معرفی شرکت ها

cpa-tools-0.3.4

Card image cap
تبلیغات ما

مشتریان به طور فزاینده ای آنلاین هستند. تبلیغات می تواند به آنها کمک کند تا کسب و کار شما را پیدا کنند.

مشاهده بیشتر
Card image cap
تبلیغات ما

مشتریان به طور فزاینده ای آنلاین هستند. تبلیغات می تواند به آنها کمک کند تا کسب و کار شما را پیدا کنند.

مشاهده بیشتر
Card image cap
تبلیغات ما

مشتریان به طور فزاینده ای آنلاین هستند. تبلیغات می تواند به آنها کمک کند تا کسب و کار شما را پیدا کنند.

مشاهده بیشتر
Card image cap
تبلیغات ما

مشتریان به طور فزاینده ای آنلاین هستند. تبلیغات می تواند به آنها کمک کند تا کسب و کار شما را پیدا کنند.

مشاهده بیشتر
Card image cap
تبلیغات ما

مشتریان به طور فزاینده ای آنلاین هستند. تبلیغات می تواند به آنها کمک کند تا کسب و کار شما را پیدا کنند.

مشاهده بیشتر

توضیحات

Compositional Perturbation Autoencoder (CPA)
ویژگی مقدار
سیستم عامل -
نام فایل cpa-tools-0.3.4
نام cpa-tools
نسخه کتابخانه 0.3.4
نگهدارنده []
ایمیل نگهدارنده []
نویسنده Mohsen Naghipourfar
ایمیل نویسنده naghipourfar@berkeley.edu
آدرس صفحه اصلی https://github.com/theislab/cpa/
آدرس اینترنتی https://pypi.org/project/cpa-tools/
مجوز BSD-3-Clause
# CPA - Compositional Perturbation Autoencoder ## What is CPA? ![Alt text](https://user-images.githubusercontent.com/33202701/156530222-c61e5982-d063-461c-b66e-c4591d2d0de4.png?raw=true "Title") `CPA` is a framework to learn effects of perturbations at the single-cell level. CPA encodes and learns phenotypic drug response across different cell types, doses and drug combinations. CPA allows: * Out-of-distribution predictions of unseen drug combinations at various doses and among different cell types. * Learn interpretable drug and cell type latent spaces. * Estimate dose response curve for each perturbation and their combinations. * Access the uncertainty of the estimations of the model. Usage and installation ------------------------------- See [here](https://cpa-tools.readthedocs.io/en/latest/index.html) for documentation and tutorials. Support and contribute ------------------------------- If you have a question or new architecture or a model that could be integrated into our pipeline, you can post an [issue](https://github.com/theislab/cpa/issues/new) ###### Acknowledgment This code is inspired by an early implementatiom by [Pierre Boyeau](https://github.com/PierreBoyeau) using [scvi-tools](https://scvi-tools.org/).


نیازمندی

مقدار نام
- adjustText
>=0.7.5 anndata
>=20.8b1) black
>=2.0.8) codecov
>=3.7.7) flake8
>=1.0,<2.0) importlib-metadata
>=7.1.1) ipython
>=5.7) isort
>=1.0) jupyter
xtr leidenalg;
>=3.0.6) loompy
>=5.4.0) nbconvert
>=4.4.0) nbformat
xtr nbsphinx;
xtr nbsphinx-link;
>=2.7.1) pre-commit
>=0.4.0) pydata-sphinx-theme
>=4.4) pytest
xtr python-igraph;
>=0.5) scanpydoc
>=0.1.3) scikit-misc
>=0.16.4 scvi-tools
>=1.6) scanpy
>=4.1,<4.4) sphinx
xtr sphinx-autodoc-typehints;
xtr sphinx-rtd-theme;
python_versio typing_extensions;
>=0.38.0,<0.39.0 llvmlite
>=3.5.1,<4.0.0 matplotlib
>=0.11.2,<0.12.0 seaborn
>=1.0.2,<2.0.0 scikit-learn
>=1.21.5,<2.0.0 numpy
>=1.8.0,<2.0.0 scipy


زبان مورد نیاز

مقدار نام
>=3.7.2,<3.11 Python


نحوه نصب


نصب پکیج whl cpa-tools-0.3.4:

    pip install cpa-tools-0.3.4.whl


نصب پکیج tar.gz cpa-tools-0.3.4:

    pip install cpa-tools-0.3.4.tar.gz