معرفی شرکت ها

data-dictionary-cui-mapping-1.0.5

Card image cap
تبلیغات ما

مشتریان به طور فزاینده ای آنلاین هستند. تبلیغات می تواند به آنها کمک کند تا کسب و کار شما را پیدا کنند.

مشاهده بیشتر
Card image cap
تبلیغات ما

مشتریان به طور فزاینده ای آنلاین هستند. تبلیغات می تواند به آنها کمک کند تا کسب و کار شما را پیدا کنند.

مشاهده بیشتر
Card image cap
تبلیغات ما

مشتریان به طور فزاینده ای آنلاین هستند. تبلیغات می تواند به آنها کمک کند تا کسب و کار شما را پیدا کنند.

مشاهده بیشتر
Card image cap
تبلیغات ما

مشتریان به طور فزاینده ای آنلاین هستند. تبلیغات می تواند به آنها کمک کند تا کسب و کار شما را پیدا کنند.

مشاهده بیشتر
Card image cap
تبلیغات ما

مشتریان به طور فزاینده ای آنلاین هستند. تبلیغات می تواند به آنها کمک کند تا کسب و کار شما را پیدا کنند.

مشاهده بیشتر
1.0.5
1.0.4
1.0.3
1.0.2
1.0.5
1.0.4
1.0.3
1.0.2

توضیحات

This package allows you to load in a data dictionary and map cuis to defined fields using either the UMLS API or MetaMap API from NLM.
ویژگی مقدار
سیستم عامل -
نام فایل data-dictionary-cui-mapping-1.0.5
نام data-dictionary-cui-mapping
نسخه کتابخانه 1.0.5
نگهدارنده []
ایمیل نگهدارنده []
نویسنده Kevin Armengol
ایمیل نویسنده kevin.armengol@gmail.com
آدرس صفحه اصلی https://github.com/kevon217/data-dictionary-cui-mapping
آدرس اینترنتی https://pypi.org/project/data-dictionary-cui-mapping/
مجوز MIT
# data-dictionary-cui-mapping This package allows you to load in a data dictionary and map cuis to defined fields using either the UMLS API or MetaMap API from NLM. ## Installation Use the package manager [pip](https://pip.pypa.io/en/stable/) to install data-dictionary-cui-mapping or pip install from the GitHub repo. ```bash pip install data-dictionary-cui-mapping #pip install git+https://github.com/kevon217/data-dictionary-cui-mapping.git ``` ## Usage ```python # import batch_query_pipeline modules from metamap OR umls package from data_dictionary_cui_mapping.metamap import batch_query_pipeline as mm_bqp from data_dictionary_cui_mapping.umls import batch_query_pipeline as umls_bqp # import helper functions for loading, viewing, composing configurations for pipeline run from data_dictionary_cui_mapping.utils import helper from omegaconf import OmegaConf # import modules to create data dictionary with curated CUIs and check the file for missing mappings from data_dictionary_cui_mapping.curation import create_dictionary_import_file from data_dictionary_cui_mapping.curation import check_cuis # LOAD/EDIT CONFIGURATION FILES cfg = helper.compose_config.fn(overrides=["custom=de", "apis=config_metamap_api"]) # custom config for MetaMap on data element 'title' column # cfg = helper.compose_config.fn(overrides=["custom=de", "apis=config_umls_api"]) # custom config for UMLS API on data element 'title' column # cfg = helper.compose_config.fn(overrides=["custom=pvd", "apis=config_metamap_api"]) # custom config for MetaMap on 'permissible value descriptions' column # cfg = helper.compose_config.fn(overrides=["custom=pvd", "apis=config_umls_api"]) # custom config for UMLS API on 'permissible value descriptions' column cfg.apis.user_info.email = '' # enter your email cfg.apis.user_info.apiKey = '' # enter your api key print(OmegaConf.to_yaml(cfg)) # STEP-1: RUN BATCH QUERY PIPELINE df_final_mm = mm_bqp.main(cfg) # run MetaMap batch query pipeline # df_final_umls = umls_bqp.main(cfg) # run UMLS API batch query pipeline # MANUAL CURATION STEP IN EXCEL FILE (see curation example in notebooks/examples_files/DE_Step-1_curation_keepCol.xlsx) # STEP-2: CREATE DATA DICTIONARY IMPORT FILE cfg = helper.load_config.fn(helper.choose_input_file.fn("Load config file from Step 1")) create_dictionary_import_file.main(cfg) # CHECK CURATED CUI MAPPINGS cfg = helper.load_config.fn(helper.choose_input_file.fn("Load config file from Step 2")) check_cuis.main(cfg) ``` ## Acknowledgements The MetaMap API code included is from Will J Roger's repository --> https://github.com/lhncbc/skr_web_python_api Special thanks to Olga Vovk and Henry Ogoe for their guidance, feedback, and testing of this package. ## License [MIT](https://choosealicense.com/licenses/mit/)


نیازمندی

مقدار نام
>=1.5.2 pandas
>=3.0.10 openpyxl
>=2.28.1 requests
==0.21.1 python-dotenv
>=0.10.0 requests-html
>=1.3.1,<2.0.0 hydra-core
>=2.3.0,<3.0.0 omegaconf
>=2.8.3,<3.0.0 prefect[viz]


زبان مورد نیاز

مقدار نام
>=3.8.1,<4.0.0 Python


نحوه نصب


نصب پکیج whl data-dictionary-cui-mapping-1.0.5:

    pip install data-dictionary-cui-mapping-1.0.5.whl


نصب پکیج tar.gz data-dictionary-cui-mapping-1.0.5:

    pip install data-dictionary-cui-mapping-1.0.5.tar.gz