معرفی شرکت ها

تبلیغات ما

مشتریان به طور فزاینده ای آنلاین هستند. تبلیغات می تواند به آنها کمک کند تا کسب و کار شما را پیدا کنند.

مشاهده بیشتر

تبلیغات ما

مشتریان به طور فزاینده ای آنلاین هستند. تبلیغات می تواند به آنها کمک کند تا کسب و کار شما را پیدا کنند.

مشاهده بیشتر

تبلیغات ما

مشتریان به طور فزاینده ای آنلاین هستند. تبلیغات می تواند به آنها کمک کند تا کسب و کار شما را پیدا کنند.

مشاهده بیشتر

تبلیغات ما

مشتریان به طور فزاینده ای آنلاین هستند. تبلیغات می تواند به آنها کمک کند تا کسب و کار شما را پیدا کنند.

مشاهده بیشتر

تبلیغات ما

مشتریان به طور فزاینده ای آنلاین هستند. تبلیغات می تواند به آنها کمک کند تا کسب و کار شما را پیدا کنند.

مشاهده بیشتر

توضیحات

Calculate d2s scores from short reads

ویژگی	مقدار
سیستم عامل	-
نام فایل	d2ssect-0.0.9
نام	d2ssect
نسخه کتابخانه	0.0.9
نگهدارنده	[]
ایمیل نگهدارنده	[]
نویسنده	-
ایمیل نویسنده	Jia Zhang <jia.zhang2@my.jcu.edu.au>, Ira Cooke <ira.cooke@jcu.edu.au>
آدرس صفحه اصلی	-
آدرس اینترنتی	https://pypi.org/project/d2ssect/
مجوز	-

# d2ssect ![conda install test badge](https://github.com/iracooke/d2ssect/actions/workflows/conda.yml/badge.svg) ![linux install test badge](https://github.com/iracooke/d2ssect/actions/workflows/linux.yml/badge.svg) ![macos install test badge](https://github.com/iracooke/d2ssect/actions/workflows/macos.yml/badge.svg) `d2ssect` calculates an alignment-free distance between samples based on frequencies of shared kmers. Specifically, it provides a fast implementation of the [D2S statistic](https://www.liebertpub.com/doi/10.1089/cmb.2009.0198) which can be used as a standalone distance measure, or as input to a range of methods (eg see [these tools](https://github.com/chanlab-genomics/alignment-free-tools)) for phylogenetic and network analysis. ## Installation `d2ssect` is available via [pypi](https://pypi.org/project/d2ssect/). Installation requires python 3.7 or greater as well as the [jellyfish](https://github.com/gmarcais/Jellyfish) program and libraries. We recommend installation into a conda environment as follows ```bash conda create -n d2ssect python=3.7 kmer-jellyfish conda activate d2ssect pip install d2ssect d2ssect -h ``` Alternatively, you may use an existing Jellyfish installation, or install Jellyfish without using conda. If using this method please note that; - Jellyfish version 2 is required (Jellyfish 1 will not work) - Installation of Jellyfish via linux package managers will not work as this installs the jellyfish binary but not libraries and headers needed by `d2ssect` Once Jellyfish is installed you should then be able to install `d2ssect` using pip or pip3 as follows ```bash pip install d2ssect ``` ## Usage Lets say we have a collection of fastq files corresponding to sequencing reads from different samples. We want to compare these with `d2ssect`. First count kmers in these files using `jellyfish` ```bash for f in *.fastq;do jellyfish count -m 21 -s 10000000 $f -o ${f%.fastq}.jf ;done ``` Note that the command above will create a corresponding `.jf` file for every `.fastq` file in the current directory. By keeping the base names of the `jf` and `fastq` files identical we can then run `d2ssect` as follows; ```bash d2ssect -l *.jf -f *.fastq ``` ## Outputs `d2ssect` provides information on progress (sent to stderr) and will eventually produce a matrix of pairwise D2S values (one for each pair of samples) sent to stdout.

زبان مورد نیاز

مقدار	نام
>=3.7	Python

نحوه نصب

نصب پکیج whl d2ssect-0.0.9:

pip install d2ssect-0.0.9.whl

نصب پکیج tar.gz d2ssect-0.0.9:

pip install d2ssect-0.0.9.tar.gz