معرفی شرکت ها

تبلیغات ما

مشتریان به طور فزاینده ای آنلاین هستند. تبلیغات می تواند به آنها کمک کند تا کسب و کار شما را پیدا کنند.

مشاهده بیشتر

تبلیغات ما

مشتریان به طور فزاینده ای آنلاین هستند. تبلیغات می تواند به آنها کمک کند تا کسب و کار شما را پیدا کنند.

مشاهده بیشتر

تبلیغات ما

مشتریان به طور فزاینده ای آنلاین هستند. تبلیغات می تواند به آنها کمک کند تا کسب و کار شما را پیدا کنند.

مشاهده بیشتر

تبلیغات ما

مشتریان به طور فزاینده ای آنلاین هستند. تبلیغات می تواند به آنها کمک کند تا کسب و کار شما را پیدا کنند.

مشاهده بیشتر

تبلیغات ما

مشتریان به طور فزاینده ای آنلاین هستند. تبلیغات می تواند به آنها کمک کند تا کسب و کار شما را پیدا کنند.

مشاهده بیشتر

توضیحات

Methods to evaluate profiling dataframes with features and metadata

ویژگی	مقدار
سیستم عامل	-
نام فایل	cytominer-eval-0.1
نام	cytominer-eval
نسخه کتابخانه	0.1
نگهدارنده	[]
ایمیل نگهدارنده	[]
نویسنده	Gregory Way
ایمیل نویسنده	gregory.way@gmail.com
آدرس صفحه اصلی	https://github.com/cytomining/cytominer-eval
آدرس اینترنتی	https://pypi.org/project/cytominer-eval/
مجوز	BSD 3-Clause License

# Cytominer-eval: Evaluating quality of perturbation profiles [![Actions Status](https://github.com/cytomining/cytominer-eval/workflows/Python%20build/badge.svg)](https://github.com/cytomining/cytominer-eval/actions) [![Documentation Status](https://readthedocs.org/projects/cytominer-eval/badge/?version=latest)](https://cytominer-eval.readthedocs.io/en/latest/) [![Coverage Status](https://codecov.io/gh/cytomining/cytominer-eval/branch/master/graph/badge.svg)](https://codecov.io/github/cytomining/cytominer-eval?branch=master) [![Code style: black](https://img.shields.io/badge/code%20style-black-000000.svg)](https://github.com/psf/black) Cytominer-eval contains functions to calculate quality metrics for perturbation profiling experiments. ## Installation Cytominer-eval is still in beta, and can only be installed from GitHub: ```bash pip install git+git://github.com/cytomining/cytominer-eval ``` Since the project is actively being developed, with new features added regularly, we recommend installation using a hash: ```bash # Example: pip install git+git://github.com/cytomining/cytominer-eval@5c9fb860d1b27e746ee498d625d033475caceb7e ``` ## Usage Cytominer-eval uses a simple API for all evaluation metrics. ```python # Working example import pandas as pd from cytominer_eval import evaluate # Load Data commit = "6f9d350badd0a18b6c1a76171813aaf9a52f8d9f" url = f"https://github.com/cytomining/cytominer-eval/raw/{commit}/cytominer_eval/example_data/compound/SQ00015054_normalized_feature_select.csv.gz" df = pd.read_csv(url) # Define important function arguments meta_features = df.columns[df.columns.str.startswith("Metadata_")] features = df.drop(meta_features, axis="columns").columns.tolist() replicate_groups = ["Metadata_broad_sample", "Metadata_mg_per_ml"] # Evaluate profile quality evaluate( profiles=df, features=features, meta_features=meta_features, replicate_groups=replicate_groups, replicate_reproducibility_return_median_cor=False, operation="replicate_reproducibility", ) ``` ## Metrics Currently, four metric operations are supported: 1. Replicate reproducibility 2. Precision/recall 3. mp-value 4. Grit

زبان مورد نیاز

مقدار	نام
>=3.5	Python

نحوه نصب

نصب پکیج whl cytominer-eval-0.1:

pip install cytominer-eval-0.1.whl

نصب پکیج tar.gz cytominer-eval-0.1:

pip install cytominer-eval-0.1.tar.gz