معرفی شرکت ها

cram2fastq-0.0.5

Card image cap
تبلیغات ما

مشتریان به طور فزاینده ای آنلاین هستند. تبلیغات می تواند به آنها کمک کند تا کسب و کار شما را پیدا کنند.

مشاهده بیشتر
Card image cap
تبلیغات ما

مشتریان به طور فزاینده ای آنلاین هستند. تبلیغات می تواند به آنها کمک کند تا کسب و کار شما را پیدا کنند.

مشاهده بیشتر
Card image cap
تبلیغات ما

مشتریان به طور فزاینده ای آنلاین هستند. تبلیغات می تواند به آنها کمک کند تا کسب و کار شما را پیدا کنند.

مشاهده بیشتر
Card image cap
تبلیغات ما

مشتریان به طور فزاینده ای آنلاین هستند. تبلیغات می تواند به آنها کمک کند تا کسب و کار شما را پیدا کنند.

مشاهده بیشتر
Card image cap
تبلیغات ما

مشتریان به طور فزاینده ای آنلاین هستند. تبلیغات می تواند به آنها کمک کند تا کسب و کار شما را پیدا کنند.

مشاهده بیشتر
0.0.5
0.0.4
0.0.2
0.0.1
0.0.5
0.0.4
0.0.2
0.0.1

توضیحات

Download and convert cram-to-fastq from irods.
ویژگی مقدار
سیستم عامل -
نام فایل cram2fastq-0.0.5
نام cram2fastq
نسخه کتابخانه 0.0.5
نگهدارنده []
ایمیل نگهدارنده []
نویسنده zktuong
ایمیل نویسنده kt16@sanger.ac.uk
آدرس صفحه اصلی https://github.com/clatworthylab/cram2fastq/
آدرس اینترنتی https://pypi.org/project/cram2fastq/
مجوز -
# cram2fastq [![](https://img.shields.io/pypi/v/cram2fastq?logo=PyPI)](https://pypi.org/project/cram2fastq/) A python script to retrieve and convert crams from irods to fastq files. For internal use within the sanger HPC environment. ## Installation ```bash pip install cram2fastq # or pip install git+https://github.com/clatworthylab/cram2fastq.git ``` Before using the tool, check that: 1) samtools is available on your `$PATH`. If not: ```bash export PATH=/nfs/team297/kt16/Softwares/samtools-1.11/bin:$PATH ``` 2) `REF_PATH` is set as well. If not: ```bash export REF_PATH=/lustre/scratch117/core/sciops_repository/cram_cache/%2s/%2s/%s:/lustre/scratch118/core/sciops_repository/cram_cache/%2s/%2s/%s:URL=http:://refcache.dnapipelines.sanger.ac.uk::8000/%s ``` If setting it up for the first time, just do this once: ```bash echo 'export PATH=/nfs/team297/kt16/Softwares/samtools-1.11/bin:$PATH' >> ~/.bashrc echo 'export REF_PATH=/lustre/scratch117/core/sciops_repository/cram_cache/%2s/%2s/%s:/lustre/scratch118/core/sciops_repository/cram_cache/%2s/%2s/%s:URL=http:://refcache.dnapipelines.sanger.ac.uk::8000/%s' >> ~/.bashrc source ~/.bashrc ```` ## Instructions ```bash usage: cram2fastq.py [-h] [--meta META] [--study STUDY] [--outpath OUTPATH] [--bulk] [--bsub] [--DNAP] [--queue QUEUE] [--ncpu NCPU] [--mem MEM] [--dryrun] optional arguments: -h, --help show this help message and exit --meta META txt/csv file containing the SANGER SAMPLE IDS as per manifest as a separate line for each sample. --study STUDY Study ID. This will be the name of the output folder. --outpath OUTPATH Path to the directory holding the converted files. --bulk If passed, assume file is bulk data rather than 10x data. --bsub If passed, submits as job to bsub. --DNAP If passed, treats samples as created using semiautomated pipeline from DNAP (i.e. same ID for GEX/TCR/BCR). Output will be separated as folders. --queue QUEUE bsub queue. Only works if --bsub is passed. --ncpu NCPU bsub ncpu. Only works if --bsub is passed. --mem MEM bsub memory. Only works if --bsub is passed. --dryrun If passed, prints command rather than actually run. ``` After installation, it is as easy as doing: ```bash cram2fastq.py --meta sampleids.txt --study test --outpath /path/to/folder --bulk ``` Adding the `--bsub` option will submit this as a job if you have many samples to process. ```bash cram2fastq.py --meta sampleids.txt --study test --outpath /path/to/folder --bulk --bsub ``` `sampleids.txt` is simply a single column `.txt` or `.csv` file with the sanger sample ids (no header). The IDs should correspond to `SANGER SAMPLE ID` column in the manifest. For example: ``` SangerSampleID00000001 SangerSampleID00000002 SangerSampleID00000003 ``` ## Output Once it is all finished, a folder (with the name as whatever you provide for `--study`) will be created under `--outpath` with the appropriate `.cram` files converted to `.fastq.gz` files.


نیازمندی

مقدار نام
- pandas


نحوه نصب


نصب پکیج whl cram2fastq-0.0.5:

    pip install cram2fastq-0.0.5.whl


نصب پکیج tar.gz cram2fastq-0.0.5:

    pip install cram2fastq-0.0.5.tar.gz