معرفی شرکت ها

تبلیغات ما

مشتریان به طور فزاینده ای آنلاین هستند. تبلیغات می تواند به آنها کمک کند تا کسب و کار شما را پیدا کنند.

مشاهده بیشتر

تبلیغات ما

مشتریان به طور فزاینده ای آنلاین هستند. تبلیغات می تواند به آنها کمک کند تا کسب و کار شما را پیدا کنند.

مشاهده بیشتر

تبلیغات ما

مشتریان به طور فزاینده ای آنلاین هستند. تبلیغات می تواند به آنها کمک کند تا کسب و کار شما را پیدا کنند.

مشاهده بیشتر

تبلیغات ما

مشتریان به طور فزاینده ای آنلاین هستند. تبلیغات می تواند به آنها کمک کند تا کسب و کار شما را پیدا کنند.

مشاهده بیشتر

تبلیغات ما

مشتریان به طور فزاینده ای آنلاین هستند. تبلیغات می تواند به آنها کمک کند تا کسب و کار شما را پیدا کنند.

مشاهده بیشتر

توضیحات

DeepPheno phenotype predictor

ویژگی	مقدار
سیستم عامل	-
نام فایل	deeppheno-1.0.0
نام	deeppheno
نسخه کتابخانه	1.0.0
نگهدارنده	[]
ایمیل نگهدارنده	[]
نویسنده	Maxat Kulmanov
ایمیل نویسنده	maxat.kulmanov@kaust.edu.sa
آدرس صفحه اصلی	-
آدرس اینترنتی	https://pypi.org/project/deeppheno/
مجوز	Apache 2.0

# DeepPheno: Predicting single gene loss of function phenotypes DeepPheno is a method for predicting gene-phenotype (HPO classes) associations from gene functional annotations (GO classes) and gene expression values. This repository contains script which were used to build and train the DeepPheno model together with the scripts for evaluating the model's performance. ## Dependencies * The code was developed and tested using python 3.7. * To install python dependencies run: `pip install -r requirements.txt` ## Data * https://bio2vec.cbrc.kaust.edu.sa/data/deeppheno/ - Here you can find the data used to train and evaluate our method. * data.tar.gz - data folder with latest dataset * data-cafa2.tar.gz - CAFA2 challenge dataset * predictions.txt.gz - DeepPheno predictions for human genes ## Scripts The scripts require GeneOntology and Human Phenotype Ontology in OBO Format. * uni2pandas.py - This script is used to convert data from UniProt database format to pandas dataframe. * data.py - This script is used to generate training and testing datasets. * pheno.py - This script is used to train the model * evaluate_*.py - The scripts are used to compute Fmax, Smin * GeneDis.groovy - This script is used to compute semantic similarity between gene and disease phenotypes ## Running * Download all the files from https://bio2vec.cbrc.kaust.edu.sa/data/deeppheno/data.tar.gz and place them into data folder * run `python pheno.py` to start training the model ## Citation If you use DeepPheno for your research, or incorporate our learning algorithms in your work, please cite: Maxat Kulmanov, Robert Hoehndorf; DeepPheno: Predicting single gene knockout phenotypes. BioArxiv, https://doi.org/10.1101/839332

زبان مورد نیاز

مقدار	نام
>=3.6, <3.8	Python

نحوه نصب

نصب پکیج whl deeppheno-1.0.0:

pip install deeppheno-1.0.0.whl

نصب پکیج tar.gz deeppheno-1.0.0:

pip install deeppheno-1.0.0.tar.gz