معرفی شرکت ها

تبلیغات ما

مشتریان به طور فزاینده ای آنلاین هستند. تبلیغات می تواند به آنها کمک کند تا کسب و کار شما را پیدا کنند.

مشاهده بیشتر

تبلیغات ما

مشتریان به طور فزاینده ای آنلاین هستند. تبلیغات می تواند به آنها کمک کند تا کسب و کار شما را پیدا کنند.

مشاهده بیشتر

تبلیغات ما

مشتریان به طور فزاینده ای آنلاین هستند. تبلیغات می تواند به آنها کمک کند تا کسب و کار شما را پیدا کنند.

مشاهده بیشتر

تبلیغات ما

مشتریان به طور فزاینده ای آنلاین هستند. تبلیغات می تواند به آنها کمک کند تا کسب و کار شما را پیدا کنند.

مشاهده بیشتر

تبلیغات ما

مشتریان به طور فزاینده ای آنلاین هستند. تبلیغات می تواند به آنها کمک کند تا کسب و کار شما را پیدا کنند.

مشاهده بیشتر

توضیحات

deepDegron

ویژگی	مقدار
سیستم عامل	-
نام فایل	deepDegron-1.1.0
نام	deepDegron
نسخه کتابخانه	1.1.0
نگهدارنده	[]
ایمیل نگهدارنده	[]
نویسنده	Collin Tokheim
ایمیل نویسنده	fake@gmail.com
آدرس صفحه اصلی	https://github.com/ctokheim/deepDegron
آدرس اینترنتی	https://pypi.org/project/deepDegron/
مجوز	Apache License, Version 2.0

# deepDegron While a few UPS substrate mutations can be implicated in cancer based on known degrons, systematic investigation requires better degron annotation. To address this challenge, we developed a protein sequence-based model, deepDegron, that leverages data from the recently published high throughput global protein stability (GPS, (Koren et al., 2018; Timms et al., 2019)) assay of the n-terminal and c-terminal proteome to predict degrons. GPS measures the protein stability impact of peptides when attached to proteins (Yen et al., 2008), as measured by FACS-sorting of cells based on a fluorescent reporter protein (GFP, green) compared to a control reporter with no peptide attached (dsRed, red). Because the peptides consisted of known sequences and could contain degrons, deepDegron can learn sequence-rules of degron impact on protein stability. [![Build Status](https://travis-ci.org/ctokheim/deepDegron.svg?branch=master)](https://travis-ci.org/ctokheim/deepDegron) ## Documentation For more documentation, please visit our [website documentation](https://deepdegron.readthedocs.io/en/latest/index.html). ## Installation We recommend that you use python 3.7 to run deepDegron. ### pip The easiest way to install deepDegron is through [pip](https://pip.pypa.io/en/stable/). ```bash $ pip install deepDegron $ pyensembl install --release 75 --species human # download human hg19 reference data $ pyensembl install --release 95 --species human # download human hg38 reference data ``` ### From source As a first step, please change to the top-level directory in the deepDegron source code. You can install the dependencies of deepDegron using [conda](https://docs.conda.io/en/latest/). Once you have conda installed, create an environment to run deep degron using the following commands: ```bash $ conda env create -f environment.yml # install dependencies $ source activate deepDegron # activate environment $ pyensembl install --release 75 --species human # download human reference data $ python setup.py install # install deepDegron ``` An alternative way to install the python dependencies is to use pip. ```bash $ python -m pip install --upgrade pip $ pip install -r requirements.txt # install required packages $ pyensembl install --release 75 --species human # download human reference data $ python setup.py install # install deepDegron ```

نحوه نصب

نصب پکیج whl deepDegron-1.1.0:

pip install deepDegron-1.1.0.whl

نصب پکیج tar.gz deepDegron-1.1.0:

pip install deepDegron-1.1.0.tar.gz