معرفی شرکت ها

تبلیغات ما

مشتریان به طور فزاینده ای آنلاین هستند. تبلیغات می تواند به آنها کمک کند تا کسب و کار شما را پیدا کنند.

مشاهده بیشتر

تبلیغات ما

مشتریان به طور فزاینده ای آنلاین هستند. تبلیغات می تواند به آنها کمک کند تا کسب و کار شما را پیدا کنند.

مشاهده بیشتر

تبلیغات ما

مشتریان به طور فزاینده ای آنلاین هستند. تبلیغات می تواند به آنها کمک کند تا کسب و کار شما را پیدا کنند.

مشاهده بیشتر

تبلیغات ما

مشتریان به طور فزاینده ای آنلاین هستند. تبلیغات می تواند به آنها کمک کند تا کسب و کار شما را پیدا کنند.

مشاهده بیشتر

تبلیغات ما

مشتریان به طور فزاینده ای آنلاین هستند. تبلیغات می تواند به آنها کمک کند تا کسب و کار شما را پیدا کنند.

مشاهده بیشتر

توضیحات

To extract the sequence depth from depthfile.

ویژگی	مقدار
سیستم عامل	-
نام فایل	depth-stat-0.0.1
نام	depth-stat
نسخه کتابخانه	0.0.1
نگهدارنده	[]
ایمیل نگهدارنده	[]
نویسنده	Guanliang Meng
ایمیل نویسنده	mengguanliang@foxmail.com
آدرس صفحه اصلی	https://github.com/linzhi2013
آدرس اینترنتی	https://pypi.org/project/depth-stat/
مجوز	-

# depth_stat ## 1 Introduction `depth_stat` is a tool to extract the sequence depth from depthfile and do some statstics. see `https://github.com/linzhi2013/depth_stat`. ## 2 Installation pip install depth_stat There will be a command `depth_stat` created under the same directory as your `pip` command. ## 3 Usage ### 3.1 command line $ depth_stat usage: depth_stat [-h] -i <file> [-q <str>] [-a <int>] [-b <int>] [-f <file>] To extract the sequence depth from depthfile. The depthfile content format: seqid1 depth1 depth2 depth3 ... seqid2 depth1 depth2 depth3 ... This script is part of the MitoZ project, by Guanliang MENG. See https://github.com/linzhi2013/depth_stat. optional arguments: -h, --help show this help message and exit -i <file> input depthfile -q <str> sequence id -a <int> the start position, Python-style (0-leftmost) -b <int> the end position, Python-style for slicing -f <file> a file of 'seqid start end' list on each line ### 3.2 in a Python3 script In [1]: from depth_stat import SeqDepth In [2]: sdj = SeqDepth('DRR095708_mitoscaf.fa.fsa.depth') In [3]: sdj.extract_range_depth(seqid='scaffold44450', start=0, end=20) Out[3]: [1, 1, 1, 1, 4, 4, 4, 4, 5, 5, 5, 6, 7, 7, 8, 8, 8, 8, 8, 8] In [4]: sdj.range_depth_stat(seqid='scaffold44450', start=0, end=20) Out[4]: ('scaffold44450', 0, 20, 1, 5.15, 8) In [5]: sdj.range_depth_freq(seqid='scaffold44450', start=0, end=20) Out[5]: [(1, 4), (4, 4), (5, 3), (6, 1), (7, 2), (8, 6)] ## Author Guanliang MENG ## Citation This script is part of the package `MitoZ`, when you use the script in your work, please cite: MitoZ: A toolkit for mitochondrial genome assembly, annotation and visualization with NGS data. Guangliang Meng, Yiyuan Li, Chentao Yang, Shanlin Liu (in manuscript)

زبان مورد نیاز

مقدار	نام
>=3	Python

نحوه نصب

نصب پکیج whl depth-stat-0.0.1:

pip install depth-stat-0.0.1.whl

نصب پکیج tar.gz depth-stat-0.0.1:

pip install depth-stat-0.0.1.tar.gz