معرفی شرکت ها

تبلیغات ما

مشتریان به طور فزاینده ای آنلاین هستند. تبلیغات می تواند به آنها کمک کند تا کسب و کار شما را پیدا کنند.

مشاهده بیشتر

تبلیغات ما

مشتریان به طور فزاینده ای آنلاین هستند. تبلیغات می تواند به آنها کمک کند تا کسب و کار شما را پیدا کنند.

مشاهده بیشتر

تبلیغات ما

مشتریان به طور فزاینده ای آنلاین هستند. تبلیغات می تواند به آنها کمک کند تا کسب و کار شما را پیدا کنند.

مشاهده بیشتر

تبلیغات ما

مشتریان به طور فزاینده ای آنلاین هستند. تبلیغات می تواند به آنها کمک کند تا کسب و کار شما را پیدا کنند.

مشاهده بیشتر

تبلیغات ما

مشتریان به طور فزاینده ای آنلاین هستند. تبلیغات می تواند به آنها کمک کند تا کسب و کار شما را پیدا کنند.

مشاهده بیشتر

توضیحات

Convert Decon Output to VCF format.

ویژگی	مقدار
سیستم عامل	-
نام فایل	decon2vcf-1.0.1
نام	decon2vcf
نسخه کتابخانه	1.0.1
نگهدارنده	[]
ایمیل نگهدارنده	[]
نویسنده	AWMGS
ایمیل نویسنده	bioinformatics.team@nhs.wales.uk
آدرس صفحه اصلی	https://github.com/AWGL/DeconToVCF
آدرس اینترنتی	https://pypi.org/project/decon2vcf/
مجوز	-

# DeconToVCF ## Introduction This is a tool to convert multiple DeCon .txt [1] file outputs generated in pipelines into a single genomic VCF format file that can then be used for annotation software and further analysis tools. ## Download the directory: ``` git clone git@github.com:AWGL/DeconToVCF.git ``` ## Requirements The python script needs to be run with arguments * -d = path to decon output directory. The directory should be the folder containing all of the decon outputs "raw_data". * -p = path to ped file. * -o = path and filename of choice for the output. The programme will not create directories that do not already exist. ## To run the programme * create environment from .yaml file and activate ``` pip install decon2vcf ``` * run programme with arguments ``` python DeconToVCF -d <path-to-decon-output-directory> -p <path-to-ped-file> -o <path/filename-for-output-file> ``` eg: ``` python DeconToVCF -d /data/runid/post-processing/results/cnv_svs/raw_data/ -p post-processing/results/ped/file.ped -o post-processing/results/DeconToVCF_output.vcf ``` ## References [1] https://www.imm.ox.ac.uk/research/research-groups/lunter-group/lunter-group/decon-detection-of-exon-copy-number

نیازمندی

مقدار	نام
>=0.23.4	pandas

نحوه نصب

نصب پکیج whl decon2vcf-1.0.1:

pip install decon2vcf-1.0.1.whl

نصب پکیج tar.gz decon2vcf-1.0.1:

pip install decon2vcf-1.0.1.tar.gz