معرفی شرکت ها
dbbs-scaffold-3.3.0rc0
تبلیغات ما
مشتریان به طور فزاینده ای آنلاین هستند. تبلیغات می تواند به آنها کمک کند تا کسب و کار شما را پیدا کنند.
مشاهده بیشتر
تبلیغات ما
مشتریان به طور فزاینده ای آنلاین هستند. تبلیغات می تواند به آنها کمک کند تا کسب و کار شما را پیدا کنند.
مشاهده بیشتر
تبلیغات ما
مشتریان به طور فزاینده ای آنلاین هستند. تبلیغات می تواند به آنها کمک کند تا کسب و کار شما را پیدا کنند.
مشاهده بیشتر
تبلیغات ما
مشتریان به طور فزاینده ای آنلاین هستند. تبلیغات می تواند به آنها کمک کند تا کسب و کار شما را پیدا کنند.
مشاهده بیشتر
تبلیغات ما
مشتریان به طور فزاینده ای آنلاین هستند. تبلیغات می تواند به آنها کمک کند تا کسب و کار شما را پیدا کنند.
مشاهده بیشترتوضیحات
A package for modelling morphologically detailed neuronal microcircuits.
| ویژگی | مقدار |
|---|---|
| سیستم عامل | - |
| نام فایل | dbbs-scaffold-3.3.0rc0 |
| نام | dbbs-scaffold |
| نسخه کتابخانه | 3.3.0rc0 |
| نگهدارنده | [] |
| ایمیل نگهدارنده | [] |
| نویسنده | Robin De Schepper, Alice Geminiani, Alberto Antonietti, Stefano Casali, Claudia Casselato, Egidio D'Angelo |
| ایمیل نویسنده | robingilbert.deschepper@unipv.it |
| آدرس صفحه اصلی | https://github.com/dbbs-lab/scaffold |
| آدرس اینترنتی | https://pypi.org/project/dbbs-scaffold/ |
| مجوز | GPLv3 |
[](https://github.com/psf/black)
[](https://travis-ci.com/Helveg/cerebellum-scaffold)
[](https://codecov.io/gh/Helveg/cerebellum-scaffold)
**Note:** The scaffold framework is still under heavy development. Please check the
**_Known Issues_** section at the bottom for important issues that fell victim to our
deadlines and will be solved at a later date.
# Scaffold: A scaffold model for the cerebellum
This package is intended to facilitate spatially, topologically and morphologically
detailed simulations of the cerebellum developed by the Department of Brain and Behavioral
Sciences at the University of Pavia.
## Installation
### pip
This software can be installed as a Python package from PyPI through pip:
```
sudo apt-get python3-rtree
pip install dbbs-scaffold
```
**Note:** *Windows users will have to install Rtree from this website:
https://www.lfd.uci.edu/~gohlke/pythonlibs/#rtree*
### Developers
Developers best use pip's *editable* install. This creates a live link between the
installed package and the local git repository:
```
sudo apt-get install python3-rtree
git clone git@github.com:Helveg/cerebellum-scaffold.git
cd cerebellum-scaffold
pip install -e .[dev] --no-use-pep517
pre-commit install
```
## Usage
The scaffold model can be used through the command line interface or as a python package.
### Command line interface (CLI)
Run the scaffold in the command line with subcommand `compile` to compile a network
architecture.
```
scaffold --config=mouse_cerebellum.json compile -x=200 -y=200 -p
```
To run with different configurations, change the config argument to the relative path of a
.json config file. The `-p` flag indicates that the compiled network should be plotted
afterwards and can be omitted.
### Python package
The central object is the `scaffold.core.Scaffold` class. This object requires a
`scaffold.config.ScaffoldConfig` instance for its construction. To emulate the CLI
functionality you can use the `JSONConfig` class and provide the relative path to the
configuration file.
```python
from scaffold import Scaffold
from scaffold.config import JSONConfig
config = new JSONConfig(file='mouse_cerebellum.json')
scaffoldInstance = new Scaffold(config)
```
This scaffold instance can then be used to perform the subcommands available in the CLI by
calling their corresponding functions:
```python
scaffoldInstance.compile_network()
```
#### Plotting network architecture
After calling `compile_network` the scaffold instance can be plotted:
```python
scaffoldInstance.plot_network_cache()
```
# Known issues
## No configuration serialization
When modifying the config object through scripts and then saving it to file, you'll store
the original configuration file text, and you won't actually serialize the modified object
We will fix this by version 3.2
نیازمندی
| مقدار | نام |
|---|---|
| >=2.9.0 | h5py |
| >=1.16.4 | numpy |
| >=1.3.1 | scipy |
| >=0.20.3 | scikit-learn |
| >=4.1.0 | plotly |
| >=0.9.3 | rtree |
| >=2.0.0 | nrn-patch |
| - | dbbs-models |
| - | sphinx |
| >=0.4.3 | sphinx-rtd-theme |
| - | pyarmor |
| - | pre-commit |
| - | black |
نحوه نصب
نصب پکیج whl dbbs-scaffold-3.3.0rc0:
pip install dbbs-scaffold-3.3.0rc0.whl
نصب پکیج tar.gz dbbs-scaffold-3.3.0rc0:
pip install dbbs-scaffold-3.3.0rc0.tar.gz