معرفی شرکت ها

تبلیغات ما

مشتریان به طور فزاینده ای آنلاین هستند. تبلیغات می تواند به آنها کمک کند تا کسب و کار شما را پیدا کنند.

مشاهده بیشتر

تبلیغات ما

مشتریان به طور فزاینده ای آنلاین هستند. تبلیغات می تواند به آنها کمک کند تا کسب و کار شما را پیدا کنند.

مشاهده بیشتر

تبلیغات ما

مشتریان به طور فزاینده ای آنلاین هستند. تبلیغات می تواند به آنها کمک کند تا کسب و کار شما را پیدا کنند.

مشاهده بیشتر

تبلیغات ما

مشتریان به طور فزاینده ای آنلاین هستند. تبلیغات می تواند به آنها کمک کند تا کسب و کار شما را پیدا کنند.

مشاهده بیشتر

تبلیغات ما

مشتریان به طور فزاینده ای آنلاین هستند. تبلیغات می تواند به آنها کمک کند تا کسب و کار شما را پیدا کنند.

مشاهده بیشتر

توضیحات

Deep Learning package using the phylogenetic tree information for microbiome data analysis.

ویژگی	مقدار
سیستم عامل	-
نام فایل	deepbiome-1.0.1
نام	deepbiome
نسخه کتابخانه	1.0.1
نگهدارنده	[]
ایمیل نگهدارنده	[]
نویسنده	Youngwon Choi
ایمیل نویسنده	youngwon08@gmail.com
آدرس صفحه اصلی	https://github.com/Young-won/deepbiome
آدرس اینترنتی	https://pypi.org/project/deepbiome/
مجوز	BSD (3-clause)

========= DeepBiome ========= .. image:: https://img.shields.io/travis/Young-won/deepbiome.svg :target: https://travis-ci.org/Young-won/deepbiome :alt: Build .. image:: https://coveralls.io/repos/github/Young-won/deepbiome/badge.svg?branch=master :target: https://coveralls.io/github/Young-won/deepbiome?branch=master :alt: Coverage .. image:: https://img.shields.io/pypi/v/deepbiome.svg :target: https://pypi.python.org/pypi/deepbiome :alt: Version Deep Learning package using the phylogenetic tree information for microbiome abandunce data analysis. * Free software: 3-clause BSD license * Documentation: https://Young-won.github.io/deepbiome Installation --------------- Prerequisites ^^^^^^^^^^^^^^^^ * python >= 3.5 * Tensorflow * Keras Install DeepBiome ^^^^^^^^^^^^^^^^^^^ At the command line: .. code-block:: bash # for python 3.x $ pip3 install git+https://github.com/Young-won/deepbiome.git Features -------- * deepbiome.deepbiome_train(log, network_info, path_info, number_of_fold=None, max_queue_size=10, workers=1, use_multiprocessing=False) Function for training the deep neural network with phylogenetic tree weight regularizer. It uses microbiome abundance data as input and uses the phylogenetic taxonomy to guide the decision of the optimal number of layers and neurons in the deep learning architecture. * deepbiome.deepbiome_test(log, network_info, path_info, number_of_fold=None, max_queue_size=10, workers=1, use_multiprocessing=False) Function for testing the pretrained deep neural network with phylogenetic tree weight regularizer. If you use the index file, this function provide the evaluation using test index (index set not included in the index file) for each fold. If not, this function provide the evaluation using the whole samples. * deepbiome.deepbiome.deepbiome_prediction(log, network_info, path_info, num_classes, number_of_fold=None, max_queue_size=10, workers=1, use_multiprocessing=False) Function for prediction by the pretrained deep neural network with phylogenetic tree weight regularizer. Credits -------- This package was builded on the Keras_ and the Tensorflow_ packages. This package was created with Cookiecutter_ and the `NSLS-II/scientific-python-cookiecutter`_ project template. .. _Keras: https://keras.io/ .. _Tensorflow: https://www.tensorflow.org/tutorials .. _Cookiecutter: https://github.com/audreyr/cookiecutter .. _`NSLS-II/scientific-python-cookiecutter`: https://github.com/NSLS-II/scientific-python-cookiecutter

نیازمندی

مقدار	نام
-	keras
>=1.12	tensorflow
>=1.12	numpy
-	pandas
-	sklearn
==5.10	PyQt5
-	ete3

زبان مورد نیاز

مقدار	نام
>=3.5	Python

نحوه نصب

نصب پکیج whl deepbiome-1.0.1:

pip install deepbiome-1.0.1.whl

نصب پکیج tar.gz deepbiome-1.0.1:

pip install deepbiome-1.0.1.tar.gz