معرفی شرکت ها

تبلیغات ما

مشتریان به طور فزاینده ای آنلاین هستند. تبلیغات می تواند به آنها کمک کند تا کسب و کار شما را پیدا کنند.

مشاهده بیشتر

تبلیغات ما

مشتریان به طور فزاینده ای آنلاین هستند. تبلیغات می تواند به آنها کمک کند تا کسب و کار شما را پیدا کنند.

مشاهده بیشتر

تبلیغات ما

مشتریان به طور فزاینده ای آنلاین هستند. تبلیغات می تواند به آنها کمک کند تا کسب و کار شما را پیدا کنند.

مشاهده بیشتر

تبلیغات ما

مشتریان به طور فزاینده ای آنلاین هستند. تبلیغات می تواند به آنها کمک کند تا کسب و کار شما را پیدا کنند.

مشاهده بیشتر

تبلیغات ما

مشتریان به طور فزاینده ای آنلاین هستند. تبلیغات می تواند به آنها کمک کند تا کسب و کار شما را پیدا کنند.

مشاهده بیشتر

توضیحات

CulebrONT is an open-source, scalable, modular and traceable Snakemake pipeline, able to launch multipleassembly tools in parallel, giving you the possibility of circularise, polish, and correct assemblies, checking quality.CulebrONT can help to choose the best assembly between all possibilities.

ویژگی	مقدار
سیستم عامل	-
نام فایل	culebrONT-2.2.0
نام	culebrONT
نسخه کتابخانه	2.2.0
نگهدارنده	[]
ایمیل نگهدارنده	[]
نویسنده	Julie Orjuela (IRD), Aurore Comte (IRD), Sebastien Ravel (CIRAD), Florian Charriat (INRAE), Bao Tram Vi (IRD), François Sabot (IRD) Sebastien Cunnac (IRD)
ایمیل نویسنده	sebastien.ravel@cirad.fr
آدرس صفحه اصلی	https://github.com/SouthGreenPlatform/culebrONT
آدرس اینترنتی	https://pypi.org/project/culebrONT/
مجوز	GPLv3

.. image:: https://raw.githubusercontent.com/SouthGreenPlatform/culebrONT/master/culebrONT/culebront_logo.png :alt: Culebront Logo :align: center |PythonVersions| |SnakemakeVersions| |Singularity| |Downloads| .. contents:: Table of Contents :depth: 2 About CulebrONT =============== |readthedocs| **Homepage:** `https://culebront-pipeline.readthedocs.io/en/latest/ <https://culebront-pipeline.readthedocs.io/en/latest/>`_ Using data from long reads obtained by Oxford Nanopore Technologies sequencing makes genome assembly easier, in particular to solve repeats and structural variants, in prokaryotic as well as in eukaryotic genomes, resulting in increased contiguity and accuracy. Bunch of softwares and tools are released or updated every week, and a lot of species see their genome assembled using those. That’s right. “*But which assembly tool could give the best results for my favorite organism?*” **CulebrONT can help you!** CulebrONT is an open-source, scalable, modulable and traceable snakemake pipeline, able to launch multiple assembly tools in parallel and providing help for choosing the best possible assembly between all possibilities. Citation ________ https://doi.org/10.1101/2021.07.19.452922 Authors _______ * Julie Orjuela (IRD) * Aurore Comte(IRD) * Sébastien Ravel(CIRAD), * Florian Charriat(INRAE) * Sébastien Cunnac(IRD). * Tram Vi (IRD, AGI) * Francois Sabot(IRD) Useful notes ============ Before launching CulebrONT, you could base-calling of arbitrarily multiplexed libraries across several Minion runs with sequencing quality control and gather the output files by genome for subsequent steps. For that use https://github.com/vibaotram/baseDmux. Thanks ====== Thanks to Ndomassi Tando (i-Trop IRD) by administration support. The authors acknowledge the `IRD i-Trop HPC <https://bioinfo.ird.fr/>`_ (`South Green Platform <http://www.southgreen.fr>`_) at IRD Montpellier for providing HPC resources that have contributed to this work. Thanks to `Yann Delorme <https://nimarell.github.io/resume>`_ for this beautiful logo License ======= Licencied under `CeCill-C <http://www.cecill.info/licences/Licence_CeCILL-C_V1-en.html>`_ and GPLv3. Intellectual property belongs to `IRD <https://www.ird.fr>`_ , `CIRAD <https://www.cirad.fr/>`_ and authors. .. |PythonVersions| image:: https://img.shields.io/badge/python-≥3.6%2B-blue :target: https://www.python.org/downloads .. |SnakemakeVersions| image:: https://img.shields.io/badge/snakemake-≥6.10.0-brightgreen.svg :target: https://snakemake.readthedocs.io .. |Singularity| image:: https://img.shields.io/badge/singularity-≥3.3.0-7E4C74.svg :target: https://sylabs.io/docs/ .. |readthedocs| image:: https://pbs.twimg.com/media/E5oBxcRXoAEBSp1.png :target: https://culebront-pipeline.readthedocs.io/en/latest/ :width: 400px .. |Downloads| image:: https://img.shields.io/pypi/dm/culebrONT?color=purple&logo=culebrONT-pypi :target: https://pypi.org/project/culebrONT :alt: PyPi downloads

نیازمندی

مقدار	نام
-	PyYAML
-	pandas
-	matplotlib
-	tabulate
-	rpy2
-	ipython
-	biopython
-	pysam
-	numpy
-	argparse
-	snakemake
-	tqdm
>=8.0.3	click
-	cookiecutter
<0.18	docutils
-	tox
-	sphinx-copybutton
-	sphinx-rtd-theme
-	sphinx-click

زبان مورد نیاز

مقدار	نام
>=3.6	Python

نحوه نصب

نصب پکیج whl culebrONT-2.2.0:

pip install culebrONT-2.2.0.whl

نصب پکیج tar.gz culebrONT-2.2.0:

pip install culebrONT-2.2.0.tar.gz