معرفی شرکت ها

تبلیغات ما

مشتریان به طور فزاینده ای آنلاین هستند. تبلیغات می تواند به آنها کمک کند تا کسب و کار شما را پیدا کنند.

مشاهده بیشتر

تبلیغات ما

مشتریان به طور فزاینده ای آنلاین هستند. تبلیغات می تواند به آنها کمک کند تا کسب و کار شما را پیدا کنند.

مشاهده بیشتر

تبلیغات ما

مشتریان به طور فزاینده ای آنلاین هستند. تبلیغات می تواند به آنها کمک کند تا کسب و کار شما را پیدا کنند.

مشاهده بیشتر

تبلیغات ما

مشتریان به طور فزاینده ای آنلاین هستند. تبلیغات می تواند به آنها کمک کند تا کسب و کار شما را پیدا کنند.

مشاهده بیشتر

تبلیغات ما

مشتریان به طور فزاینده ای آنلاین هستند. تبلیغات می تواند به آنها کمک کند تا کسب و کار شما را پیدا کنند.

مشاهده بیشتر

توضیحات

Quality control for SNP data from Diversity Array Technologies (DArT)

ویژگی	مقدار
سیستم عامل	-
نام فایل	dartqc-0.1.5
نام	dartqc
نسخه کتابخانه	0.1.5
نگهدارنده	[]
ایمیل نگهدارنده	[]
نویسنده	Eike J. Steinig
ایمیل نویسنده	eikejoachim.steinig@my.jcu.edu.au
آدرس صفحه اصلی	http://github.com/esteinig/dartqc
آدرس اینترنتی	https://pypi.org/project/dartqc/
مجوز	MIT

## DartQC ### Quality Control Pipeline Command line pipeline to facilitate quality control of SNP data from Diversity Array Technologies (DArT). This version is a re-write of the original scripts aiming to be somewhat more user-friendly and executable on JCU's HPC. #### Install `pip install dartqc` #### How to use DartQC This section provides a brief guide of how to install and use the pipeline components. This assumes you are using a Bash shell on a local Unix system or the JCU's HPC (Zodiac). 1. [Install DartQC](https://github.com/esteinig/dartQC/blob/master/readme/install.md) 2. [Task: prepare](https://github.com/esteinig/dartQC/blob/master/readme/task.prepare.md) 3. [Task: process](https://github.com/esteinig/dartQC/blob/master/readme/task.process.md) 4. [Task: filter](https://github.com/esteinig/dartQC/blob/master/readme/task.filter.md) 5. [DartQC on Zodiac]() #### Tasks DartQC has a hierarchical parser structure that allows you to set global options and execute a task (prepare, process, filter) with its own specific arguments: ``` dartqc --help dartqc prepare --help dartqc process --help dartqc filter -- help ``` Global arguments are specified before the command for a task, like this: **`dartqc`**`--project example --output_path ./example`**`prepare`**`--file example_data.csv` #### Quick Start Example workflow without pre-processing from Excel or CSV: ``` source activate dartqc # CSV dartqc prepare --file example.csv # Excel dartqc prepare --file example.xlsx --sheet double_row_snps dartqc filter --call example.csv --call_scheme example_scheme.json --maf 0.02 --clusters source deactivate ``` Example workflow with pre-processing: ``` source activate dartqc dartqc prepare --file calls.csv dartqc prepare --file raw.csv dartqc filter -c calls.csv --call_scheme calls_scheme.json -r raw.csv --raw_scheme raw_scheme.json --read_threshold 7 dartqc filter --processed ./example --maf 0.02 --call_rate 0.7 --duplicates --clusters source deactivate ``` --- <p align="center"> <img src="https://github.com/esteinig/dartQC/blob/master/workflow.png" height="768" width="768"> </p> --- ### Contact If you find any bugs, please submit an issue for this repository on GitHub.

نحوه نصب

نصب پکیج whl dartqc-0.1.5:

pip install dartqc-0.1.5.whl

نصب پکیج tar.gz dartqc-0.1.5:

pip install dartqc-0.1.5.tar.gz