معرفی شرکت ها

تبلیغات ما

مشتریان به طور فزاینده ای آنلاین هستند. تبلیغات می تواند به آنها کمک کند تا کسب و کار شما را پیدا کنند.

مشاهده بیشتر

تبلیغات ما

مشتریان به طور فزاینده ای آنلاین هستند. تبلیغات می تواند به آنها کمک کند تا کسب و کار شما را پیدا کنند.

مشاهده بیشتر

تبلیغات ما

مشتریان به طور فزاینده ای آنلاین هستند. تبلیغات می تواند به آنها کمک کند تا کسب و کار شما را پیدا کنند.

مشاهده بیشتر

تبلیغات ما

مشتریان به طور فزاینده ای آنلاین هستند. تبلیغات می تواند به آنها کمک کند تا کسب و کار شما را پیدا کنند.

مشاهده بیشتر

تبلیغات ما

مشتریان به طور فزاینده ای آنلاین هستند. تبلیغات می تواند به آنها کمک کند تا کسب و کار شما را پیدا کنند.

مشاهده بیشتر

توضیحات

IO hub for Cryo-EM, Cryo-ET and subtomogram averaging data.

ویژگی	مقدار
سیستم عامل	-
نام فایل	cryohub-0.4.0
نام	cryohub
نسخه کتابخانه	0.4.0
نگهدارنده	[]
ایمیل نگهدارنده	[]
نویسنده	Blik Team
ایمیل نویسنده	blik-team@googlegroups.com
آدرس صفحه اصلی	https://github.com/teamtomo/cryohub
آدرس اینترنتی	https://pypi.org/project/cryohub/
مجوز	GNU General Public License v3 (GPLv3)

# cryohub `cryohub` is a library for reading and writing Cryo-ET data based on the [`cryotypes`](https://github.com/teamtomo/cryotypes/) specification. # Installation ``` pip install cryohub ``` # Usage `cryohub` provides granular I/O functions such as `read_star` and `read_mrc`, which will all return objects following the `cryotypes` specification. A higher level function called `read` adds some magic to the IO procedure, guessing file formats and returning a list of `cryotypes`. Similarly to the `read_*` functions, `cryohub` provides a series of `write_*` functions. ## From the command line If you just need to quickly inspect your data, this command will land in an ipython shell with the loaded data collected in a list called `data`: ```bash cryohub path/to/files/* /other/path/to/file.star ``` # Features Currently `cryohub` is capable of reading images in the following formats: - `.mrc` (and the `.mrcs` or `.st` variants) - Dynamo `.em` - EMAN2 `.hdf` and particle data in the following formats: - Relion `.star` - Dynamo `.tbl` - Cryolo `.cbox` and `.box` Writer functions currently exist for: - `.mrc` - EMAN2 `.hdf` - Dynamo `.em` - Relion `.star` - Dynamo `.tbl` ## Image data When possible (and unless disabled), cryohub loads images lazily using [`dask`](https://docs.dask.org/en/stable/array.html). The resulting objects can be treated as normal numpy array, except one needs to call `array.compute()` to apply any pending operations and return the result. # Contributing Contributions are more than welcome! If there is a file format that you wish were supported in reading or writing, simply open an issue about it pointing to the specification. Alternatively, feel free to open a PR with your proposed implementation; you can look at the existing functions for inspiration.

نیازمندی

مقدار	نام
-	click
-	cryotypes
-	dask
>=0.2.4	dynamotable
>=0.3	emfile
-	ipython
>=1.3.0	mrcfile
-	numpy
-	pandas
-	pydantic
-	scipy
>=0.4.5	starfile
-	h5py
-	black
-	flake8
-	ipython
-	isort
-	pre-commit
-	pytest
-	pytest-cov
-	tox

زبان مورد نیاز

مقدار	نام
>=3.8	Python

نحوه نصب

نصب پکیج whl cryohub-0.4.0:

pip install cryohub-0.4.0.whl

نصب پکیج tar.gz cryohub-0.4.0:

pip install cryohub-0.4.0.tar.gz