معرفی شرکت ها
cryotypes-0.1.0
تبلیغات ما
مشتریان به طور فزاینده ای آنلاین هستند. تبلیغات می تواند به آنها کمک کند تا کسب و کار شما را پیدا کنند.
مشاهده بیشتر
تبلیغات ما
مشتریان به طور فزاینده ای آنلاین هستند. تبلیغات می تواند به آنها کمک کند تا کسب و کار شما را پیدا کنند.
مشاهده بیشتر
تبلیغات ما
مشتریان به طور فزاینده ای آنلاین هستند. تبلیغات می تواند به آنها کمک کند تا کسب و کار شما را پیدا کنند.
مشاهده بیشتر
تبلیغات ما
مشتریان به طور فزاینده ای آنلاین هستند. تبلیغات می تواند به آنها کمک کند تا کسب و کار شما را پیدا کنند.
مشاهده بیشتر
تبلیغات ما
مشتریان به طور فزاینده ای آنلاین هستند. تبلیغات می تواند به آنها کمک کند تا کسب و کار شما را پیدا کنند.
مشاهده بیشترتوضیحات
Generalized python types and validators for cryoEM data.
| ویژگی | مقدار |
|---|---|
| سیستم عامل | - |
| نام فایل | cryotypes-0.1.0 |
| نام | cryotypes |
| نسخه کتابخانه | 0.1.0 |
| نگهدارنده | [] |
| ایمیل نگهدارنده | [] |
| نویسنده | Alister Burt, Gaifas Lorenzo |
| ایمیل نویسنده | alisterburt@gmail.com, brisvag@gmail.com |
| آدرس صفحه اصلی | https://github.com/teamtomo/cryotypes |
| آدرس اینترنتی | https://pypi.org/project/cryotypes/ |
| مجوز | BSD-3-Clause |
# cryotypes
[](https://github.com/teamtomo/cryotypes/raw/main/LICENSE)
[](https://pypi.org/project/cryotypes)
[](https://python.org)
[](https://github.com/alisterburt/cryotypes/actions)
[](https://codecov.io/gh/teamtomo/cryotypes)
`cryotypes` defines a set of super-simple, extensible data structures for the fundamental types of cryoEM data and their relative metadata:
- `PoseSet`: a set of particle poses, compatible with 2D and 3D data
- `Tomogram`: a 3D image
- `Micrograph`: a 2D image
Each cryotype defines an `experiment_id` attribute which is intended as a unique identifier for individual experiments. This can be used, for example, to match particles to the correct tilt series and tomogram.
## `PoseSet`
A `PoseSet` is a [pandas `DataFrame`](https://pandas.pydata.org/docs/) with specific column headings for particle positions and orientations, experiment identifiers and pixel/voxel spacing. This data-structure can be used for both 2D and 3D particle poses.
### DataFrame column headings
| Heading | Python name | Semantics |
|:----------------|:--------------|:-----------------------------------------------------|
| `x` | POSITION_X | particle position in x-dimension |
| `y` | POSITION_Y | particle position in y-dimension |
| `z` | POSITION_Z | particle position in z-dimension |
| `dx` | SHIFT_X | particle shift in x-dimension |
| `dy` | SHIFT_Y | particle shift in y-dimension |
| `dz` | SHIFT_Z | particle shift in z-dimension |
| `orientation` | ORIENTATION | particle orientation |
| `experiment_id` | EXPERIMENT_ID | experimental identifier for micrograph/tilt-series |
| `pixel_spacing` | PIXEL_SPACING | isotropic pixel/voxel spacing for particle positions |
The labels can be conveniently accessed from Python should you need them.
```python
from cryotypes import PoseSetDataLabels as CPDL
pose_dataframe[PSDL.POSITION_X] = xyz[:, 0]
```
### Positions
Particle positions are coordinates in 2D or 3D images. The center of the first pixel is taken to be the origin `(0, 0)` or `(0, 0, 0)` and the units of particle positions are pixels.
### Shifts
Particle shifts are in image pixels and are additive to positions, such that `POSITION + SHIFT` is the position of the particle in the tomogram.
### Orientations
Particle orientations are stored as
[`scipy.spatial.transform.Rotation`](https://docs.scipy.org/doc/scipy/reference/generated/scipy.spatial.transform.Rotation.html) objects.
These transformations should rotate the basis vectors of a reference such that they are correctly oriented in a tomogram.
## `Tomogram`
A `Tomogram` is an object that follows a specific [python `Protocol`](https://docs.python.org/3/library/typing.html#typing.Protocol) for tomogram data. The protocol specifies the following attributes:
- `data`: an array-like 3D image (`numpy`, `dask`, ...)
- `experiment_id`: experimental identifier
- `pixel_spacing`: isotropic pixel/voxel spacing
نیازمندی
| مقدار | نام |
|---|---|
| - | numpy |
| - | pandas |
| - | scipy |
| - | typing-extensions |
| - | black |
| - | flake8 |
| - | flake8-docstrings |
| - | ipython |
| - | isort |
| <0.18.0 | jedi |
| - | jupyter-book |
| - | mypy |
| - | pre-commit |
| - | pydocstyle |
| - | pytest |
| - | pytest-cov |
| - | tox |
| - | pytest |
| - | pytest-cov |
| - | tox |
زبان مورد نیاز
| مقدار | نام |
|---|---|
| >=3.7 | Python |
نحوه نصب
نصب پکیج whl cryotypes-0.1.0:
pip install cryotypes-0.1.0.whl
نصب پکیج tar.gz cryotypes-0.1.0:
pip install cryotypes-0.1.0.tar.gz