معرفی شرکت ها

تبلیغات ما

مشتریان به طور فزاینده ای آنلاین هستند. تبلیغات می تواند به آنها کمک کند تا کسب و کار شما را پیدا کنند.

مشاهده بیشتر

تبلیغات ما

مشتریان به طور فزاینده ای آنلاین هستند. تبلیغات می تواند به آنها کمک کند تا کسب و کار شما را پیدا کنند.

مشاهده بیشتر

تبلیغات ما

مشتریان به طور فزاینده ای آنلاین هستند. تبلیغات می تواند به آنها کمک کند تا کسب و کار شما را پیدا کنند.

مشاهده بیشتر

تبلیغات ما

مشتریان به طور فزاینده ای آنلاین هستند. تبلیغات می تواند به آنها کمک کند تا کسب و کار شما را پیدا کنند.

مشاهده بیشتر

تبلیغات ما

مشتریان به طور فزاینده ای آنلاین هستند. تبلیغات می تواند به آنها کمک کند تا کسب و کار شما را پیدا کنند.

مشاهده بیشتر

توضیحات

Hi-C analysis tools by Python3

ویژگی	مقدار
سیستم عامل	-
نام فایل	custardpy-0.3.7
نام	custardpy
نسخه کتابخانه	0.3.7
نگهدارنده	[]
ایمیل نگهدارنده	[]
نویسنده	Ryuichiro Nakato
ایمیل نویسنده	rnakato@iqb.u-tokyo.ac.jp
آدرس صفحه اصلی	https://github.com/rnakato/custardpy
آدرس اینترنتی	https://pypi.org/project/custardpy/
مجوز	GPL3.0

# CustardPy: Docker image for 3D genome analysis ## Major Release! (v1.0.0) This repository contains - Source code of **CustardPy** (PyPI), - Dockerfile of **CustardPy** Docker image, - [Full Manual](https://custardpy.readthedocs.io), and - Tutorial data of Hi-C and Micro-C analysis using demo data. ## 0. Changelog See [Changelog](https://github.com/rnakato/CustardPy/blob/master/ChangeLog.md) ## 1. Installation Docker image is available at [DockerHub](https://hub.docker.com/r/rnakato/custardpy). ### 1.1 Docker To use docker command, type: # pull docker image docker pull rnakato/custardpy # container login docker run --rm -it rnakato/custardpy /bin/bash # execute a command docker run --rm -it -v (your directory):/opt/work rnakato/custardpy <command> When calling loops using Juicer HICCUPS, suppy ``--gpus all`` option to allow GPU computation (GPU card needed): docker run --gpus all -it --rm -it -v (your directory):/opt/work rnakato/custardpy call_HiCCUPS.sh ### 1.2 Singularity Singularity can also be used to execute the docker image: # build image singularity build custardpy.sif docker://rnakato/custardpy # execute a command singularity exec custardpy.sif <command> Singularity mounts the current directory automatically. If you access the files in the other directory, please mount by `--bind` option, for instance: singularity exec --bind /work custardpy.sif <command> This command mounts `/work` directory. When calling loops using Juicer HICCUPS, suppy ``--nv`` option to allow GPU computation (GPU card needed): singularity exec --bind /work custardpy.sif call_HiCCUPS.sh ## 2. Quickstart # download Churros/tutorial directory git clone https://github.com/rnakato/CustardPy.git cd CustardPy/tutorial/Hi-C/ # download fastq and genome data and make index bash 00_getdata.sh # Execute Juicer pipeline bash QuickStart_juicer.sh ## 3. Usage See https://custardpy.readthedocs.io for the detailed Manual. ## 4. Build Docker image from Dockerfile First clone and move to the repository git clone https://github.com/rnakato/CustardPy.git cd CustardPy/Docker Then type: docker build -f Dokerfile.<version> -t <account>/custardpy_juicer . ## 6. Reference - Nakato R, Sakata T, Wang J, Nagai LAE, Oba GM, Bando M, Shirahige K, Context-dependent 3D genome regulation by cohesin and related factors, bioRxiv, 2022. doi: [10.1101/2022.05.24.493188](https://www.biorxiv.org/content/10.1101/2022.05.24.493188v1) ## 7. Contact Ryuichiro Nakato: rnakato AT iqb.u-tokyo.ac.jp

نیازمندی

مقدار	نام
>=1.18	numpy
>=1.3.0	pandas
>=1.3	scipy
>=1.0.0	scikit-learn
>=3.2.2	matplotlib
>=0.11.1	seaborn
>=0.2.0	h1d
>=1.3.0	hic-straw

زبان مورد نیاز

مقدار	نام
>=3.7	Python

نحوه نصب

نصب پکیج whl custardpy-0.3.7:

pip install custardpy-0.3.7.whl

نصب پکیج tar.gz custardpy-0.3.7:

pip install custardpy-0.3.7.tar.gz