معرفی شرکت ها
cwl-inputs-parser-1.0.2
تبلیغات ما
مشتریان به طور فزاینده ای آنلاین هستند. تبلیغات می تواند به آنها کمک کند تا کسب و کار شما را پیدا کنند.
مشاهده بیشتر
تبلیغات ما
مشتریان به طور فزاینده ای آنلاین هستند. تبلیغات می تواند به آنها کمک کند تا کسب و کار شما را پیدا کنند.
مشاهده بیشتر
تبلیغات ما
مشتریان به طور فزاینده ای آنلاین هستند. تبلیغات می تواند به آنها کمک کند تا کسب و کار شما را پیدا کنند.
مشاهده بیشتر
تبلیغات ما
مشتریان به طور فزاینده ای آنلاین هستند. تبلیغات می تواند به آنها کمک کند تا کسب و کار شما را پیدا کنند.
مشاهده بیشتر
تبلیغات ما
مشتریان به طور فزاینده ای آنلاین هستند. تبلیغات می تواند به آنها کمک کند تا کسب و کار شما را پیدا کنند.
مشاهده بیشترتوضیحات
The parser of inputs field in Common Workflow Language (CWL)
| ویژگی | مقدار |
|---|---|
| سیستم عامل | - |
| نام فایل | cwl-inputs-parser-1.0.2 |
| نام | cwl-inputs-parser |
| نسخه کتابخانه | 1.0.2 |
| نگهدارنده | [] |
| ایمیل نگهدارنده | [] |
| نویسنده | suecharo |
| ایمیل نویسنده | suehiro619@gmail.com |
| آدرس صفحه اصلی | https://github.com/suecharo/cwl-inputs-parser |
| آدرس اینترنتی | https://pypi.org/project/cwl-inputs-parser/ |
| مجوز | Apache 2.0 |
# cwl-inputs-parser
[](https://github.com/suecharo/cwl-inputs-parser/actions?query=workflow%3Apytest)
[](https://github.com/suecharo/cwl-inputs-parser/actions?query=workflow%3Aflake8)
[](https://github.com/suecharo/cwl-inputs-parser/actions?query=workflow%3Aisort)
[](https://github.com/suecharo/cwl-inputs-parser/actions?query=workflow%3Amypy)
[](http://www.apache.org/licenses/LICENSE-2.0)
A library for parsing the inputs field of Common Workflow Language (CWL) document.
This library aims to use it as a CWL parser to generate a web form to execute the Workflow Execution Service (WES).
As a simple example, if you input [tests/all_input.cwl](https://github.com/suecharo/cwl-inputs-parser/blob/main/tests/all_input.cwl), [tests/all_input.json](https://github.com/suecharo/cwl-inputs-parser/blob/main/tests/all_input.json) will be output.
The schema of the parsed results is [cwl-inputs-parser-schema.json](https://github.com/suecharo/cwl-inputs-parser/blob/main/cwl-inputs-parser-schema.json).
We are testing using the CWL v1.2 conformance test.
The list of test IDs that will not pass is [tests/cwl_conformance_test/failed_test_ids.txt](https://github.com/suecharo/cwl-inputs-parser/blob/main/tests/cwl_conformance_test/failed_test_ids.txt).
## Installation
Requires Python 3.6+
To install from PyPI:
```bash
$ pip install cwl-inputs-parser
$ cwl-inputs-parser --help
```
To install from source:
```bash
$ git clone https://github.com/suecharo/cwl-inputs-parser.git
$ cd cwl-inputs-parser
$ pip install .
$ cwl-inputs-parser --help
```
To install with docker:
```bash
$ docker run -t --rm ghcr.io/suecharo/cwl-inputs-parser:latest cwl-inputs-parser --help
```
## Usage
It is deployed at `https://cwl-inputs-parser.azurewebsites.net`
The easiest way to use:
```bash
$ curl -X POST https://cwl-inputs-parser.azurewebsites.net \
-d '{"wf_location": "https://raw.githubusercontent.com/suecharo/cwl-inputs-parser/main/tests/cwl_conformance_test/v1.2/wc-tool.cwl"}'
[{"array":false,"default":null,"doc":null,"id":"file1","label":null,"required":true,"secondaryFiles":null,"type":"File"}]
```
### As command line tool
Use as a command line tool:
```bash
$ cwl-inputs-parser /path/to/cwl_document (local file path | remote URL)
```
### As REST API server
Start the server:
```bash
$ cwl-inputs-parser --server --host 0.0.0.0 --port 8080
* Serving Flask app 'cwl_inputs_parser.server' (lazy loading)
* Environment: production
* Debug mode: off
* Running on http://172.26.0.2:8080/ (Press CTRL+C to quit)
```
Request with `curl`:
```bash
$ curl -X get localhost:8080/health
{"status":"ok"}
# {"wf_location": "https://path/to/workflow"}
$ curl -X POST localhost:8080 -d @tests/curl_data_location.json
...
# {"wf_content": "serialized CWL contents..."}
$ curl -X POST localhost:8080 -d @tests/curl_data_content.json
...
$ curl -X POST \
localhost:8080 \
-d '{"wf_location": "https://raw.githubusercontent.com/suecharo/cwl-inputs-parser/main/tests/cwl_conformance_test/v1.2/wc-tool.cwl"}'
[{"array":false,"default":null,"doc":null,"id":"file1","label":null,"required":true,"secondaryFiles":null,"type":"File"}]
```
Do cwltool's `--make-template`:
```bash
$ curl -X POST localhost:8080/make-template -d @tests/curl_data_location.json
"file1: # type \"File\"\n class: File\n path: a/file/path\n"
$ curl -X POST localhost:8080/make-template -d @tests/curl_data_content.json
"file1: # type \"File\"\n class: File\n path: a/file/path\n"
```
### As python library
Use as a python library:
```bash
$ python3
Python 3.8.12 (default, Oct 13 2021, 13:56:21)
[GCC 7.5.0] on linux
Type "help", "copyright", "credits" or "license" for more information.
>>> from cwl_inputs_parser.utils import wf_location_to_inputs
>>> inputs = wf_location_to_inputs("./tests/cwl_conformance_test/v1.2/wc-tool.cwl")
>>> inputs.as_dict()
[{'default': None, 'doc': None, 'id': 'file1', 'label': None, 'type': 'File', 'array': False, 'required': True, 'secondaryFiles': None}]
```
## Development
development environment:
```bash
docker-compose -f docker-compose.dev.yml up -d --build
docker-compose -f docker-compose.dev.yml exec app bash
```
testing:
```bash
pytest .
```
## License
[Apache-2.0](https://www.apache.org/licenses/LICENSE-2.0).
See the [LICENSE](https://github.com/suecharo/cwl-inputs-parser/blob/main/LICENSE).
نیازمندی
| مقدار | نام |
|---|---|
| - | cwl-utils |
| - | flask |
| - | pyyaml |
| - | requests |
| - | cwltool |
| - | ruamel.yaml |
| - | flake8 |
| - | isort |
| - | jsonschema |
| - | mypy |
| - | pytest |
| - | types-PyYAML |
| - | types-requests |
| - | types-setuptools |
زبان مورد نیاز
| مقدار | نام |
|---|---|
| >=3.6 | Python |
نحوه نصب
نصب پکیج whl cwl-inputs-parser-1.0.2:
pip install cwl-inputs-parser-1.0.2.whl
نصب پکیج tar.gz cwl-inputs-parser-1.0.2:
pip install cwl-inputs-parser-1.0.2.tar.gz