معرفی شرکت ها
daric-0.2.15
تبلیغات ما
مشتریان به طور فزاینده ای آنلاین هستند. تبلیغات می تواند به آنها کمک کند تا کسب و کار شما را پیدا کنند.
مشاهده بیشتر
تبلیغات ما
مشتریان به طور فزاینده ای آنلاین هستند. تبلیغات می تواند به آنها کمک کند تا کسب و کار شما را پیدا کنند.
مشاهده بیشتر
تبلیغات ما
مشتریان به طور فزاینده ای آنلاین هستند. تبلیغات می تواند به آنها کمک کند تا کسب و کار شما را پیدا کنند.
مشاهده بیشتر
تبلیغات ما
مشتریان به طور فزاینده ای آنلاین هستند. تبلیغات می تواند به آنها کمک کند تا کسب و کار شما را پیدا کنند.
مشاهده بیشتر
تبلیغات ما
مشتریان به طور فزاینده ای آنلاین هستند. تبلیغات می تواند به آنها کمک کند تا کسب و کار شما را پیدا کنند.
مشاهده بیشترتوضیحات
DARIC, a computational framework to find quantitatively differential compartments from Hi-C data
| ویژگی | مقدار |
|---|---|
| سیستم عامل | - |
| نام فایل | daric-0.2.15 |
| نام | daric |
| نسخه کتابخانه | 0.2.15 |
| نگهدارنده | [] |
| ایمیل نگهدارنده | [] |
| نویسنده | Yan Kai |
| ایمیل نویسنده | smilekai@gwmail.gwu.edu |
| آدرس صفحه اصلی | - |
| آدرس اینترنتی | https://pypi.org/project/daric/ |
| مجوز | - |
<div align="center">
<img src="img/daric_logo.png" alt="logo" width="300" height="auto" />
<h1></h1>
<p>
A computational framework to find <span style="color:red"> ***quantitatively***</span> differential compartments between Hi-C datasets
</p>
[](https://pepy.tech/project/daric)
[](https://img.shields.io/badge/daric-v0.2.11-brightgreen)
<div align="left">
`DARIC`, or Differential Analysis for genomic Regions' Interaction with Compartments, is a computational framework to identify the quantitatively differential compartments from Hi-C-like data. For more details about the design and implementation of the framework, please check our preprint here.
#Installation
1. Install with `pip`.
+ `$ pip install daric`
+ To test the installation, please type `$ daric --help` in shell to see if help messages pop out.
2. Download the `daric` package from github and install locally.
# Usage
`DARIC` is composed of three commands: `calculate`, `normalize`, and `runhmm`.
## 1. Calculation of PIS
---
PIS, or Preferential Interaction Score, is a metric that we used to evaluate the relative interaction strength between the A and B compartments. `calculate` is the command to calculate the PIS:
```
Usage: daric calculate [OPTIONS]
Options:
-n, --name TEXT sample names used for output [required]
-p, --pc1 TEXT the PC1 bigwig file for compartments [required]
-m, --hic TEXT the directory with the o/e interaction matrice in sparse format. Note that it has to be the output from juicer dump. [required]
-r, --reso INTEGER the genomic resolution (in bp) for compartment bins and hic file [required]
-s, --species TEXT species (mm9, mm10, hg19, hg38) [required]
-o, --outdir TEXT path for output directory [default: ./]
--help Show this message and exit.
```
## 2. Normalization of two PIS tracks
---
We borrowed the idea of MAnorm, a normalization method designed for normalizing ChIP-seq datasets, to normalize the PIS data. `normalize` is the command for this task:
```
Usage: daric normalize [OPTIONS]
Options:
-m, --sample1 TEXT name of sample1, e.g. name of the cell-type
[required]
-n, --sample2 TEXT name of sample2 [required]
-p, --sample1_PIS TEXT the PIS track(s) for sample1. Multiple files, like
replicates, can be separated by comma without space.
[required]
-q, --sample2_PIS TEXT the PIS track(s) for sample2. Multiple files, like
replicates, can be separated by comma without space.
[required]
-f, --fraction FLOAT A value between 0 and 1. Genomic regions whose
residual PIS locate in the top and bottom XX
fraction are excluded in building the MAnorm model
to infer the systematic scaling differences between
the two samples. [default: 0.15]
-r, --reso INTEGER an integer representing the genomic resolution for
compartment bins in the PIS track, in bp [required]
-s, --species TEXT species (mm9, mm10, hg19, hg38) [required]
-o, --outdir TEXT output directory [default: ./]
--help Show this message and exit.
```
## 3. Identification of differential comparments
`runhmm` is the command to identify the quantitatively differential compartments and perform statistical analyses.
```
Usage: daric runhmm [OPTIONS]
Options:
-f, --deltaPIS TEXT the delta scores for different comparisons. Multiple
files should be separated by comma [required]
-r, --reso INTEGER an integer representing the genomic resolution for
compartment bins in the PIS track, in bp [required]
-s, --species TEXT species (mm9, mm10, hg19, hg38) [required]
-o, --outdir TEXT output directory [default: ./]
--help Show this message and exit.
```
نیازمندی
| مقدار | نام |
|---|---|
| >=0.4.1,<0.5.0 | typer[all] |
| >=1.4.1,<2.0.0 | pandas |
| >=1.20.1,<2.0.0 | numpy |
| >=0.12.4,<0.13.0 | HTSeq |
| >=1.6.2,<2.0.0 | scipy |
| >=0.3.18,<0.4.0 | pyBigWig |
| >=0.2.6,<0.3.0 | hmmlearn |
| ==3.3.4 | matplotlib |
| >=0.11.1,<0.12.0 | seaborn |
| >=1.0.2,<2.0.0 | scikit-learn |
زبان مورد نیاز
| مقدار | نام |
|---|---|
| >=3.8,<3.11 | Python |
نحوه نصب
نصب پکیج whl daric-0.2.15:
pip install daric-0.2.15.whl
نصب پکیج tar.gz daric-0.2.15:
pip install daric-0.2.15.tar.gz