معرفی شرکت ها

تبلیغات ما

مشتریان به طور فزاینده ای آنلاین هستند. تبلیغات می تواند به آنها کمک کند تا کسب و کار شما را پیدا کنند.

مشاهده بیشتر

تبلیغات ما

مشتریان به طور فزاینده ای آنلاین هستند. تبلیغات می تواند به آنها کمک کند تا کسب و کار شما را پیدا کنند.

مشاهده بیشتر

تبلیغات ما

مشتریان به طور فزاینده ای آنلاین هستند. تبلیغات می تواند به آنها کمک کند تا کسب و کار شما را پیدا کنند.

مشاهده بیشتر

تبلیغات ما

مشتریان به طور فزاینده ای آنلاین هستند. تبلیغات می تواند به آنها کمک کند تا کسب و کار شما را پیدا کنند.

مشاهده بیشتر

تبلیغات ما

مشتریان به طور فزاینده ای آنلاین هستند. تبلیغات می تواند به آنها کمک کند تا کسب و کار شما را پیدا کنند.

مشاهده بیشتر

توضیحات

Individually annotate long, error-prone nucleotide sequences into proteins

ویژگی	مقدار
سیستم عامل	-
نام فایل	deciphon-0.8.0
نام	deciphon
نسخه کتابخانه	0.8.0
نگهدارنده	[]
ایمیل نگهدارنده	[]
نویسنده	Danilo Horta
ایمیل نویسنده	danilo.horta@pm.me
آدرس صفحه اصلی	-
آدرس اینترنتی	https://pypi.org/project/deciphon/
مجوز	MIT

# Welcome to deciphon 👋 > Individually annotate long, error-prone nucleotide sequences into proteins ### 🏠 [Homepage](https://github.com/EBI-Metagenomics/deciphon-py) ## ⚡️ Requirements - Python >= 3.9 - Pip - [Podman](https://podman.io) >= 3.4 - [Homebrew](https://brew.sh) on MacOS (recommended) - [Pipx](https://pypa.github.io/pipx/) for Python package management (recommended) ### MacOS Install Python and Podman: ```sh brew update && brew install python podman pipx ``` Ensure that your `PATH` environment variable is all set: ```sh pipx ensurepath ``` 💡 You might need to close your terminal and reopen it for the changes to take effect. ### Ubuntu (and Debian-based distros) Install Python and Podman: ```sh sudo apt update && \ sudo apt install python3 python3-pip python3-venv podman --yes && \ python3 -m pip install --user pipx ``` Ensure that your `PATH` environment variable is all set: ```sh python3 -m pipx ensurepath ``` 💡 You might need to close your terminal and reopen it for the changes to take effect. ## Install ```sh pipx install deciphon ``` ## Usage ``` Usage: dcp [OPTIONS] COMMAND [ARGS]... ╭─ Options ────────────────────────────────────────────────────────────────────╮ │ --version │ │ --help Show this message and exit. │ ╰──────────────────────────────────────────────────────────────────────────────╯ ╭─ Commands ───────────────────────────────────────────────────────────────────╮ │ press Press HMM ASCII file into a Deciphon database one. │ │ scan Annotate nucleotide sequences into proteins a protein database. │ ╰──────────────────────────────────────────────────────────────────────────────╯ ``` ## Example Download the `minifam.hmm` protein database: ```sh pipx run blx get \ fe305d9c09e123f987f49b9056e34c374e085d8831f815cc73d8ea4cdec84960 \ minifam.hmm ``` Download the `consensus.json` file of sequences: ```sh pipx run blx get \ af483ed5aa42010e8f6c950c42d81bac69f995876bf78a5965f319e83dc3923e \ consensus.hmm ``` Press it: ```sh dcp press minifam.hmm ``` Scan it: ```sh dcp scan minifam.hmm consensus.json ``` ## 👤 Author - [Danilo Horta](https://github.com/horta) ## Show your support Give a ⭐️ if this project helped you!

نیازمندی

مقدار	نام
-	blx
-	cffi
-	deciphon-core
-	fasta-reader
-	gmqtt
-	h3daemon
-	hmmer
-	ijson
-	pydantic
-	requests
-	typer[all]
-	uvloop

زبان مورد نیاز

مقدار	نام
>=3.10,<4.0	Python

نحوه نصب

نصب پکیج whl deciphon-0.8.0:

pip install deciphon-0.8.0.whl

نصب پکیج tar.gz deciphon-0.8.0:

pip install deciphon-0.8.0.tar.gz