معرفی شرکت ها

deepshm-0.0.1

Card image cap
تبلیغات ما

مشتریان به طور فزاینده ای آنلاین هستند. تبلیغات می تواند به آنها کمک کند تا کسب و کار شما را پیدا کنند.

مشاهده بیشتر
Card image cap
تبلیغات ما

مشتریان به طور فزاینده ای آنلاین هستند. تبلیغات می تواند به آنها کمک کند تا کسب و کار شما را پیدا کنند.

مشاهده بیشتر
Card image cap
تبلیغات ما

مشتریان به طور فزاینده ای آنلاین هستند. تبلیغات می تواند به آنها کمک کند تا کسب و کار شما را پیدا کنند.

مشاهده بیشتر
Card image cap
تبلیغات ما

مشتریان به طور فزاینده ای آنلاین هستند. تبلیغات می تواند به آنها کمک کند تا کسب و کار شما را پیدا کنند.

مشاهده بیشتر
Card image cap
تبلیغات ما

مشتریان به طور فزاینده ای آنلاین هستند. تبلیغات می تواند به آنها کمک کند تا کسب و کار شما را پیدا کنند.

مشاهده بیشتر
0.0.1
0.0.1

توضیحات

A package for training and applying neural networks aimed to deal with genomic data
ویژگی مقدار
سیستم عامل -
نام فایل deepshm-0.0.1
نام deepshm
نسخه کتابخانه 0.0.1
نگهدارنده []
ایمیل نگهدارنده []
نویسنده akrantsevich
ایمیل نویسنده akrantsevich@gmail.com
آدرس صفحه اصلی https://gitlab.com/maccarthyslab/deepshm
آدرس اینترنتی https://pypi.org/project/deepshm/
مجوز -
# DeepSHM This repository implements the model from "Deep learning model of somatic hypermutation reveals importance of sequence context beyond targeting of AID and Polη hotspots" by Tang, Krantsevich & MacCarthy. Using DeepSHM you can simply use one of the provided models to make SHM-related predictions for your data, or you can train your own CNN model for any task that uses DNA/RNA one-hot encoded data as input. ## Instalation ### If you want to play with the model DeepSHM is on pypi, so it can be installed using pip: pip install deepshm ### If you are not familiar with python You can also just download the deepshm_predict.zip archive and 0nce you extract it you can call the file deepshm_predict.py from the command line. Note that you still will need python installed as wells as several packages: tensorflow, numpy, scipy. deepshm_predict.py can be called in the following way: python deepshm_predict.py input.fasta -o output.csv -k 15 where the input fasta file is the required input and the path to the output file and the length of k-mer (5, 9, 15 and 21) are optional. Default value for the output file is output.csv and default k is 15.


زبان مورد نیاز

مقدار نام
>=3.6 Python


نحوه نصب


نصب پکیج whl deepshm-0.0.1:

    pip install deepshm-0.0.1.whl


نصب پکیج tar.gz deepshm-0.0.1:

    pip install deepshm-0.0.1.tar.gz