معرفی شرکت ها

تبلیغات ما

مشتریان به طور فزاینده ای آنلاین هستند. تبلیغات می تواند به آنها کمک کند تا کسب و کار شما را پیدا کنند.

مشاهده بیشتر

تبلیغات ما

مشتریان به طور فزاینده ای آنلاین هستند. تبلیغات می تواند به آنها کمک کند تا کسب و کار شما را پیدا کنند.

مشاهده بیشتر

تبلیغات ما

مشتریان به طور فزاینده ای آنلاین هستند. تبلیغات می تواند به آنها کمک کند تا کسب و کار شما را پیدا کنند.

مشاهده بیشتر

تبلیغات ما

مشتریان به طور فزاینده ای آنلاین هستند. تبلیغات می تواند به آنها کمک کند تا کسب و کار شما را پیدا کنند.

مشاهده بیشتر

تبلیغات ما

مشتریان به طور فزاینده ای آنلاین هستند. تبلیغات می تواند به آنها کمک کند تا کسب و کار شما را پیدا کنند.

مشاهده بیشتر

توضیحات

Covest estimates the coverage and genome size, just from k-mer abundance histogram computed from DNA sequences reads.

ویژگی	مقدار
سیستم عامل	-
نام فایل	covest-0.5.6
نام	covest
نسخه کتابخانه	0.5.6
نگهدارنده	[]
ایمیل نگهدارنده	[]
نویسنده	Michal Hozza
ایمیل نویسنده	mhozza@gmail.com
آدرس صفحه اصلی	https://github.com/mhozza/covest
آدرس اینترنتی	https://pypi.org/project/covest/
مجوز	GNU GPLv3

CovEst ====== Tool that estimates coverage (and genome size) of dna sequence from reads. .. image:: https://badge.fury.io/py/covest.svg :target: https://badge.fury.io/py/covest .. image:: https://travis-ci.org/mhozza/covest.svg?branch=master :target: https://travis-ci.org/mhozza/covest Requirements ------------ - python 3.4+ - python3-dev - gcc Installation ------------ We suggest to install *CovEst* in python3 virtual environment. ``pip install covest`` For development: ~~~~~~~~~~~~~~~~ ``pip install -e .`` from the project directory Usage ----- type ``covest --help`` for the usage. Basic Usage: ~~~~~~~~~~~~ ``covest histogram -m model -k K -r read_length`` - You can specify the read file using ``-s reads.fa`` parameter for more precise genome size computation. - default *K* is 21 - default *read length* is 100 - currently, the supported models are: - basic: for simple genomes without repeats - repeat: for genomes with repetitive sequences Input Histogram Specification: ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ The input histogram can be generated from the read data using `jellyfish <http://www.cbcb.umd.edu/software/jellyfish/>`__. - ``jellyfish count -m K -C reads.fa -o table.jf`` - ``jellyfish histo table.jf -o reads.hist`` The format of the histogram is just list of lines. Each lines contains an index and value separated by space. Output Specification: ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ CovEst outputs it's results in simple subset of YAML format for best human readability and possibility of machine processing. The output are lines containing ``key: value``. The most important keys are ``coverage`` and ``genome_size`` (or ``genome_size_reads`` if reads size was specified). Other included tools -------------------- - ``geset.py`` tool for estimation genome size from reads size and known coverage - ``reads_size.py`` tool for computation of the total reads size - ``kmer_hist.py`` custom khmer histogram computation, it is much slower than other tools, so use it only if you have no other option. - ``read_sampler.py`` script for subsampling reads, useful if you have very high coverage data and want to make it smaller. - ``fasta_length.py`` get total length of all sequences in fasta file. Copyright and citation ---------------------- CovEst is licenced under `GNU GPLv3 <http://www.gnu.org/licenses/gpl-3.0.en.html>`__ license. CovEst is research software, so you should cite us when you use it in scientific publications! Hozza, M., Vinař, T., & Brejová, B. (2015, September). How Big is that Genome? Estimating Genome Size and Coverage from k-mer Abundance Spectra. In String Processing and Information Retrieval (pp. 199-209). Springer International Publishing.

نحوه نصب

نصب پکیج whl covest-0.5.6:

pip install covest-0.5.6.whl

نصب پکیج tar.gz covest-0.5.6:

pip install covest-0.5.6.tar.gz