معرفی شرکت ها

تبلیغات ما

مشتریان به طور فزاینده ای آنلاین هستند. تبلیغات می تواند به آنها کمک کند تا کسب و کار شما را پیدا کنند.

مشاهده بیشتر

تبلیغات ما

مشتریان به طور فزاینده ای آنلاین هستند. تبلیغات می تواند به آنها کمک کند تا کسب و کار شما را پیدا کنند.

مشاهده بیشتر

تبلیغات ما

مشتریان به طور فزاینده ای آنلاین هستند. تبلیغات می تواند به آنها کمک کند تا کسب و کار شما را پیدا کنند.

مشاهده بیشتر

تبلیغات ما

مشتریان به طور فزاینده ای آنلاین هستند. تبلیغات می تواند به آنها کمک کند تا کسب و کار شما را پیدا کنند.

مشاهده بیشتر

تبلیغات ما

مشتریان به طور فزاینده ای آنلاین هستند. تبلیغات می تواند به آنها کمک کند تا کسب و کار شما را پیدا کنند.

مشاهده بیشتر

توضیحات

Compress fastq with spring

ویژگی	مقدار
سیستم عامل	-
نام فایل	crunchy-1.0.3
نام	crunchy
نسخه کتابخانه	1.0.3
نگهدارنده	[]
ایمیل نگهدارنده	[]
نویسنده	Mans Magnusson
ایمیل نویسنده	henrik.stranneheim@scilifelab.com
آدرس صفحه اصلی	https://github.com/Clinical-Genomics/crunchy
آدرس اینترنتی	https://pypi.org/project/crunchy/
مجوز	MIT

[![License: MIT](https://img.shields.io/badge/License-MIT-yellow.svg)](https://opensource.org/licenses/MIT) ![Build Status - GitHub](https://github.com/Clinical-Genomics/crunchy/workflows/Build/badge.svg) [![codecov](https://codecov.io/gh/Clinical-Genomics/crunchy/branch/master/graph/badge.svg)](https://codecov.io/gh/Clinical-Genomics/crunchy) [![CodeFactor](https://www.codefactor.io/repository/github/clinical-genomics/crunchy/badge)](https://www.codefactor.io/repository/github/clinical-genomics/crunchy) # Crunchy A python wrapper around [spring][spring] and cram (samtools) to compress fastq to spring and bam to cram. When compressing fastqs to spring an integrity check can be performed by using flag: `crunchy compress spring --spring-path <springfile> --first <read_1.fastq> --second <read_2.fastq> --check-integrity` ## Install ### Pip ``` pip install crunchy ``` ### Docker This will install crunchy as well as samtools and spring within the container. ``` docker pull clinicalgenomics/crunchy:0.5 ``` Run crunchy using: ``` docker run clinicalgenomics/crunchy:0.5 crunchy ``` ### Developers ``` git clone https://github.com/Clinical-Genomics/crunchy pip install -e . crunchy --help Usage: crunchy [OPTIONS] COMMAND [ARGS]... Base command for crunchy .---. .---. : : o : me want cookie! _..-: o : :-.._ / .-'' ' `---' `---' " ``-. .' " ' " . " . ' " `. : '.---.,,.,...,.,.,.,..---. ' ; `. " `. .' " .' `. '`. .' ' .' `. `-._ _.-' " .' .----. `. " '"--...--"' . ' .' .' o `. .'`-._' " . " _.-'`. : o : .' ```--.....--''' ' `:_ o : .' " ' " " ; `.;";";";' ; ' " ' . ; .' ; ; ; ; ' ' ' " .' .-' ' " " ' " " _.-' Options: --spring-binary TEXT Path to spring binary [default: spring] --samtools-binary TEXT Path to spring binary [default: samtools] -t, --threads INTEGER Number of threads to use for spring compression [default: 8] -r, --reference TEXT Path to reference genome --log-level [DEBUG|INFO|WARNING] Choose what log messages to show --tmp-dir TEXT If specific temp dir should be used --help Show this message and exit. Commands: auto Run whole pipeline by compressing, comparing and deleting... compare Compare two files by generating checksums. compress Compress genomic files decompress Decompress genomic files ``` ## Workflow Each command can be run separately. To compress all fastq pairs below a directory run `crunchy auto spring <path_to_dir>`. 1. **Recursively find all fastq pairs** 1. **Compress all pairs with spring** ```file_1.fastq + file_2.fastq (spring)-> file.spring``` 1. **Decompress with spring** ```file.spring (spring)-> file_1.spring.fastq + file_2.spring.fastq``` 1. **Compare checksum with previous** ```file_1.spring.fastq + file_1.fastq (hashlib)-> compare``` 1. **Delete fastq** (If the compression was lossless) ```file_1.fastq + file_2.fastq (rm)->``` [spring]: https://github.com/shubhamchandak94/Spring

نیازمندی

مقدار	نام
==8.1.3	click
==15.0.1	coloredlogs
==5.0.0	importlib-metadata
==10.0	humanfriendly
==3.9.0	zipp

زبان مورد نیاز

مقدار	نام
>=3.9.0	Python

نحوه نصب

نصب پکیج whl crunchy-1.0.3:

pip install crunchy-1.0.3.whl

نصب پکیج tar.gz crunchy-1.0.3:

pip install crunchy-1.0.3.tar.gz