معرفی شرکت ها

deepsig-biocomp-0.9

Card image cap
تبلیغات ما

مشتریان به طور فزاینده ای آنلاین هستند. تبلیغات می تواند به آنها کمک کند تا کسب و کار شما را پیدا کنند.

مشاهده بیشتر
Card image cap
تبلیغات ما

مشتریان به طور فزاینده ای آنلاین هستند. تبلیغات می تواند به آنها کمک کند تا کسب و کار شما را پیدا کنند.

مشاهده بیشتر
Card image cap
تبلیغات ما

مشتریان به طور فزاینده ای آنلاین هستند. تبلیغات می تواند به آنها کمک کند تا کسب و کار شما را پیدا کنند.

مشاهده بیشتر
Card image cap
تبلیغات ما

مشتریان به طور فزاینده ای آنلاین هستند. تبلیغات می تواند به آنها کمک کند تا کسب و کار شما را پیدا کنند.

مشاهده بیشتر
Card image cap
تبلیغات ما

مشتریان به طور فزاینده ای آنلاین هستند. تبلیغات می تواند به آنها کمک کند تا کسب و کار شما را پیدا کنند.

مشاهده بیشتر
0.9
0.9

توضیحات

DeepSig - Predictor of signal peptides in proteins based on deep learning
ویژگی مقدار
سیستم عامل -
نام فایل deepsig-biocomp-0.9
نام deepsig-biocomp
نسخه کتابخانه 0.9
نگهدارنده []
ایمیل نگهدارنده []
نویسنده Castrense Savojardo
ایمیل نویسنده savojard@biocomp.unibo.it
آدرس صفحه اصلی https://github.com/BolognaBiocomp/deepsig
آدرس اینترنتی https://pypi.org/project/deepsig-biocomp/
مجوز GPLv3
## DeepSig - Predictor of signal peptides in proteins based on deep learning #### Publication Savojardo C., Martelli P.L., Fariselli P., Casadio R. [DeepSig: deep learning improves signal peptide detection in proteins](https://academic.oup.com/bioinformatics/advance-article/doi/10.1093/bioinformatics/btx818/4769493) *Bioinformatics* (2017) **34**(10): 1690-1696. #### Installation using pip First, install deepsig-biocomp package using pip: ``` pip install deepsig-biocomp ``` Then, clone the deepsig repo from GitHub and export the DEEPSIG_ROOT directory: ``` git clone git@github.com:BolognaBiocomp/deepsig.git cd deepsig export DEEPSIG_ROOT=$(pwd) ``` #### Usage ``` $ deepsig -h usage: deepsig.py [-h] -f FASTA -o OUTF -k {euk,gramp,gramn} [-a CPU] DeepSig: Predictor of signal peptides in proteins optional arguments: -h, --help show this help message and exit -f FASTA, --fasta FASTA The input multi-FASTA file name -o OUTF, --outf OUTF The output tabular file -k {euk,gramp,gramn}, --organism {euk,gramp,gramn} The organism the sequences belongs to ``` The program accepts three mandatory arguments: - The full path of the input FASTA file containing protein sequences to be predicted; - The kingdom the sequences belong to. You must specify "euk" for Eukaryotes, "gramp" for Gram-positive bacteria or "gramn" for Gram-negative bacteria; - The output file where predictions will be stored. Please, reports bugs to: castrense.savojardo2@unibo.it


نیازمندی

مقدار نام
>=1.78 biopython
>=2.4.3 Keras
- tensorflow


زبان مورد نیاز

مقدار نام
>=3.8 Python


نحوه نصب


نصب پکیج whl deepsig-biocomp-0.9:

    pip install deepsig-biocomp-0.9.whl


نصب پکیج tar.gz deepsig-biocomp-0.9:

    pip install deepsig-biocomp-0.9.tar.gz