://numpy.org/) - [Pandas](https://pandas.pydata.org/) - [MDTraj](https://www.mdtraj.org/1.9.8.dev0/index.html) - [nglview](https://github.com/nglviewer/nglview) ## License [(Back to top)](#table-of-contents) [MIT](https://opensource.org/licenses/MIT)

نحوه نصب

نصب پکیج whl dgbg-0.0.2:

pip install dgbg-0.0.2.whl

نصب پکیج tar.gz dgbg-0.0.2:

pip install dgbg-0.0.2.tar.gz