معرفی شرکت ها

تبلیغات ما

مشتریان به طور فزاینده ای آنلاین هستند. تبلیغات می تواند به آنها کمک کند تا کسب و کار شما را پیدا کنند.

مشاهده بیشتر

تبلیغات ما

مشتریان به طور فزاینده ای آنلاین هستند. تبلیغات می تواند به آنها کمک کند تا کسب و کار شما را پیدا کنند.

مشاهده بیشتر

تبلیغات ما

مشتریان به طور فزاینده ای آنلاین هستند. تبلیغات می تواند به آنها کمک کند تا کسب و کار شما را پیدا کنند.

مشاهده بیشتر

تبلیغات ما

مشتریان به طور فزاینده ای آنلاین هستند. تبلیغات می تواند به آنها کمک کند تا کسب و کار شما را پیدا کنند.

مشاهده بیشتر

تبلیغات ما

مشتریان به طور فزاینده ای آنلاین هستند. تبلیغات می تواند به آنها کمک کند تا کسب و کار شما را پیدا کنند.

مشاهده بیشتر

توضیحات

ویژگی	مقدار
سیستم عامل	-
نام فایل	curatedmetagenomicspipeline-0.0.4
نام	curatedmetagenomicspipeline
نسخه کتابخانه	0.0.4
نگهدارنده	[]
ایمیل نگهدارنده	[]
نویسنده	Francesco Beghini
ایمیل نویسنده	francesco.beghini@unitn.it
آدرس صفحه اصلی	https://github.com/waldronlab/curatedmetagenomics
آدرس اینترنتی	https://pypi.org/project/curatedmetagenomicspipeline/
مجوز	-

## Installation From PyPi: ``` pip install curatedmetagenomicspipeline ``` From source code: ``` git clone git@github.com:waldronlab/curatedmetagenomics.git cd python_pipeline pip install . ``` ## Usage ``` cmd_pipeline --demo TEST_SAMPLE ERR262957 /output ``` The `--demo` argument causes use of a small demo FASTQ file and mini ChocoPhlAn, and UniRef databases (although ERR262957 is still downloaded to test `fasterq-dump` ``` cmd_pipeline MV_FEI4_t1Q14 "SRR4052038" /output ``` The command above download the specified SRR run for sample `MV_FEI4_t1Q14` from the AsnicarF_2017 dataset. Reads are then processed for: - Taxonomic profiling with MetaPhlAn 3.0 - Markers abundance and presence profiles are computed alongside the species-level profiling - Strain-level profiling with StrainPhlAn 3.0 (only the consensus_marker step is done) - Functional potential profiling with HUMAnN 3.0 - Pathways and gene families abundances are normalized using species' relative abundances and CPM For the full list of options and commands, please run `cmd_utilities_cli --help` and/or `cmd_utilities_cli COMMAND --help`

نحوه نصب

نصب پکیج whl curatedmetagenomicspipeline-0.0.4:

pip install curatedmetagenomicspipeline-0.0.4.whl

نصب پکیج tar.gz curatedmetagenomicspipeline-0.0.4:

pip install curatedmetagenomicspipeline-0.0.4.tar.gz